Znaczenie bakterii w patogenezie i przebiegu klinicznym nieswoistych chorób zapalnych jelit

Maria Kłopocka

Znaczenie bakterii w patogenezie i przebiegu

klinicznym nieswoistych chorób zapalnych jelit

The role of bacteria in inflammatory bowel diseases pathogenesis and clinical course

w Bydgoszczy, ul. Ujejskiego 75, 85-168 Bydgoszcz, Tel.: (52) 365 51 05, Fax: (52) 365 51 07, e-mail: mariaklopocka@wp.pl

Wpłynęło: 21.02.2012 Zaakceptowano: 08.03.2012

Streszczenie: Nieswoiste zapalenia jelit, do których zalicza się chorobę Leśniowskiego-Crohna oraz wrzodziejące zapalenie jelita grubego, są przewlekłymi, dotychczas nieuleczalnymi chorobami, które występują głównie w populacji młodych dorosłych osób, znacznie pogarszając ich jakość życia oraz powodując istotne koszty związane z opieką medyczną. Dotychczas nie wykazano znaczenia pojedynczego czynnika etiologicznego, chociaż rola bakterii zarówno w patogenezie, jak i w przebiegu klinicznym tych chorób jest bardzo ważna i stale niewystarczająco poznana. Aktualnie przyjmuje się, że u osób z predyspozycją genetyczną, defekt wrodzonej odpowiedzi immunologicznej może być pierw-szym ogniwem odpowiedzialnym za zaburzoną równowagę po-między organizmem człowieka a fizjologicznymi lub patologicz-nymi drobnoustrojami kontaktującymi się ze ścianą jelita. Wtórna, nadmierna odpowiedź immunologiczna, mobilizacja komórek i wytwarzanie cytokin podtrzymujących zapalenie są powodem przewlekłego uszkodzenia tkanek. Nawrót zapalenia u pacjen-tów po leczeniu operacyjnym i resekcji części jelita następuje najczęściej w miejscu nadmiernego gromadzenia się bakterii je-litowych, co stanowi kolejny dowód na istotną rolę drobnoustro-jów w patogenezie nieswoistych chorób zapalnych jelit. Przebieg kliniczny i patomechanizm dwóch najważniejszych nieswoistych chorób zapalnych jelit, mimo istniejących podobieństw, znacznie się jednak różni. W ostatnich latach ponownie zwraca się uwagę na możliwe kluczowe znaczenie zakażenia bakteriami wewnątrz-komórkowymi w patogenezie choroby Leśniowskiego-Crohna. Antybiotykoterapia stanowi ważny element leczenia w niektórych postaciach chorób zapalnych jelit oraz ich powikłań, jak ropnie i przetoki. Istnieją doniesienia o korzystnym efekcie stosowania probiotyków, prebiotyków i synbiotyków w niektórych sytuacjach klinicznych, jednak nadal nie udaje się tą metodą uzyskać ocze-kiwanych efektów terapeutycznych. Dalsze badania mikrobiolo-giczne, genetyczne i farmakologiczne prawdopodobnie zbliżą nas do wyjaśnienia patogenezy i skutecznego leczenia chorób zapal-nych jelit.

Słowa kluczowe: bakterie jelitowe | nieswoiste choroby zapalne jelit | wrodzona i nabyta odpowiedź immunologiczna

Wstęp

Dwie główne jednostki zaliczane do nieswoistych cho-rób zapalnych jelit to choroba Leśniowskiego-Crohna oraz wrzodziejące zapalenie jelita grubego. Są to przewlekłe

Abstract: Inflammatory bowel diseases, mainly Crohn’s disease and ulcerative colitis are chronic, untreatable conditions which affect young adult population, worsen quality of life and genera-te substantial health care costs. Till now no single etiologic factor was found, however significance of intestinal bacteria in disease pathogenesis and clinical course is important and remains elusive. It is widely accepted that in individuals with genetic predisposi-tion, impaired innate immunity is one of the first events respon-sible for the perturbations of homeostatic coexistence between the host and commensal microbiota or enteropathogens of the gut. Secondary, excessive acquired immunity, accumulation of inflammatory cells and overproduction of cytokines result in chro-nic tissue damage. Disease recurrence after resection typically manifests at or just proximal to the surgically created anastomosis were bacterial overgrowth is observed, what makes the evidence of microbes significance in inflammatory bowel diseases patho-genesis. Clinical manifestation and pathogenesis of two most im-portant inflammatory bowel diseases in spite of similarities, differ in many points. Nowadays once again the key role of intracellular pathogens in Crohn’s disease pathogenesis is the question under consideration. Antibiotic therapy constitutes an established the-rapeutic tool for the treatment of specific inflammatory bowel diseases symptoms and complications, like abscesses and fistulae. Although some promising outcomes have been observed after probiotics, prebiotics and synbiotics supplementation, but yet therapeutic results are less than optimal. Further investigation in microbiology, genetics and pharmacology will reveal important insights into our knowledge concerning inflammatory bowel di-seases pathogenesis and successful treatment.

Key words: enteric bacteria | inflammatory bowel diseases | innate and acquired immunity

jest zabronione i stanowi poważne naruszenie przepisów prawa autorskiego oraz grozi sankcjami prawnymi.

schorzenia o nieznanej etiologii i złożonej patogenezie, znacznie pogarszające jakość życia pacjentów, generujące koszty związane z drogim postępowaniem zachowawczym, hospitalizacjami oraz leczeniem chirurgicznym.

Zachorowalność na wyżej wymienione schorzenia i ich występowanie wzrosły w ciągu ostatnich 50 lat, zwłaszcza w krajach wysoko rozwiniętych (USA, Kanada, Europa Za-chodnia i Północna), i obecnie są szacowane odpowiednio na 8−14/100 000 i 12−200/100 000 dla wrzodziejącego zapa-lenia jelita grubego oraz 6−15 i 50−200/100 000 dla choroby Leśniowskiego-Crohna [1−4]. Choroby zwykle ujawniają się u młodych dorosłych osób, w wieku 20−40 lat, a w 7−20% przypadków w dzieciństwie i trwają przez całe życie [5, 6].

Zmiany zapalne we wrzodziejącym zapaleniu jelita gru-bego są, w większości przypadków, ograniczone do bło-ny śluzowej i obejmują odbytnicę, lewą połowę okrężnicy do zagięcia śledzionowego albo całą okrężnicę. W chorobie Leśniowskiego-Crohna proces zapalny ma charakter pełno-ścienny, zajęta bywa wewnątrzbrzuszna tkanka tłuszczowa, krezka i krezkowe węzły chłonne. Zmiany zapalne mogą występować w każdym odcinku przewodu pokarmowego, od jamy ustnej do odbytu, najczęściej lokalizują się w oko-licy krętniczo-kątniczej i w jelicie grubym. W natural-nym przebiegu choroby Leśniowskiego-Crohna dochodzi do tworzenia się zmian okołoodbytowych (szczeliny, ropnie, przetoki), ropni wewnątrzbrzusznych, przetok do narządów sąsiadujących (okolicznych pętli jelitowych, układu mo-czowego, pochwy) oraz włóknistych zwężeń wymagających u 80% chorych postępowania operacyjnego [7].

Obie choroby charakteryzują się okresami zaostrzeń i remisji, chociaż w kilkunastu procentach objawy, o róż-nym nasileniu, mogą występować stale. Typowe symptomy jelitowe wrzodziejącego zapalenia jelita grubego to bie-gunka z krwią i potrzebą nagłej defekacji. W chorobie Le-śniowskiego-Crohna objawy zależą od lokalizacji zmian zapalnych, w przypadku lokalizacji odbytniczo-okrężniczej są podobne jak we wrzodziejącym zapaleniu jelita grubego. Przy lokalizacji krętniczo-kątniczej dominują bóle brzucha, czasami z towarzyszącymi zaburzeniami rytmu wypróżnień. U 30−40% pacjentów występują również dolegliwości poza-jelitowe, które mogą dotyczyć praktycznie wszystkich ukła-dów i narząukła-dów, najczęściej stawów, oczu i skóry [7−10].

Patogeneza

Do końca XX wieku panował pogląd, że nieswoiste cho-roby zapalne jelit należą do chorób autoimmunologicznych, a główną przyczyną stanu zapalnego jest nieprawidłowa, nadmierna odpowiedź immunologiczna nabyta typu ko-mórkowego, z udziałem limfocytów pomocniczych Th1 w chorobie Leśniowskiego-Crohna i typu humoralnego, z udziałem limfocytów Th2 we wrzodziejącym zapaleniu

je-lita grubego [11]. Olbrzymi postęp wiedzy, który dokonał się w badaniach nad patogenezą chorób zapalnych jelit od po-czątku XXI wieku zmienił obowiązujące poglądy i równo-cześnie wyznaczył kierunki dalszych badań. Schemat nabytej odpowiedzi immunologicznej okazał się bardziej skompli-kowany, wykryto nowe subpopulacje limfocytów, np. Th17, a także nieznane dotychczas cytokiny pro- i przeciwzapal-ne. Ponadto, obecnie uważa się, że zaburzenia nabytej od-powiedzi immunologicznej nie są przyczyną, lecz ostatnim ogniwem patogenetycznym w ciągu zmian prowadzących do wystąpienia i podtrzymywania przewlekłego stanu za-palnego  [12−15]. Większość autorów przyjmuje, że istotną rolę w patogenezie chorób zapalnych odgrywa wiele wza-jemnie powiązanych i nakładających się czynników, których znaczenie różni się u poszczególnych pacjentów, podobnie jak kliniczny przebieg choroby i reakcja na stosowane lecze-nie [15, 16]. Czynniki te należą do czterech podstawowych ogniw patogenetycznych:

1. predyspozycje genetyczne, 2. zmiany środowiskowe, 3. bakterie jelitowe,

4. odpowiedź immunologiczna, wrodzona i nabyta. Bakterie jelitowe odgrywają kluczową rolę w patogenezie i przebiegu klinicznym nieswoistych chorób zapalnych jelit. Od wielu lat trwały poszukiwania pojedynczego, infekcyj-nego czynnika etiologiczinfekcyj-nego, który byłby przyczyną cho-roby. Najwięcej uwagi w badaniach poświęcono patogenom wewnątrzkomórkowym. Przemawiały za tym obserwacje kliniczne podobnego obrazu klinicznego choroby u by-dła zakażonego Mycobacterium avium sp. paratuberculosis (MAP), gruźlicy jelit u ludzi oraz zakażenia Yersinia

entero-colica i Yersinia pseudotuberculosis. Mimo wielu przesłanek,

żaden z tych patogenów nie okazał się dotychczas czynni-kiem etiologicznym chorób zapalnych jelit. Trwają jednak dalsze intensywne badania nad rolą bakterii wewnątrzko-mórkowych w patogenezie przewlekłego zapalenia jelit, zwłaszcza choroby Leśniowskiego-Crohna. Pewne elementy patogenezy dowodzą, że rozwój przewlekłego zapalenia jest różny we wrzodziejącym zapaleniu jelita grubego i w cho-robie Leśniowskiego-Crohna, jednak w obu przypadkach udział bakterii jelitowych wydaje się kluczowy do zapocząt-kowania i podtrzymywania objawów. Potwierdzają to ob-serwacje kliniczne, wyniki badań w naukach podstawowych oraz prowadzonych na zwierzętach, na przykład:

– brak możliwości wywołania zapalenia jelit w warun-kach doświadczalnych u zwierząt hodowanych w wa-runkach sterylnych (germ-free) [17];

– zmiany zapalne lokalizują się najczęściej w końcowym odcinku jelita krętego, w okrężnicy oraz w miejscu zespoleń jelitowych po operacjach, a więc w miej-scach największej koncentracji i namnażania bakterii jelitowych [18];

– zmiany zapalne ustępują w jelicie wyłączonym

chirur-jest zabronione i stanowi poważne naruszenie przepisów prawa autorskiego oraz grozi sankcjami prawnymi.

tworzeniu ciągłości i ponownym włączeniu do pasażu jelitowego [19];

– różnica w składzie drobnoustrojów kolonizujących jelito u pacjentów z chorobami zapalnymi jelit w sto-sunku do osób zdrowych, zaburzenie równowagi pomiędzy szczepami ochronnymi i patogennymi (dysbioza) [20];

– mutacje w zakresie genów kodujących białka istotne w rozpoznawaniu antygenów bakteryjnych i procesie autofagii (NOD2, ATG16L1, IRGM, LRRK2) są jak do tej pory najważniejszym genetycznym markerem zwiększonej podatności na zachorowanie, a także ciężkiego przebiegu choroby Leśniowskiego-Crohna z tworzeniem przetok i włóknistych zwężeń [21−23]; – zaburzenia procesów autofagii łączą się z

nieprawidło-wą funkcją komórek nabłonka, w szczególności ko-mórek Panetha. Defekt w obrębie genu XBP1 prowa-dzi do osłabienia prowa-działania antybakteryjnego komórek Panetha, a równocześnie w środowisku zapalnym i w obecności drobnoustrojów jelitowych odpowiada za nadmierną reakcję immunologiczną [24];

– obecność w surowicy krwi różnych przeciwciał skie-rowanych przeciw antygenom bakteryjnym i grzy-biczym świadczy o nasilonej odpowiedzi immuno-logicznej nabytej w wyniku nadmiernego kontaktu komórek immunologicznie kompetentnych z drobno-ustrojami i jest czynnikiem predykcyjnym ciężkiego przebiegu choroby (pANCA – przeciw antygenowi cytoplazmatycznemu granulocytów, ASCA − przeciw drożdżom gatunku Sacharomyces cerevisiae, OmpC –  przeciwko białku ściany komórkowej Escherichia

coli, I2 − przeciwko białku Pseudomonas w badaniu

fluorescencyjnym, anty-CBir1 − przeciwko flagellinie, antygenowi drobnoustrojów, który wywołuje silną od-powiedź immunologiczną nabytą) [25, 26].

Wymienione najważniejsze argumenty jednoznacznie dowodzą znaczenia drobnoustrojów w zapoczątkowaniu i podtrzymywaniu procesu zapalnego. Stale jednak istnieje brak pewności co do pierwotnego czynnika patogenetycz-nego w rozwoju obu chorób. Większość autorów przyjmu-je, że dochodzi do uszkodzenia błony śluzowej w wyniku zaburzonej odpowiedzi immunologicznej na kontakt z ko-mensalnymi bakteriami jelitowymi u osób genetycznie podatnych. Pierwszym ogniwem w tym modelu jest de-fekt w zakresie „szczelności” bariery jelitowej (niepełno-wartościowa warstwa śluzu, nadmierna przepuszczalność połączeń międzykomórkowych), który umożliwia kontakt antygenów bakteryjnych z komórkami rozpoznającymi an-tygen, głównie komórkami dendrytycznymi i makrofagami. Zaburzona odpowiedź immunologiczna typu wrodzonego, przede wszystkim wywołana defektem czynnościowym ma-krofagów, prowadzi do dalszego przetwarzania informacji

odpowiedzi immunologicznej typu nabytego oraz podtrzy-mywania przewlekłego stanu zapalnego  [27−30]. Zgodnie z tym modelem zajęcie błony podśluzowej i tak zwane „od-czynowe” zapalenie węzłów chłonnych, a także pozajelitowe manifestacje choroby Leśniowskiego-Crohna są interpre-towane jako zmiany wtórne, stąd nazwa, która obecna jest w literaturze, określająca „kierunek” procesu patogenetycz-nego jako „outside-in” [31].

Pojawiły się jednak ciekawe opinie podważające taką teorię, jak również zakładaną kolejność rozprzestrzeniania się procesu zapalnego od światła jelita w głąb tkanek, które wynikają z innej interpretacji wyników badań genetycznych i epidemiologicznych w połączeniu z obrazem patomorfo-logicznym choroby Leśniowskiego-Crohna [31, 32].

Po pierwsze, kontakt z fizjologiczną florą jelitową po-przez nieszczelną barierę jelitową miałby być pierwot-nym ogniwem patogenetyczpierwot-nym. Ponieważ zachorowal-ność na chorobę Crohna wynosi średnio około 20 osób na 100  000, wynika z tego, że u 99,98% populacji choroba nie rozwinie się mimo stałego ryzyka  [33]. Mało tego, jak wynika z badań, choroba nie rozwinie się również u ponad 95% osób z największym ryzykiem genetycznym, takim jak homozygoty z mutacją genu NOD2 [34].

Drugi argument poddający w wątpliwość założenia przedstawionego modelu patogenezy pojawił się wraz z da-nymi wynikającymi z analizy funkcji genów zwiększających ryzyko choroby Crohna. Prowadzone badania ludzkiego ge-nomu pozwoliły do tej pory na udowodnienie statystycznie istotnego związku pomiędzy zachorowaniem a mutacjami w ponad trzydziestu genach. Najsilniejszy związek z cho-robą wykazują mutacje dotyczące genów NOD2, ATG16L1 i IRGM [35]. Białko kodowane przez gen NOD2 jest zloka-lizowane we wnętrzu komórki, gdzie rozpoznaje peptydo-glukan bakteryjny. Pozostałe geny kodują białka niezbędne w procesie autofagii, który jest istotny dla eliminacji pato-genów wewnątrzkomórkowych [21−23, 35]. Wracając do fi-zjologicznej flory jelitowej to, komensalne mikroorganizmy wchodzące w jej skład są bakteriami zewnątrzkomórkowy-mi. Wyniki badań genetycznych wskazują więc wyraźnie na znaczenie defektu odpowiedzi immunologicznej wro-dzonej, szczególnie dotyczącej eliminacji bakterii wewnątrz-komórkowych. Przypuszczenia te zostały potwierdzone w badaniach eksperymentalnych oraz klinicznych u pacjen-tów z chorobą Crohna. Wykazano, że upośledzenie wrodzo-nej odpowiedzi immunologiczwrodzo-nej wynika przede wszystkim z osłabionej funkcji makrofagów, zarówno w ostrej fazie zapalnej (migracja do ogniska zapalnego, produkcja cyto-kin), jak i w procesie eliminacji bakterii wewnątrzkomórko-wych [36, 37].

Przytoczone argumenty stanowią mocną podstawę, aby zrewidować poglądy dotyczące etiopatogenezy choroby Crohna i powrócić do koncepcji znaczenia bakterii

we-wnątrzkomórkowych w zapoczątkowaniu choroby. Defekt odpowiedzi immunologicznej wrodzonej polega między in-nymi na upośledzonej eliminacji bakterii wewnątrzkomór-kowych (Mycobacterium, Salmonella, Listeria) i łatwiejszym ich przenikaniu przez nieuszkodzoną barierę jelitową. Pro-ces chorobowy szerzy się następnie w obrębie krezkowych węzłów chłonnych, dochodzi do ich przewlekłego zapale-nia, nacieku zapalnego w obrębie tkanki tłuszczowej trzew-nej, naczyń krwionośnych i naczyń chłonnych. Upośledzo-ny drenaż limfatyczUpośledzo-ny i żylUpośledzo-ny jest przyczyną uszkodzenia ściany jelita (nie tylko błony śluzowej, ale także w pierwszej kolejności jej głębszych warstw). Rozprzestrzenianie się in-fekcji prowadzi do ogólnoustrojowych manifestacji choroby. W tym zmienionym modelu choroby kierunek zmian pato-genetycznych określa się jako „inside-out”, dla podkreślenia, że przewlekłe zmiany zapalne ściany jelita są następstwem procesu chorobowego toczącego się wcześniej, głównie w układzie chłonnym. Zapalenie w ścianie jelita zwiększa z kolei przepuszczalność błony śluzowej i powoduje wtórnie aktywację odpowiedzi immunologicznej swoistej, nabytej (z udziałem komórek pamięci immunologicznej, limfocy-tów efektorowych typu Th1 i Th2) w odpowiedzi na kon-takt z różnorodnymi antygenami bakteryjnymi obecnymi w świetle jelita [31].

Poparciem dla modelu patogenetycznego „inside-out” są wyniki badań nad przebiegiem zakażenia bakteriami wewnątrzkomórkowymi. Inwazja bakterii (rodzaju

Li-steria, Salmonella, Mycobacterium) odbywa się poprzez

praktycznie nieuszkodzoną błonę śluzową i jeszcze przed pojawieniem się objawów jelitowych choroby można po kil-ku godzinach od zakażenia stwierdzić obecność bakterii w krezkowych węzłach chłonnych i wątrobie. Objawy je-litowe u bydła, spowodowane zakażeniem Mycobacterium

avium paratuberculosis, może wywołać nie tylko zakażenie

drogą pokarmową, ale takie same zmiany zapalne występu-ją po zakażeniu drogą dożylną, co potwierdza ich wtórny, w stosunku procesu ogólnoustrojowego, charakter [38].

Poparciem hipotezy, że proces zapalny szerzy się z głęb-szych warstw ściany jelita są również wyniki badań nawrotu choroby u pacjentów operowanych, w których zaobserwo-wano, że obfity naciek zapalny w blaszce właściwej wystę-puje przy obecności bardzo niewielkich ubytków błony śluzowej [39].

Leczenie

Możliwości leczenia pacjentów, uzyskania i podtrzyma-nia remisji klinicznej znacznie poprawiły się po wprowa-dzeniu do terapii glikokortykosteroidów (lata 50. XX wie-ku), leków immunosupresyjnych (lata 70. XX wieku) oraz, od ponad 10 lat, leków biologicznych, głównie hamujących prozapalne działanie czynnika martwicy guza (TNF-alfa).

Mimo znacznego postępu w leczeniu farmakologicznym i zabiegowym, nadal nie potrafimy skutecznie i trwale wy-leczyć pacjentów. Jedynym sposobem, aby to w przyszłości osiągnąć, są dalsze badania nad etiologią i patogenezą tych chorób oraz wypracowanie na podstawie ich wyników no-wych metod terapii.

Leczenie przeciwbakteryjne oraz wpływające na zmianę składu bakterii zasiedlających jelito w kierunku zwiększe-nia odsetka szczepów korzystnych dla gospodarza stosuje się w różnych postaciach chorób zapalnych jelit oraz w le-czeniu ich powikłań  [40]. Największe zastosowanie prak-tyczne mają metronidazol, ciprofloksacyna i rifaksymina –  skuteczne w leczeniu powikłań (przetoki, ropnie) i nad-każeń bakteryjnych w przebiegu choroby oraz probiotyki (VSL#3) –  w podtrzymywaniu remisji wrzodziejącego za-palenia jelita grubego i zapobieganiu zapaleniu zbiornika jelitowego (pouchitis) u chorych po kolektomii  [40−43]. Dotychczasowe wyniki wielu prób klinicznych są jednak trudne do interpretacji, badane grupy pacjentów są nielicz-ne, metodologia i dobór odpowiednich preparatów jak do-tąd niezadowalające.

Podsumowanie

Postęp wiedzy stawia przed nami kolejne zagadki. Przed-stawiona koncepcja patogenetyczna rozgranicza początko-we ogniwa patogenezy obu nieswoistych chorób zapalnych jelit, ale w ten sposób pozwala również wytłumaczyć wystę-pujące między nimi różnice. Szerzenie się zmian zapalnych wtórnie do zajęcia naczyń i węzłów chłonnych tłumaczy pełnościenny, odcinkowy charakter zmian, a także tworze-nie się włóknistych zwężeń w przebiegu choroby Leśniow-skiego-Crohna. Wydaje się, że należałoby ukierunkować badania na poznanie głębiej leżących tkanek i procesu za-palnego toczącego się w ścianie jelita, układzie chłonnym, naczyniowym i trzewnej tkance tłuszczowej przy zastoso-waniu innych modeli badawczych niż tych, w których zapa-lenie wywołane jest czynnikami działającymi bezpośrednio na błonę śluzową. Badania bakteriologiczne i immunolo-giczne dotyczące błony śluzowej są prawdopodobnie nie-wystarczające, a część z nich może opisywać jedynie stany wynikające z nadkażenia zmienionej zapalnie błony śluzo-wej i wtórnej, nadmiernej odpowiedzi immunologicznej na-bytej. Ustalenie wczesnych etapów patogenezy, a być może etiologii nieswoistych chorób zapalnych jelit jest niezbędne dla wypracowania strategii terapeutycznych i profilaktycz-nych, które stosowane w początkowych stadiach stwarzają szansę na uniknięcie powikłań, a być może również wyle-czenie choroby.

Należy mieć nadzieję, że toczące się teraz i w najbliższej przyszłości badania mikrobiologiczne, genetyczne i farma-kologiczne z zastosowaniem nowych metod i modeli

ba-jest zabronione i stanowi poważne naruszenie przepisów prawa autorskiego oraz grozi sankcjami prawnymi.

nego leczenia chorób zapalnych jelit.

Konflikt interesów: nie zgłoszono.

Piśmiennictwo

1. Vind I, Riis L, Jess T et al. Increasing incidences of inflammatory bowel disease and decreasing surgery rates in Copenhagen City and County, 2003−2005: a population-based study from the Danish Crohn colitis da-tabase. Am J Gastroenterol 2006;101(6):1274−1282.

2. Rubin GP, Hungin AP, Kelly PJ, Ling J. Inflammatory bowel disease: epi-demiology and management in an English general practice population. Aliment Pharmacol Ther 2000;14(2):1553−1559.

3. Loftus CG, Loftus EV Jr, Harmsen WS et al. Update on the incidence and prevalence of Crohn’s disease and ulcerative colitis in Olmsted County, Minnesota, 1940−2000. Inflamm Bowel Dis 2007;13:254−261.

4. Cosnes J, Gower-Rousseau C, Seksik P, Cortot A. Epidemiology and natural history of inflammatory bowel diseases. Gastroenterology 2011;140(6):1785−1794.

5. Auvin S, Molinié F, Gower-Rousseau C et al. Incidence, clinical presenta-tion and locapresenta-tion at diagnosis of pediatric inflammatory bowel disease: a prospective population-based study in northern France (1988−1999). J Pediatr Gastroenterol Nutr 2005;41(1):49−55.

6. Kelsen J, Baldassano RN. Inflammatory bowel disease: the difference be-tween children and adults. Inflamm Bowel Dis 2008;14(Suppl. 2):S9−S11. 7. Peyrin-Biroulet L, Loftus EV Jr, Colombel JF, Sandborn WJ. Long-term

complications, extraintestinal manifestations, and mortality in adult Crohn’s disease in population-based cohorts. Inflamm Bowel Dis 2011;17(1):471−478.

8. Munkholm P, Langholz E, Davidsen M, Binder V. Disease activity courses in a regional cohort of Crohn’s disease patients. Scand J Gastroenterol 1995;30(7):699−706.

9. Vavricka SR, Brun L, Ballabeni P et al. Frequency and risk factors for extra-intestinal manifestations in the Swiss Inflammatory Bowel Disease Co-hort. Am J Gastroenterol 2011;106(1):110−119.

10. Solberg IC, Vatn MH, Høie O et al. Clinical course in Crohn’s disease: re-sults of a Norwegian population-based ten-year follow-up study. Clin Gastroenterol Hepatol 2007;5(12):1430–1438.

11. Shorter RG, Huizenga KA, Spencer RJ. A working hypothesis for the etio-logy and pathogenesis of nonspecific inflammatory bowel disease. Am J Dig Dis 1972;17(11):1024–1032.

12. Steinman L. A brief history of Th17, the first major revision in the Th1/Th2 hypothesis of T cell-mediated tissue damage. Nat Med 2007;13(2):139–145. 13. Annunziato F, Cosmi L, Santarlasci V et al. Phenotypic and functional

fe-atures of human Th17 cells. J Exp Med 2007;204(8):1849–1861. 14. Hundorfean G, Neurath MF, Mudter J. Functional relevance of T helper 17

(Th17) cells and the IL-17 cytokine family in inflammatory bowel disease. Inflamm Bowel Dis 2012;18(1):180−186.

15. Neurath MF, Finotto S. The many roads to inflammatory bowel disease. Immunity 2006;25(2):189–191.

16. Fiocchi C. Future of IBD pathogenesis: how much work is left to do? Inflamm Bowel Dis 2008;14(Suppl. 2):S145−S147.

17. Sellon RK, Tonkonogy S, Schultz M et al. Resident enteric bacteria are necessary for development of spontaneous colitis and immu-ne system activation in interleukin-10-deficient mice. Infect Immun 1998;66(11):5224−5231.

18. Sartor RB. Microbial influences in inflammatory bowel disease. Gastroen-terology 2008;134(2):577−594.

19. D’Haens G.R., Geboes K., Peeters M, Baert F, Penninckx F, Rutgeerts P. Early lesions of recurrent Crohn’s disease caused by infusion of intestinal contents in excluded ileum. Gastroenterology 1998;114(2):262−267. 20. Gophna U, Sommerfeld K, Gophna S, Doolittle WF, Veldhuyzen van

2006;44(11):4136−4141.

21. Hugot JP, Chamaillard M, Zouali H et al. Association of NOD2 leuci-ne-rich repeat variants with susceptibility to Crohn’s disease. Nature 2001;411(6837):599−603.

22. Ogura Y, Bonen DK, Inohara N et al. A frameshift mutation in NOD2 as-sociated with susceptibility to Crohn’s disease. Nature 2001;411(6837): 603−606.

23. Barrett JC, Hansoul S, Nicolae DL et al. Genome-wide association defines more than 30 distinct susceptibility loci for Crohn’s disease. Nat Genet 2008;40(8):955−962.

24. Kaser A, Lee AH, Franke A et al. XBP1 links ER stress to intestinal inflam-mation and confers genetic risk for human inflammatory bowel disease. Cell 2008;134(5):743−756.

25. Reese GE, Constantinides VA, Simillis C et al. Diagnostic precision of

anti-Saccharomyces cerevisiae antibodies and perinuclear antineutrophil

cy-toplasmic antibodies in inflammatory bowel disease. Am J Gastroenterol 2006;101(10):2410–2422.

26. Ferrante M, Henckaerts L, Joossens M et al. New serological markers in inflammatory bowel disease are associated with complicated disease behaviour. Gut 2007;56(10):1394–1403.

27. Korzenik JR. Is Crohn’s disease due to defective immunity? Gut 2007;56(1):2–5.

28. Round JL, Mazmanian SK. The gut microbiota shapes intestinal immune responses during health and disease. Nat Rev Immunol 2009;9(5):313– 323.

29. Casanova JL, Abel L. Revisiting Crohn’s disease as a primary immunodefi-ciency of macrophages. J Exp Med 2009;206(9):1839–1843.

30. Xavier RJ, Rioux JD. Genome-wide association studies: a new window into immune-mediated diseases. Nat Rev Immunol 2008;8(8):631–643. 31. Behr MA. The path to Crohn’s disease: is mucosal pathology a second

event? Inflamm Bowel Dis 2010;16(5):896−902.

32. Coulombe F, Behr MA. Crohn’s disease as an immune deficiency? Lancet 2009;374(9692):769–770.

33. Economou M, Pappas G. New global map of Crohn’s disease: genetic, environmental, and socioeconomic correlations. Inflamm Bowel Dis 2008;14(5):709–720.

34. Hugot JP. CARD15/NOD2 mutations in Crohn’s disease. Ann N Y Acad Sci 2006;1072:9–18.

35. Cho JH. The genetics and immunopathogenesis of inflammatory bowel disease. Nat Rev Immunol 2008;8(6):458–466.

36. Marks DJ, Harbord MW, MacAllister R et al. Defective acute inflammation in Crohn’s disease: a clinical investigation. Lancet 2006;367(9511):668– 678.

37. Smith AM, Rahman FZ, Hayee B et al. Disordered macrophage cytokine secretion underlies impaired acute inflammation and bacterial clearance in Crohn’s disease. J Exp Med 2009;206(9):1883–1897.

38. Wu CW, Livesey M, Schmoller SK et al. Invasion and persistence of

Myco-bacterium avium subsp. paratuberculosis during early stages of Johne’s

disease in calves. Infect Immun 2007;75(5):2110–2119.

39. Rutgeerts P, Geboes K, Vantrappen G, Kerremans R, Coenegrachts JL, Co-remans G. Natural history of recurrent Crohn’s disease at the ileocolonic anastomosis after curative surgery. Gut 1984;25(6):665–672.

40. Sartor RB. Therapeutic manipulation of the enteric microflora in inflam-matory bowel disease: antibiotics, probiotics and prebiotics. Gastroente-rology 2004;126(6):1620−1633.

41. Kruis W. Review article: antibiotics and probiotics in inflammatory bowel disease. Aliment Pharmacol Ther 2004;20(Suppl. 4):S75−S78.

42. Mimura T, Rizzello F, Helwig U et al. Once daily high dose probiotic thera-py (VSL#3) for maintaining remission in recurrent or refractory pouchitis. Gut 2004;53(1):108−114.

43. Gionchetti P, Rizzello F, Helwig U et al. Prophylaxis of pouchitis onset with probiotic therapy: a double-blind, placebo-controlled trial. Gastro-enterology 2003;124(5):1202−1209.