OZNACZANIE UKŁADÓW AmpFSTR SGM ® Plus™ W NERCE PRZECHOWYWANEJ W RÓŻNYCH WARUNKACH TEMPERATURY

W dokumencie Annales Academiae Medicae Stetinensis = Roczniki Pomorskiej Akademii Medycznej w Szczecinie. 2007, 53, Supl. 2 (Stron 64-67)

TYPEABILITY OF AmpFSTR SGM

®

Plus™ LOCI IN KIDNEY SPECIMENS

INCUBATED IN DIFFERENT ENVIRONMENTS

Zakład Medycyny Sądowej Akademii Medycznej w Białymstoku ul. Kilińskiego 1, 15-230 Białystok

Kierownik: prof. dr hab. n. med. Jerzy Janica

Summary

In consecutive stages of postmortem decomposition human hard tissues e.g. bones and teeth have been the most suitable material for genetic identification, however, its processing and DNA extraction is relatively costly and time-consuming. The aim of the study was the assessment of the environmental effect on typeability of AmpFSTR SGM Plus loci in the kidney. The specimens were col-lected during autopsies of five persons aged 20–30 years with post mortem interval (PMI) limited to 14 hours, and subsequently incubated at 21°c and 4°c in different environmental conditions. DNA was extracted by the organic method from tissue samples collected in 7-day intervals and subsequently typed using AmpFSTR SGM Plus kit and AbI 310. The fastest decline of SGM Plus profiles was noted in specimens incubated at 21°c in closed containers. The specimens incubated at 4°c in closed containers were the most stable for SGM Plus typing. The differences in typeability rates for specimens incubated at 21°c in open vs. closed containers can be attributed to desiccation of the outermost layers of the former specimens.

K e y w o r d s: tissue decomposition – temperature condi-tions – AmpFSTR SGM Plus.

Streszczenie

Materiałem z wyboru używanym do identyfikacji genetycznej rozłożonych zwłok oraz ludzkich szczątków

są kości, zęby lub włosy. Izolacja DNA z takiego materiału jest pracochłonna i kosztowna.

celem pracy było określenie możliwości oznaczania układów zestawu AmpFSTR SGM Plus w próbkach nerki pobranej ze zwłok i przechowywanych w różnych warunkach temperatury. Materiałem do badań były próbki nerek pobrane w czasie badania sekcyjnego ze zwłok o znanym czasie zgonu, nie dłuższym niż 14 godz. Tkanki pobierane były od osób młodych w wieku 20–30 lat zmarłych śmiercią gwałtow-ną i przechowywane w temp. 4° i21°c w pojemnikach za-mkniętych o objętości 40 mL oraz w temp. 21°c w pojemniku otwartym. Profile porównawcze oznaczano w próbkach krwi.

DNA izolowano metodą organiczną w odstępach 7-dniowych.

Amplifikacja i genotypowanie z użyciem multipleksowego systemu AmpFSTR SGM Plus i analizatora AbI 310 AbI Prism zgodnie z instrukcją producenta. W przedstawionych badaniach najwcześniej obserwowano zanik alleli w materiale przechowywanym w pojemniku zamkniętym w temperaturze 21°c, najdłużej oznaczano układy w materiale przechowywa-nym w pojemniku zamkniętym i temperaturze 4°c. Stwier-dzone różnice w oznaczaniu badanych układów z materiału przechowywanego w temperaturze 21°c w pojemnikach otwartych i zamkniętych wiąże się z jego wysychaniem.

H a s ł a: tkanki rozłożone – temperatura – AmpFSTR SGM Plus.

Wstęp

Identyfikacja rozłożonych szczątków ludzkich ukrytych w celu zatarcia śladów przestępstwa, identyfikacja ofiar

UKŁADY AmpFLSTR SGM PLUS W NeRce PRZecHOWYWANeJ W RÓŻNYcH WARUNKAcH TeMPeRATURY 63 katastrof lotniczych lub morskich czy też przypadkowo

odkrytych zwłok jest jednym z zadań medycyny sądowej [1, 2, 3]. Okoliczności i czas odnalezienia szczątków oraz stopień zaawansowania przemian pośmiertnych mają wpływ na wyniki badań. Materiałem zabezpieczanym do dalszych badań identyfikacyjnych są najczęściej zęby, kości lub włosy [4]. Izolacja z tego materiału jest bardziej pracochłonna i kosztowna w porównaniu z izolacją z tkanek. Z tego po-wodu autorzy podjęli się określenia możliwości oznacza-nia układów zestawu AmpFLSTR SGM Plus w próbkach nerki pobranej ze zwłok i przechowywanych w różnych warunkach temperatury.

Materiał i metody

Materiałem do badań były próbki nerek pobrane w cza-sie badania sekcyjnego ze zwłok o znanym czacza-sie zgonu, nie dłuższym niż 14 godz. Tkanki pobierane były od osób młodych w wieku 20–30 lat, zmarłych śmiercią gwałtowną, u których badanie sekcyjne i badanie mikroskopowe na-rządów wewnętrznych nie wykazały zmian chorobowych.

Materiał przechowywany był w temp. 4°c i 21°c w pojem-nikach zamkniętych o objętości 40 mL oraz w temp. 21°c w pojemniku otwartym. Profile porównawcze oznaczano w próbkach krwi. Izolacji materiału tkankowego dokonano metodą fenol/chloroform [5]. Amplifikacja i genotypowa-nie z użyciem multipleksowego systemu AmpFSTR SGM Plus i analizatora ABI 310 ABI Prism zgodnie z instrukcją producenta.

Wyniki

Uzyskane wyniki przedstawiono w tabeli 1. Czas ozna-czania badanych układów jest zawarty pomiędzy pierw-szą a drugą wartością podaną w odpowiedniej kolumnie.

Pomiędzy dwoma opisanymi przedziałami czasowymi zaobserwowano spadek liczby oznaczanych układów.

W badanym materiale najwcześniej zaobserwowano za-nik alleli w materiale przechowywanym w pojemza-nikach

zamkniętych w temp. 21°c. Najdłużej oznaczano układy w materiale przechowywanym w pojemniku otwartym i temp. 4°c.

Dyskusja

Autorzy podjęli próbę określenia sekwencji polimor-ficznych układów STR zawartych w systemie AmpFSTR SGM Plus w próbkach nerek pobranych ze zwłok i przecho-wywanych w różnych warunkach temperatury. Oznaczanie układów polimorficznych typu STR w tkankach rozłożo-nych gnilnie prowadzili Hoff-Olsen i wsp. [6] oraz Graw i wsp. [7]. Odrębnością badań jest umieszczenie fragmentów narządu pobranych ze zwłok w określonych warunkach zewnętrznych. W oparciu o piśmiennictwo wybrano nerkę jako narząd mniej wrażliwy na procesy rozkładu pośmiert-nego wśród narządów jamy brzusznej [8], a zastosowany system multipleksowy walidowany przez Cottona i wsp.

[9] okazał się jednym z bardziej przydatnych w badaniach sądowo-medycznych. Model eksperymentalny przedsta-wiony w badaniach własnych nie odzwierciedla typowych procesów rozkładu pośmiertnego, lecz w niektórych przy-padkach tkanki miękkie mogą być przydatne przy próbach identyfikacji.

Piśmiennictwo

Tsokos M., Lessing R., Grundmann C., Benthaus S., Peschel O

1. .:

expe-riences in tsunami victim identification. Int. J. Legal. Med. 2006, 120, 185–187.

Staiti N., Di Matino D., Saravo L

2. .: A novel approach in personal

identi-fication from tissue samples undergone different process through STR typing. Forensic Sci. Int. 2004, 146 Suppl., 171–173.

Mukaida M., Kiura H., Takada Y., Maruda T., Nakata Y

3. .: The personal

identification of many samples recovered from under the sea. Forensic Sci. Int. 2000, 113, 79–85.

Ricaut F.-X., Keyser-Tracqui Ch., Crubezt E., Ludes B

4. .:

STR-geno-typing from human medieval tooth and bone samples. Forensic Sci.

Int. 2005, 151, 31–35.

Niemcunowicz-Janica A., Pepiński W., Janica J.R., Skawrońska M., 5.

Janica J., Koc-Zorawska E.: Typeability of AmpFSTR SGM Plus T a b e l a 1. Oznaczanie układów AmpFLSTR SGM Plus w nerce przechowywanej w różnych warunkach temperatury

T a b l e 1. Typeability of AmpFLSTR SGM Plus loci in kidney specimens in different temperature conditions Warunki

Conditions D3S1358 vWA D16S539 D2S1338 XY D8S1179 D21S11 D18S51 D19S433 TH01 FGA 4ºcPojemnik zamknięty

Closed container 91/119 84/105 70/98 63/84 105/126 56/84 70/98 56/84 98/119 91/119 63/91 21ºcPojemnik zamknięty

Closed container 70/98 63/84 49/77 42/63 84/105 35/63 49/77 35/63 77/98 70/98 42/70 21ºcPojemnik otwarty

Opened container 77/105 70/91 56/84 49/70 91/112 42/70 56/84 42/70 84/105 77/105 49/77

64 ANNA NIeMcUNOWIcZ-JANIcA, WITOLD PePIŃSKI, JeRZY JANIcA I WSP.

loci in brain and thyroid gland tissue samples incubated in different environments. J. Forensic Sci. 2007, 52, 867–869.

Hoff-Olsen P., Jacobsen S., Mevåg B., Olaisen B

6. .: Microsatellite stability

in human post-mortem tissues. Forensic Sci. Int. 2001, 119, 273–278.

Graw M., Weisser H.-J., Lutz S

7. .: DNA typing of human remains found

in damp environments. Forensic Sci. Int. 2000, 113, 91–95.

Piasecka-Pazik D., Szczerkowska Z

8. .: Określanie polimorficznych

se-kwencji DNA typu STR-PcR w rozłożonych tkankach ludzkich. Arch.

Med. Sądowej Kryminol. 2003, 3, 209–214.

Cotton E.A., Allsop R.F., Guest J.L., Frazier R.R.E., Koumi P., 9. Callow I.P. et al.: Validation of the AmpFSTR SGM Plus system for

use forensic casework. Forensic Sci. Int. 2000, 112, 151–161.

Komentarz

Praca przedstawia wyniki badania próbek przechowy-wanych w temp. 4°c i 21°c. Według obserwacji autorów najwcześniej notowano zanik alleli w materiale przecho-wywanym w pojemnikach zamkniętych w temp. 21°c, najdłużej utrzymywały się w materiale przechowywanym w pojemniku otwartym i temp. 4°c.

prof. dr hab. n. med. Zygmunt Sagan

A N N A L E S A C A D E M I A E M E D I C A E S T E T I N E N S I S

R O C Z N I K I P O M O R S K I E J A K A D E M I I M E D Y C Z N E J W S Z C Z E C I N I E 2007, 53, SUPPL. 2, 65–66

ANNA NIEMCUNOWICZ-JANICA, IWONA PTASZYŃSKA-SAROSIEK, JERZY JANICA, ZOFIA WARDASZKA, MAGDALENA OKŁOTA, WITOLD PEPIŃSKI

ŚMIERĆ JEDYNEGO OPIEKUNA POWODEM ZGONU

W dokumencie Annales Academiae Medicae Stetinensis = Roczniki Pomorskiej Akademii Medycznej w Szczecinie. 2007, 53, Supl. 2 (Stron 64-67)

Outline

Related documents