Analiza nierównowagi sprzężeń polimorfizmów genu HSP90AA1

6.3.1. Analiza nierównowagi sprzężeń polimorfizmów genu HSP90AA1 dla grupy pacjentów z SOZN i SWZN

Wszystkie polimorfizmy genu HSP90AA1 (7 SNP) poddane analizie LD zachowywały zgodność z prawem HWE (p>0,05). Charakterystyka polimorfizmów, z uwględnieniem ich

WYNIKI

101

pozycji chromosomowej, testu na zgodność z prawem HWE, alleli wchodzące w ich skład oraz częstości alleli rzadszych w badanych grupach, została przedstawiona w tabeli 70.

Tabela 70. Charakterystyka analizowanych polimorfizmów genu HSP90AA1 w grupach pacjentów z SOZN i SWZN.

Polimorfizm SNP

Pozycja

chromosomowa ^{HWE MAF Allele}

rs2298877 102548224 1,00 0,120 G:A rs6575895 102548384 1,00 0,113 A:G rs34644998 102548703 1,00 0,000 A:A rs7155973 102549839 1,00 0,056 C:T rs3742429 102550569 1,00 0,141 T:C rs4947 102550803 1,00 0,148 T:C rs4586364 102551788 0,98 0,099 T:C

SNP – polimorfizm pojedynczego nukleotydu, HWE – prawo Hardy’ego Weinberga, MAF – częstość allelu rzadszego

W analizie asocjacji poszczególnych polimorfizmów nie zaobserwowano istotnych statystycznie związków sprzężonych alleli z grupą pacjentów z SOZN w porównaniu z grupą pacjentów z SWZN (p>0,05). Spośród analizowanych SNP, jeden (rs34644998) nie wykazał zróżnicowania, w związku z czym został wyeliminowany z dalszych analiz (Tabela 71).

Tabela 71. Analiza asocjacji badanych polimorfizmów genu HSP90AA1 w grupach SOZN i SWZN.

Polimorfizm SNP Sprzężony allel Stosunek częstości SOZN/SWZN χ2 p rs2298877 A 0,134 / 0,100 0,383 0,536 rs6575895 G 0,134 / 0,083 0,895 0,344 rs7155973 T 0,073 / 0,033 1,034 0,309 rs3742429 C 0,171 / 0,100 1,432 0,231 rs4947 C 0,183 / 0,100 1,891 0,169 rs4586364 C 0,122 / 0,067 1,192 0,275

SNP – polimorfizm pojedynczego nukleotydu, SOZN – pacjenci ze steroidoopornym zespołem nerczycowym, SWZN – pacjenci ze steroidowrażliwym zespołem nerczycowym, χ² – rozkład chi kwadrat, p – poziom istotności

W analizie LD stosunkowo silne sprzężenia odnotowano między trzema polimorfizmami spośród sześciu: rs2298877 i rs3742429 (D’=0,93; r2=0,72), rs2298877 i rs4947 (D’=1,00; r²=0,78) oraz rs3742429 i rs4947 (D’=0,94; r2

=0,84), (Tabela 72). Sprzężenia te nie były na tyle silne, aby utworzyć bloki haplotypowe (Ryc. 26.). W pozostałych przypadkach zestawów markerów, wykazano stosunkowo niskie wartości D’oraz r2, w wyniku czego pojawienie się sprzężenia między nimi jest mało prawdopodobne (D’≤1, r2

<0,47).

Tabela 72. Polimorfizmy SNP genu HSP90AA1 wykazujące najsilniejsze sprzężenie w badanej grupie pacjentów z SOZN i SWZN. Polimorfizm D' r2 95% CI Odległość w pz rs2298877_rs3742429 0,93 0,72 0,75-0,99 2345 rs2298877_rs4947 1,00 0,78 0,84-1,0 2579 rs2298877_rs4586364 0,83 0,56 0,61-0,94 3564 rs3742429_rs4947 0,94 0,84 0,8-0,99 234

SNP - polimorfizm pojedynczego nukleotydu, D’ – wskaźnik Lewontine’a, r² – kwadrat współczynnika korelacji nierównowagi sprzężeń, 95% CI – 95% przedział ufności, pz – pary zasad

WYNIKI

Rycina 26. Schemat graficzny nierównowagi sprzężeń (LD) pomiędzy analizowanymi polimorfizmami SNP genu HSP90AA1 w badanych grupach pacjentów z SOZN i SWZN wyrażonej wartością współczynnika korelacji r² w procentach (kolor rombu odpowiada wartości r² wyrażonej w procentach: biały – r²=0%, szary – 0%<r²<100%, czarny – r² = 100%).

6.3.2. Analiza nierównowagi sprzężeń polimorfizmów genu HSP90AA1 dla grupy pacjentów z IZN oraz grupy kontrolnej

Wszystkie zaobserwowane polimorfizmy (7SNP) zachowywały zgodność z prawem HWE. Szczagółową charakterystykę polimorfizmów, zawierającą lokalizację na chromosomie, test zgodności z prawem HWE, częstośc allelu rzadszego w badanych grupach oraz allele je tworzące, przedstawia tabela 73.

Tabela 73. Charakterystyka analizowanych polimorfizmów genu HSP90AA1 w grupie pacjentów z IZN i grupie kontrolnej.

Polimorfizm SNP

Pozycja

chromosomowa ^{HWE MAF Allele}

rs2298877 102548224 0,84 0,153 G:A rs6575895 102548384 1,00 0,119 A:G rs34644998 102548703 1,00 0,005 A:C rs7155973 102549839 1,00 0,074 C:T rs3742429 102550569 0,79 0,173 T:C rs4947 102550803 0,70 0,178 T:C rs4586364 102551788 1,00 0,104 T:C

SNP – polimorfizm pojedynczego nukleotydu, HWE – prawo Hardy’ego Weinberga, MAF – częstość allelu rzadszego

W analizie asocjacji poszczególnych polimorfizmów zaobserwowano istotny statystycznie związek allelu G dla polimorfizmu rs2298877 (p=0,041) w porównaniu grupy pacjentów z IZN z grupą kontrolną. Zaobserwowano również trend w kierunku asocjacji allelu T polimorfizmu rs3742429 oraz allelu T polimorfizmu rs4947 z IZN w porównaniu z grupą kontrolną (p=0,061 i p=0,083 odpowiednio). W pozostałych przypadkach nie zaobserwowano istotnych statystycznie asocjacji sprzężonych alleli w porównywanych grupach (p>0,05), (Tabela 74).

W analizie LD silne sprzężenie zaobserwowano pomiędzy pięcioma spośród siedmiu polimorfizmów: rs2298877 z rs3742429 (D’=0,93, r2=0,72), rs2298877 z rs4947 (D’=1,00, r²=0,78), rs6575895 z rs7155973 (D’=1, r2

WYNIKI

103

(Tabela 75). Sprzężenia te wykazywały wystarczającą siłę do wygenerowania dwóch bloków haplotypowych (Ryc. 27.). W pozostałych przypadkach, z powodu stosunkowo niskich wartość D’ oraz współczynnika korelacji r2, zaistnienie sprzężenia między nimi jest mało prawdopodobne.

Tabela 74. Analiza asocjacji badanych polimorfizmów genu HSP90AA1 w grupie pacjentów z IZN i grupie kontrolnej. Polimorfizm SNP Sprzężony allel Stosunek częstości IZN/Grupa kontrolna χ2 p rs2298877 G 0,880 / 0,767 4,191 0,041 rs6575895 A 0,887 / 0,867 0,172 0,678 rs34644998 A 1,000 / 0,983 2,378 0,123 rs7155973 C 0,944 / 0,883 2,233 0,135 rs3742429 T 0,859 / 0,750 3,508 0,061 rs4947 T 0,852 / 0,750 3,003 0,083 rs4586364 T 0,901 / 0,883 0,148 0,701

SNP – polimorfizm pojedynczego nukleotydu, IZN – idiopatyczny zespół nerczycowy, χ² – rozkład chi kwadrat, p – poziom istotności (kolor czerwony – wynik istotny statystycznie, kolor zielony – wynik bliski istotności statystycznej)

Tabela 75. Polimorfizmy SNP genu HSP90AA1 wykazujące najsilniejsze sprzężenie w badanej grupie pacjentów z IZN i grupie kontrolnej.

Polimorfizm SNP D’ r2 95% CI Odległość w pz rs2298877_rs3742429 0,88 0,67 0,74-0,95 2345 rs2298877_rs4947 0,92 0,71 0,79-0,98 2579 rs6575895_rs7155973 1,00 0,60 0,81-1,0 1455 rs3742429_rs4947 0,97 0,90 0,87-1,0 234

SNP - polimorfizm pojedynczego nukleotydu, D’ – wskaźnik Lewontine’a, r² – kwadrat współczynnika korelacji nierównowagi sprzężeń, 95% CI – 95% przedział ufności, pz – pary zasad

Rycina 27. Schemat graficzny nierównowagi sprzężeń (LD) pomiędzy analizowanymi polimorfizmami SNP genu HSP90AA1 w badanych grupach pacjentów z IZN i grupie kontrolnej wyrażonej wartością współczynnika korelacji r2

w procentach (kolor rombu odpowiada wartości r² wyrażonej w procentach: biały – r2=0%, szary – 0%<r²<100%, czarny – r² = 100%).

Spośród haplotypów utworzonych bloków, najczęściej występował haplotyp AC bloku 1, który składał się z allelu A polimorfizmu rs6575895 oraz allelu C polimorfizmu rs7155973 (częstość AC wynosiła 0,8810). Haplotyp GC również z bloku 1, utworzony przez allel G

WYNIKI

polimorfizmu rs6575895 oraz allel C polimorfizmu rs7155973, okazał się najrzadszym z częstością występowania 0,045. Analiza danych wykazała istotną statystycznie różnicę w rozkładzie częstości haplotypu CC z bloku 2 między cała grupą pacjentów z IZN a grupą kontrolną (p=0,044) – haplotyp CC częsciej występował w grupie kontrolnej (Tabela 76).

Tabela 76. Charakterystyka wygenerowanych haplotypów genu HSP90AA1 w grupie pacjentów z IZN i grupie kontrolnej.

Haplotyp Częstość haplotypu Stosunek częstości IZN/grupa kontrolna χ2 p Blok 1 AC 0,881 0,887 / 0,867 0,172 0,678 GT 0,074 0,056 / 0,117 2,233 0,135 GC 0,045 0,056 / 0,017 1,559 0,212 Blok 2 TT 0,817 0,845 / 0,750 2,549 0,110 CC 0,168 0,134 / 0,250 4,067 0,044

IZN – pacjenci z idiopatycznym zespołem nerczycowym, χ² – rozkład chi kwadrat, p – poziom istotności

Z powodu przeprowadzanych testów wielokrotnych, w przypadku danych wykazujących zarówno istotność statystyczną, jak i wynik bliski istotności statystycznej, dokonano korekty poziomu istotności p za pomocą testu permutacji. Korekta nie potwierdziła związku polimorfizmów rs2298877, rs3742429, rs4947 oraz haplotypu bloku 2: CC z IZN w porównaniu z grupą kontrolną (p>0,05), (Tabela 77).

Tabela 77. Test permutacji dla polimorfizmów: rs2298877, rs3742429, rs4947 oraz haplotypu bloku 2: CC genu HSP90AA1 badanych w grupie z IZN i grupie kontrolnej.

Polimorfizm SNP/ haplotyp χ2 p rs2298877 4,191 0,153 rs3742429 3,508 0,248 rs4947 3,003 0,339 Blok 2: CC 4,067 0,169

SNP - polimorfizm pojedynczego nukleotydu, IZN – idiopatyczny zespół nerczycowy, χ² – rozkład chi kwadrat, p – poziom istotności