POPULARNE POLECENIA SKRYPTY. Pracownia Informatyczna 4

(1)

POPULARNE POLECENIA

(2)

(3)

POPULARNE POLECENIA

cal – wyświetlenie kalendarza Składnia: cal 2017, cal

Polecenie cal wyprowadza kalendarz dla podanego roku, (domyślnie dla aktualnego) miesiąca

date – wyświetlenie daty Składnia: date [opcje]

Polecenie date wystwietla aktualną datę systemową

(4)

POPULARNE POLECENIA

finger – wyświetlenie informacji o użytkownikach Składnia: finger [opcje] [nazwy]

Jeśli nie podano nazw, to na ekranie pojawia się informacja o wszystkich pracujących użytkownikach

Wyświetlanie informacji o zalogowanych użytkownikach zapewniają także polecenia w oraz who.

(5)

POPULARNE POLECENIA

find – szukanie plików

Składnia: find ścieżka opcje

find katalog –name nazwa_pliku

W przypadku znalezienia pliku o podanej nazwie, ścieżka dostępu do niego będzie wyświetlona w standardowym wyjściu.

(6)

POPULARNE POLECENIA

dirname – wyodrębnienie ze ścieżki nazwę katalogu Składnia: dirname ścieżka

basename – usuwa ze ścieżki nazwy katalogów i końcówkę Składnia: basename ścieżka [końcówka]

(7)

POPULARNE POLECENIA

diff – porównanie dwóch plików Składnia: diff [opcje] plik1 plik2

< wiersze występujące tylko w pliku 1

> w pliku 2

diff3 – porównanie trzech plików

Składnia: diff3 [opcje] plik1 plik2 plik3

Program wyświetla kolejno: wiersze różne we wszystkich plikach oraz wiersze wyróżniające się tylko w jednym z plików

(8)

POPULARNE POLECENIA

comm – wybór lub odrzucenie wspólnych wierszy Składnia: comm [opcje] plik1 plik2

Program wyszukuje wiersze wspólne dla dwóch plików. Wyświetla wyniki z trzech kolumnach: wiersze znajdujące się tylko w pliku 1, tylko w pliku 2, oraz w obu

plikach.

join – łączenie odpowiednich wierszy dwóch plików Składnia: join [opcje] plik1 plik2

(9)

POPULARNE POLECENIA

tr – zamiana znaków

Składnia: tr [opcje] string1 string2

(10)

POPULARNE POLECENIA

uniq – wykrywanie powtarzających się wierszy Składnia: uniq [opcje] plik

(11)

POPULARNE POLECENIA

sort – sortowanie plików Składnia: sort [opcje] pliki

(12)

POPULARNE POLECENIA

grep – poszukiwanie wzorca w pliku Składnia: grep [opcje] wzorzec plik

Grep (get regular expression) poszukuje podanego wzroca w przeszukiwanym sekwencyjnie pliku lub strumieniu danych ze standardowego wejścia i przekazaują wiersze, zawierające wzorzec na standardowe wyjście.

(13)

(14)

„HELLO WORLD”

Demonstracja sposobu programowania

#!/bin/bash

#Tu jest komentarz.

echo "Hello world"

Uruchomienie skryptu Bash lub sh lub ./

sh skrypt.sh

(15)

a=2

while [ $a -le 5 ]

> do

> echo "Do tej pory pętla wykonała się $a razy"

> a=$[a + 1]

> done

a=2; while [ $a -le 5 ]; do echo "Do tej pory pętla wykonała się $a razy"; a=$[a + 1]; done

terminal

skrypt

(16)

BASH – OBLICZENIE ŚREDNIEGO POKRYCIA GENOMU

wysokie pokrycie niskie pokrycie

Krótkie Sekwencje

(17)

Pliki o nazwach animal_name.rmdup.fs

Zawartość pliku animal_1.rmdup.fs: 𝑐𝑜𝑣𝑒𝑟𝑎𝑔𝑒 = 𝑛 ∗ 𝑟

𝑑 ,

where n denoted the total number of aligned reads, r the read length in bp and d the length of the reference genome (2697.56 Mb).

Jakie jest średnie pokrycie genomu?

(18)

LISTA ZADAŃ 2

polecenie find

instrukcje warunkowe Format VCF

(19)

LISTA ZADAŃ 2

polecenie find

instrukcje warunkowe Format VCF

(20)

LISTA ZADAŃ 2

polecenie find

instrukcje warunkowe Format VCF

If warunek;

then

polecenia;

elif warunek;

then

polecenia;

else

liczba=5

if [ $liczba -eq 10 ];

then

echo "Liczba jest równa 10";

elif [ $liczba -gt 10 ];

then

echo "Liczba jest wieksza niz 10";

(21)

LISTA ZADAŃ 2

polecenie find

instrukcje warunkowe Format VCF

Krótkie Sekwencje Genom

Różne nukleotydy między genomem referencyjnym a genomem próby

(22)

LISTA ZADAŃ 2

polecenie find

instrukcje warunkowe Format VCF