W początkowym okresie okupacji, plany eksterminacyjne realizowa-ły grupy operacyjne policji bezpieczeństwa i służby bezpieczeństwa (Einsatzgruppen der Sicherheitspolizei und des Sicherheitsdienstes), które wkroczyły do Polski za oddziałami Wehrmachtu. Utworzono je jesz-cze przed wybuchem wojny w ramach „Operacji Tannenberg”
(Un-ternehmen Tannenberg), mającej na celu przede wszystkim fizyczne
unicestwienie polskich elit intelektualnych. Na Pomorzu Gdańskim przy 3. Armii niemieckiej działała Einsatzgruppe V dowodzona przez SS-Standartenführera Ernsta Damzoga, a przy 4. Armii niemieckiej – Einsatzgruppe IV, dowodzona przez SS-Brigadeführera Lothara Beutla. Wprawdzie między 15 września a 20 września 1939 roku opuściły one Pomorze Gdańskie, ale 12 września 1939 roku dla Okręgu Wojskowego Prusy Zachodnie utworzono w Gdańsku Ein-satzkommando 16 (EK 16), którego członkowie dopuścili się szeregu
zbrodni na mieszkańcach Pomorza. Poza tym na północnych obsza-rach Pomorza Gdańskiego, do grudnia 1939 roku zadania ekstermina-cyjne aktywnie realizowała specjalna jednostka policyjna, a mianowicie Oddział Wartowniczo-Szturmowy SS dowodzony przez SS-Sturmbann - führera Kurta Eimanna (SS-Wachsturmbann Eimann), utworzony roz-porządzeniem Senatu Wolnego Miasta Gdańska z 3 lipca 1939 roku.
Od końca listopada 1939 roku zadanie „unieszkodliwiania” pol-skich warstw przywódczych kontynuowały stałe placówki Gestapo oraz policji bezpieczeństwa i służby bezpieczeństwa. Poza tymi siłami kluczową rolę w działaniach eksterminacyjnych odegrała policyjna for-macja Volksdeutscher Selbstschutz (Samoobrona Niemców Etnicznych). Dnia 20 września 1939 roku Reichsführer SS i szef policji niemiec-kiej Heinrich Himmler zlecił szefowi Urzędu Uzupełnień SS Gottlo-bowi Bergerowi zorganizowanie Selbstschutzu na zajętych terenach polskich, a 7 października 1939 roku wydał tymczasowe wytyczne w sprawie powołania Selbstschutzu w Polsce. Oficjalnie celem tej or-ganizacji była ochrona mniejszości niemieckiej oraz zapewnienie ładu i porządku, lecz w rzeczywistości stała się ona głównym narzędziem eksterminacji tzw. elementów niepożądanych.
Zanim jeszcze doszło do formalnego powołania Selbstschutzu, Niem-cy mieszkająNiem-cy w Polsce na własną rękę tworzyli różne formacje o charak-terze policyjnym (porządkowym). W Toruniu, już dzień po zajęciu miasta przez wojska niemieckie, czyli 8 września 1939 roku, z inicjatywy miej-scowego Niemca Rudolfa Preussa, który był właścicielem drukarni przy
ul. Rabiańskiej, powstała tzw. Hilfspolizei – Policja Pomocnicza. Po utwo-rzeniu Selbstschutzu członkowie Hilfspolizei zasilili szeregi tej nowej for-macji. W okupowanej Polsce utworzono trzy okręgi Selbstschutzu, a Po-morze Gdańskie należało do III Okręgu Północnego, który powszechnie nazywano Selbstschutz Westpreu ssen, pod dowództwem SS-Oberführera Ludolfa von Alvenslebena. Okręgi dzieliły się na inspektoraty, a każdy inspektorat obejmował po kilka powiatów. W skład organizacji powiato-wej wchodziły placówki miejscowe (Orte). Miasto Toruń wraz z powia-tami: chełmińskim, grudziądzkim, lipnowskim, toruńskim i wąbrzeskim stało się częścią II Inspektoratu Selbstschutzu, którym dowodził SS-Stan-dartenführer Ludolf Jakob von Alvensleben, bratanek dowódcy północ-nego okręgu Selbstschutzu. Siedzibą II Inspektoratu Selbstschutzu był majątek w Płutowie w powiecie chełmińskim. Funkcję dowódcy Selbst-schutzu na miasto Toruń i na powiat toruński objął przybyły z Gdańska SS-Sturmbannführer Helmuth Kurt Zaporowicz, syn toruńskiego
urzędnika prokuratury sprzed I wojny światowej, który w grudniu 1939 roku przyjął panieńskie nazwisko matki Goerz. Z kolei inicja-tor utworzenia Hilfspolizei Rudolf Preuss został Stadtführerem, czy-li kierował w mieście Toruniu placówką miejscową Selbstschutzu tzw. Orte. Do Selbstschutzu przyjmowano niemieckich mężczyzn w wie-ku 17–45 lat. Członkowie tej formacji nie byli umundurowani, ale większość z nich nosiła na lewym ramieniu opaskę z napisem „Selbst-schutz”. Funkcjonariusze Selbstschutzu ze szczególnym okrucień-stwem i często z własnej inicjatywy mordowali Polaków, nierzadko własnych sąsiadów. Według informacji, którą R. Preuss przekazał ko-misarycznemu radcy miejskiemu w Toruniu w piśmie z 20 paździer-nika 1939 roku, do toruńskiego Selbstschutzu należało 256 Niemców. Warto podkreślić, że w rozkręceniu spirali przemocy na Pomorzu Gdańskim, istotną rolę odegrała nazistowska propaganda, której no-śnikiem była m.in. niemiecka prasa. W toruńskim dzienniku „Thorner Freiheit”, wydawanym od 20 września 1939 roku, niemal codziennie zamieszczano informacje o rzekomych zbrodniach, jakich Polacy dopu-ścili się wobec mieszkającej na Pomorzu Gdańskim ludności niemiec-kiej, co miało stanowić zachętę do akcji odwetowej i zarazem było jej usprawiedliwieniem. Rozpoczęło się swoiste „polowanie” na Polaków. W dniu 15 października 1939 roku w Toruniu odbył się apel człon-ków Selbstschuztu z miasta i powiatu z udziałem szefa II Inspekto-ratu Selbstschutzu SS-Standartenführera Ludolfa Jakoba von Alvens-lebena, który następująco sprecyzował stojące przed nimi zadania:
Nigdy nie zapomnimy krzywd, które zostały nam wyrządzone na tej prastarej niemieckiej ziemi. Takie czyny mógł popełnić tylko ten, kto należy do niższej rasy […]. Jeżeli wy, moi ludzie z Selbstschutzu, jeste-ście mężczyznami, to żadnemu Polakowi w tym niemieckim miejeste-ście nie przyjdzie więcej na myśl, żeby mówić po polsku. Teraz jesteście tutaj narodem panów. Miękkością i słabością nigdy jeszcze niczego nie zbudo-wano. Chodzi o to, żeby znowu zakotwiczyć tutaj niemieckość i dlatego oczekuję od was – jak również oczekuje tego od was Adolf Hitler – że-byście byli wprawdzie zdyscyplinowani, ale twardzi jak stal Kruppa […].
Musicie być bezlitośni i usunąć wszystko, co nie jest niemieckie i co mogłoby zakłócać postępy w procesie odbudowy. Musicie również być świadomi tego, że […] to polska inteligencja podszczuwała do tej wojny. To właśnie wśród niej znajdują się duchowi podżegacze do tej wojny8.
W Okręgu Rzeszy Gdańsk-Prusy Zachodnie Selbstschutz działał do 26 listopada 1939 roku, bo wtedy został formalnie rozwiązany, a liczył wówczas około 38 tysięcy członków. W Toruniu ostatni apel Selbstschutzu odbył się 7 grudnia 1939 roku. Po rozwiązaniu Selbst-schutzu, wielu jego członków zasiliło szeregi policji.