• Nie Znaleziono Wyników

Bioinformatyka_wyk01_biologia

N/A
N/A
Protected

Academic year: 2021

Share "Bioinformatyka_wyk01_biologia"

Copied!
39
0
0

Pełen tekst

(1)

Bioinformatyka

Witold  Rudnicki

(2)

Materiały

Wykłady:  

• Introductory  Bioinforma9cs,  Fourth  Edi9on.    

Stefanie  Hartmann,  Joachim  Selbig    

• Bioinforma9cs  and  Func9onal  Genomics,  Second  Edi9on     Jonathan  Pevsner.    

• Bioinforma9cs  for  Dummies,  Second  Edi9on    

Jean-­‐Michel  Claverie  and  Cedric  Notredame

(3)

Materiały

Laboratorium:  

• Manuale  R:  hLp://cran.r-­‐project.org/manuals.html  

• Manuale  Python:  hLps://docs.python.org/3/  

• Manual  Biopython:  hLp://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html  

• Manual  Bioconductor:  hLp://manuals.bioinforma9cs.ucr.edu

(4)

Format

Laboratoria:    Jak  wykonać  różne  zadania?  

!

Wykłady:    Jak  to  działa?

(5)

Format

Wykład:    Jak  to  działa?      

• Wprowadzenie  do  biologii  molekularnej  

• Analiza  sekwencji  -­‐  wyszukiwanie  sekwencji  podobnych  

• Biologiczne  bazy  danych  

• Bioinformatyka  strukturalna,  własności  fizykochemiczne   aminokwasów,  własności  białek  

• R  -­‐  środowisko  analiz  statystycznych  i  język  programowania  

• Metody  doświadczalne  biologii  molekularnej  

• Analiza  sekwencji  -­‐  identyfikacja  genów,  sekwencjonowanie  

nowej  generacji,  genomika,  warianty  strukturalne

(6)

Format

Laboratorium:    Jak  to  wykonać?  

Nauczymy  się:  

1. Podstawowych  zadań  wykonywanych  przez  bioinformatyków   2. Podstaw  dwóch  języków  kluczowych  w  bioinformatyce:  

Python  i  R  

3. Wykorzystywania  bibliotek  gotowych  procedur   bioinformatycznych:  

1. Bioconductor   2. Biopython  

4. Tworzenia  protokołów  przetwarzania  danych

(7)

Co  to  jest  bioinformatyka

• Wąsko  -­‐  budowa  i  wykorzystanie  biologicznych  baz  danych  

• Szeroko  -­‐  wykorzystanie  komputerów  do  rozwiązywania  

problemów  w  biologii

(8)

Po  co  bioinformatyka   informatykom?

• Fascynująca  dziedzina  nauki  pozwalająca  włączyć  się   informatykom  w  odkrywanie  wiedzy  o  świecie    

• Kopalnia  nowych  problemów  algorytmicznych  i  praktycznych  

• Wyzwania  czysto  techniczne  -­‐  wzrost  objętości  danych  silnie   szybszy  niż  prawo  Moore’a  

• Przykład  zastosowania  informatyki  w  dziedzinach  praktycznych

(9)

History  of  life

Evolu9on  of  life Bioinformatics and Functional Genomics, Pevsner 2011

(10)

Tree  of  life

XVII  century  -­‐  Linnaeus  -­‐  the  systema9cs   Three  kingdoms:  Animaliae  Plantae  

Mineraliae  

!

Currently:    

Three  superkingdoms:    

Bacteria     Archea   Eukaryota  

!

!

!

!

Bioinformatics and Functional Genomics, Pevsner 2011

Cytaty

Powiązane dokumenty

ar shehatae Candida palmioleophila Candida fluviatilis Candida saitoana Candida pseudoglaebosa Candida glaebosa Candida insectamans Candida lyxosophila Candida kr uisii Candida

Girard V., Mailler S., Chetry M., Vidal C., Durand G., Girard V., VanBelkum A., Colombo A.L., Hagen F., Meis J.F., Chow- dhary A.: Identification and typing of the emerging pathogen

The concentrations of the treated compounds were investigated in the trickling liquid for time intervals between the solution exchange, both for the start-up period as well as

So, in the present research investigation, the first step includes application of Lipase AY Amano 30 (Candida rugosa) for the biohydrolysis of neutral glycerides present in CAO and

kowa, Warszawa 1975) streścić można następująco: l)cz!owickicm można stać się poprzez artykulację swego stosunku do natury; 2) artykulacja ta jest możliwa dzięki scalaniu w

bień, w obydwie zresztą strony: czy to z brakującym nie, czy też z nie zbędnym, jest w Rozmyślaniu więcej. To były przykłady pojedyncze, sporadyczne, w których dwa razy udało

Three key areas with significant advances over the past decade have been identified: (1) temporal and spatial resolution of rain- fall data required for different types of

We see that depending on whether the cavity is over- coupled or undercoupled, whether it is red or blue sideband driven, and whether the drive power is sufficiently strong,