ROLA LABORATORIUM MIKROBIOLOGICZNEGO W KONTROLI
ZAKAŻEŃ SZPITALNYCH
ROLE OF MICROBIOLOGICAL LABORATORY IN CONTROL OF HEALTHCARE-ASSOCIATED INFECTIONS
STRESZCZENIE: Badania mikrobiologiczne stanowią podstawę rozpoznawania, leczenia i ograniczania zakażeń szpitalnych. Rola laboratorium mikrobiologicznego w tym zakresie po-lega na: wykrywaniu czynników etiologicznych wywołujących infekcje, monitorowaniu leko-oporności drobnoustrojów oraz kontroli procesów sterylizacji i dezynfekcji. Innymi zadania-mi są: udział w dochodzeniu epidezadania-miologicznym w ognisku zakażeń, badania przesiewowe pacjentów i personelu medycznego, opracowanie zasad doboru próbki i właściwego jej po-brania, a także odpowiednich warunków transportu materiału do badań mikrobiologicznych w celu uniknięcia błędów przedlaboratoryjnych oraz zapewnienia wiarygodności uzyskanych wyników. W kontroli zakażeń związanych z opieką zdrowotną (HAIs) duże znaczenie ma dobór właściwych metod laboratoryjnych, optymalne skrócenie czasu badania oraz pełna identyfika-cja czynników etiologicznych infekcji przy użyciu nowoczesnych technik. Laboratorium mikro-biologiczne spełnia również istotną rolę w oznaczaniu mechanizmów oporności izolatów kli-nicznych, we właściwej interpretacji wyników badań mikrobiologicznych pozwalających od-różnić kolonizację od zakażenia, konsultacji w zakresie antybiotykoterapii oraz fenotypowa-nia i genotypowafenotypowa-nia szczepów istotnych epidemiologicznie. Nadzór nad HAIs oraz skutecz-ne im zapobieganie są możliwe tylko przy ścisłej współpracy laboratorium mikrobiologiczskutecz-ne- mikrobiologiczne-go z lekarzem opiekującym się chorym i zespołem kontroli zakażeń szpitalnych danej placów-ki ochrony zdrowia.
SŁOWA KLUCZOWE: dochodzenie epidemiologiczne, laboratorium mikrobiologiczne, mapo-wanie epidemiologiczne szpitala, monitoromapo-wanie zakażeń szpitalnych, zakażenia szpitalne
ABSTRACT: Microbiological investigations constitute the basis for diagnosis, treatment and control of healthcare-associated infections (HAIs). The role of a microbiological laboratory in this aspect relies on identification of etiological agents causing infections, monitoring of their resistance to antimicrobial agents as well as the control of sterilization and disinfection proces-ses. Other tasks of a microbiological laboratory comprise the participation in epidemiological investigation of an epidemic outbreak, screening tests for patients and medical staff, elabora-tion of principles of choice of clinical materials and adequate methods of sampling, as well as proper conditions of transport of the sample for microbiological tests in order to avoid pre-la-boratory errors and ensure credibility of obtained results. In the control of healthcare-associa-ted infections it is very important to select proper laboratory methods, optimal shortening of duration of testing and full identification of etiological agents causing infections using mo-dern techniques. A microbiological laboratory also plays an important role in the determina-tion of resistance mechanisms of clinical isolates, proper interpretadetermina-tion of microbiological test results, which allow discrimination between colonization and infection, consultations on anti-biotic therapy as well as phenotyping and genotyping of epidemiologically important clinical
1 Zakład Mikrobiologii Samodzielnego Publicznego Centralnego Szpitala Klinicznego w Warszawie
2 Zakład Mikrobiologii Stomatologicznej Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego
} BEATA SULIK-TYSZKA
Zakład Mikrobiologii,
Samodzielny Publiczny Centralny Szpital Kliniczny w Warszawie,
ul. Banacha 1a, 02-097 Warszawa, Tel.: (22) 599 17 77, Fax: (22) 599 17 78, e-mail: b.sulik@interia.pl
Wpłynęło: 08.09.2015 Zaakceptowano: 19.09.2015 DOI: dx.doi.org/10.15374/FZ2015049
isolates. Surveillance of healthcare-associated infections and effective prevention are possi-ble only on condition of close cooperation between the microbiological laboratory, clinician and infection control unit of the hospital.
KEY WORDS: epidemiological investigation, epidemiological mapping of hospital units, heal-thcare-associated infections, healheal-thcare-associated infection monitoring, microbiological la-boratory
Nadzór nad zakażeniami w Polsce opiera się na Usta-wie z dnia 5 grudnia 2008 roku (z późniejszymi zmiana-mi) o zapobieganiu oraz zwalczaniu zakażeń i chorób zakaź-nych u ludzi [10]. Według tej ustawy w skład zespołu kon-troli zakażeń szpitalnych wchodzi diagnosta laboratoryjny jako specjalista do spraw mikrobiologii, jeżeli lekarz – prze-wodniczący zespołu – nie posiada specjalizacji z dziedziny mikrobiologii lekarskiej [10]. Kierownik działu diagnostyki mikrobiologicznej szpitala jest członkiem komitetu kontroli zakażeń szpitalnych danej placówki ochrony zdrowia [5, 9, 10]. Rolę laboratorium mikrobiologicznego w kontroli HAIs przedstawiono w Tabeli 1.
Laboratorium mikrobiologiczne zajmuje się następujący-mi zagadnienianastępujący-mi: diagnostyką zakażeń, monitorowaniem lekooporności drobnoustrojów oraz kontrolą procesów ste-rylizacji i dezynfekcji. Do innych zadań tej jednostki nale-żą: udział w dochodzeniu epidemiologicznym, badania mi-krobiologiczne środowiska szpitalnego, badania przesiewo-we pacjentów i personelu medycznego, opracowanie zale-ceń dotyczących doboru próbki i właściwego jej pobrania, odpowiedniego transportu materiału do badań mikrobiolo-gicznych, doboru właściwych metod badania i zastosowania nowoczesnych technik, a także optymalne skrócenie czasu badania oraz pełna identyfikacja czynników etiologicznych infekcji. Laboratorium mikrobiologiczne spełnia również istotną rolę w: oznaczeniu mechanizmów oporności, inter-pretacji wyników mikrobiologicznych pozwalających od-różnić kolonizację od zakażenia, konsultacji w zakresie an-tybiotykoterapii dotyczącej leczenia infekcji oraz fenotypo-wania i genotypofenotypo-wania szczepów.
ZADANIA LABORATORIUM
MIKROBIOLOGICZNEGO W KONTROLI
ZAKAŻEŃ SZPITALNYCH
DIAGNOSTYKA INFEKCJI I REJESTRACJA ZAKAŻEŃ
ZWIĄZANYCH Z OPIEKĄ ZDROWOTNĄ
Laboratorium mikrobiologiczne odgrywa istotną rolę w diagnostyce różnych klinicznych postaci zakażeń szpi-talnych oraz w nadzorze nad nimi. Szczególnie ważna jest
WSTĘP
Zakażenia szpitalne są obecnie określane jako zakażenia związane z opieką zdrowotną (ang. healthcare-associated infections – HAIs), gdyż obejmują infekcje nabyte nie tylko podczas hospitalizacji, lecz także w trakcie pobytu lub lecze-nia w innych placówkach ochrony zdrowia oraz w domach opieki długoterminowej. W niniejszej pracy obydwa te ter-miny będą używane zamiennie. Definicje zakażeń szpital-nych i kryteria ich rozpoznawania są zawarte w dokumencie opracowanym przez ECDC (ang. European Centre for Dise-ase Prevention and Control) [1].
Zakażenia szpitalne oraz narastająca lekooporność drob-noustrojów są obecnie problemem związanym z opieką zdrowotną zarówno w Polsce, jak i na świecie [2–4]. Mimo ogromnych postępów obserwowanych w różnych dzie-dzinach medycyny, ryzyko HAI nie zmniejsza się, a nawet wzrasta, m.in. z powodu coraz większej liczby osób z zabu-rzeniami odporności lub w starszym wieku. Zakażenia te występują u około 5–10% hospitalizowanych pacjentów [5, 6]. Szacuje się, że w krajach Unii Europejskiej (UE) co roku występuje około 4,1 mln przypadków HAIs [7]. Zakażenia szpitalne w UE są bezpośrednią przyczyną zgonów co naj-mniej 37 000 osób, a pośrednią – 110 000 [7]. Według da-nych Światowej Organizacji Zdrowia (ang. World Health Organization – WHO) w skali świata rocznie występuje kil-kaset milionów przypadków HAIs [2]. W krajach rozwi-niętych u około 30% pacjentów poddawanych intensyw-nej terapii występuje co najmniej jedno zakażenie szpitalne, a w krajach rozwijających się liczba ta jest nawet 2–3 razy wyższa [2]. Ryzyko HAIs jest szczególnie duże u nowo-rodków. W krajach rozwijających się jest ono nawet 3–20 razy wyższe niż w krajach rozwiniętych, toteż konieczne jest zwiększenie wysiłków mających na celu lepszą kontrolę tych infekcji. Istotnym elementem tego procesu jest ścisła współ-praca klinicystów i zespołu kontroli zakażeń szpitalnych da-nej placówki z laboratorium mikrobiologicznym [5, 6, 8].
Laboratorium mikrobiologiczne stanowi istotny element programu kontroli zakażeń szpitalnych [6, 9]. Dane z około 900 klinicznych laboratoriów mikrobiologicznych, wykonu-jących badania dla 1400 szpitali w Europie, są podstawą epi-demiologicznego raportu ECDC na temat HAIs i lekoopor-ności wywołujących je bakterii [7].
diagnostyka zakażeń krwi związanych z obecnością cew-ników, zwłaszcza w oddziałach intensywnej terapii (OIT), a także onkologicznych i hematologicznych [11, 12]. W praktyce szpitalnej HAIs najczęściej dotyczą: układu mo-czowego, układu oddechowego oraz miejsca operowanego, a także coraz częściej przewodu pokarmowego [13]. W celu uzyskania wiarygodnych wyników diagnostyka tych infek-cji wymaga zastosowania w laboratorium właściwych me-tod badania.
Diagnostyka zakażeń obejmuje dobór próbki i właściwe jej pobranie oraz odpowiednie warunki transportu materia-łu do badań mikrobiologicznych (czas, temperatura, podło-że transportowe) [13]. W celu uniknięcia błędów przedla-boratoryjnych, personel laboratorium powinien prowadzić szkolenia pracowników medycznych w tym zakresie [9]. W dalszej części toku diagnostycznego konieczny jest dobór właściwych metod laboratoryjnych do określonego badania, optymalne skrócenie czasu badania oraz pełna identyfikacja czynników etiologicznych do gatunku, z możliwością wy-krycia nowych patogenów. Zespół kontroli zakażeń szpital-nych powinien być na bieżąco informowany przez personel laboratorium mikrobiologicznego o wyizolowaniu drobno-ustroju ważnego epidemiologicznie [9].
W klinicznych laboratoriach mikrobiologicznych – oprócz metod hodowlanych oraz badania preparatów bez-pośrednich – coraz powszechniej stosowane są także inne techniki, takie jak wykrywanie antygenów lub toksyn drob-noustrojów oraz metody genetyczne (omówione poniżej). W rutynowej diagnostyce zakażeń szczególnie przydat-ne stają się szybkie testy, m.in. tzw. testy kasetkowe [9, 14]. W diagnostyce niektórych infekcji nadal powszechnie sto-sowane są testy serologiczne wykrywające przeciwciała [9].
W Europie zalecana liczba badań mikrobiologicznych u hospitalizowanych pacjentów wynosi 50/łóżko/rok [15]. Niestety w szpitalach w Polsce norma ta jest osiągana tylko w niektórych oddziałach – najczęściej intensywnej terapii i transplantologii – natomiast w pozostałych oddziałach wy-konuje się średnio poniżej 20 badań/łóżko szpitalne/rok [15, 16]. W przeliczeniu na pacjenta wskaźniki te wynoszą oko-ło 0,3–0,5 lub mniej, czyli jedno badanie na co najmniej 2–3 hospitalizowane osoby. Należy więc znacznie zwięk-szyć liczbę wykonywanych badań mikrobiologicznych, a ra-portowanie tych danych powinno przyczynić się do popra-wy monitorowania przypadków HAIs i ich profilaktyki [15]. Niedawno ukazały się zalecenia dotyczące wykonywania badań mikrobiologicznych u hospitalizowanych osób [17]. Zastosowanie tych wytycznych powinno poprawić sytuację w tej dziedzinie oraz przyczynić się do lepszego i bardziej racjonalnego wykorzystania diagnostyki mikrobiologicznej.
Laboratorium mikrobiologiczne stanowi ważną jednost-kę organizacyjną szpitala, wspomagającą zespół kontroli za-każeń szpitalnych w zakresie rejestracji HAIs. Wprowadze-nie monitorowania tych infekcji – w tym potwierdzonych mikrobiologicznie – metodą badań punktowych (ang. point prevalence study – PPS) może być pomocne w uzupełnianiu danych o częstości zakażeń szpitalnych w danej placówce.
MONITOROWANIE LEKOOPORNOŚCI
DROBNOUSTROJÓW I ANTYBIOTYKOTERAPII
Oznaczenie lekowrażliwości wyizolowanego patogenu umożliwia optymalny wybór antybiotyku do leczenia zaka-żenia. Zadaniem personelu laboratorium mikrobiologiczne-go jest udzielanie klinicystom informacji i konsultacji doty-czących racjonalnej antybiotykoterapii oraz pomoc w inter-pretacji wyniku antybiogramu [6].
Monitorowanie lekooporności drobnoustrojów obejmuje jednak nie tylko wykonanie antybiogramów poszczególnych izolatów, lecz także okresowe zestawienia dotyczące poszcze-gólnych oddziałów lub całego szpitala (tzw. mapa epidemio-logiczna) [9, 18]. Szczególnie ważny jest dobór antybiotyków do antybiogramu i właściwa jego interpretacja. Obecnie ob-serwuje się szerzenie się – zwłaszcza w szpitalach o najwyż-szym stopniu referencyjności – patogenów wykazujących oporność na wiele leków, tzw. szczepów MDR (ang. multi-drug-resistant), toteż zadaniem laboratorium mikrobiolo-gicznego jest oznaczenie tych mechanizmów oporności.
Rozporządzenie Ministra Zdrowia z dnia 23 grudnia 2011 roku w sprawie listy czynników alarmowych, reje-strów zakażeń szpitalnych i czynników alarmowych oraz ra-portów o bieżącej sytuacji epidemiologicznej szpitala okre-śla drobnoustroje mające szczególne znaczenie w kontro-li HAIs [19]. Roczne zestawienia drobnoustrojów alarmo-wych wyizolowanych w danej placówce są przekazywane do pionu sanitarno-epidemiologicznego.
Rola laboratorium mikrobiologicznego
Identyfikacja drobnoustrojów chorobotwórczych wywołujących kolonizację lub zakażenie
Oznaczanie lekowrażliwości wyizolowanych drobnoustrojów Doradztwo w zakresie terapii przeciwdrobnoustrojowej
Mapowanie mikrobiologiczne oddziałów szpitala i monitorowanie lekooporności drobnoustrojów
Udział w opracowaniu standardów terapii przeciwdrobnoustrojowej szpitala i ich okresowej aktualizacji
Udział w dochodzeniu epidemiologicznym w ognisku zakażeń Typowanie epidemiologiczne izolatów od pacjentów, personelu medycznego i ze środowiska szpitalnego
Kontrola procesów sterylizacji i dezynfekcji
Badanie czystości mikrobiologicznej środowiska szpitalnego Szkolenie personelu szpitala
Udział w zespole kontroli zakażeń szpitalnych i komitecie kontroli zakażeń szpitalnych
Tabela 1. Rola laboratorium mikrobiologicznego w kontroli zakażeń zwią-zanych z opieką zdrowotną (na podstawie [5, 6, 8, 9]).
Kliniczne laboratorium mikrobiologiczne może też uczestniczyć, wraz z zespołem kontroli zakażeń szpitalnych, w opracowywaniu rocznych zestawień zużycia leków prze-ciwdrobnoustrojowych w danej placówce i w poszczegól-nych oddziałach.
W terapii z użyciem niektórych antybiotyków (np. wan-komycyny, aminoglikozydów) wskazane jest monitorowanie stężenia tego leku w surowicy pacjenta, choć w Polsce takie badania są rzadko dostępne i wykonywane raczej w labora-toriach ogólnych niż mikrobiologicznych [20, 21].
KONTROLA PROCESÓW STERYLIZACJI I DEZYNFEKCJI
Ważnym zadaniem laboratorium mikrobiologicznego jest udział w wykonywaniu – w ramach badania skuteczno-ści procesów sterylizacji – testów biologicznych oraz prze-chowywanie tej dokumentacji [6]. Niekiedy w praktyce szpi-talnej przeprowadza się kontrolę jałowości produktów prze-chowywanych po sterylizacji.
ROLA LABORATORIUM MIKROBIOLOGICZNEGO
W DOCHODZENIU EPIDEMIOLOGICZNYM
W przypadku wystąpienia w placówce ochrony zdrowia ogniska epidemicznego postępowanie obejmuje – wspól-nie z personelem laboratorium mikrobiologicznego – okre-ślenie zakresu badań pacjentów, pracowników medycznych i środowiska szpitalnego w poszukiwaniu źródła i dróg sze-rzenia się szczepu epidemicznego [5]. Podkreśla się rolę la-boratorium mikrobiologicznego we wczesnym wykrywa-niu ogniska zakażeń, co umożliwia szybkie wdrożenie sku-tecznych działań i ogranicza liczbę przypadków zachorowań oraz zgonów [5, 9].
Do celów epidemiologicznych konieczne jest kolekcjono-wanie szczepów wyizolowanych drobnoustrojów – zarówno klinicznych, jak i ze środowiska – gdyż umożliwi to bieżą-ce lub retrospektywne genotypowanie wyhodowanych pa-togenów w danej placówce lub w laboratorium referencyj-nym [5, 22]. Badania te są niezbędne w określeniu szczepu epidemicznego oraz w poszukiwaniu jego rezerwuaru i dróg transmisji. Laboratorium mikrobiologiczne bierze też udział w wykonaniu badań kontrolnych pacjentów, pracowników medycznych i środowiska po wygaszeniu ogniska epide-micznego.
BADANIA MIKROBIOLOGICZNE ŚRODOWISKA
SZPITALNEGO
Do zadań laboratorium mikrobiologicznego należy także prowadzenie badań czystości mikrobiologicznej środowiska szpitalnego. Należy jednak podkreślić, iż obecnie nie zale-ca się wykonywania tych badań rutynowo, a jedynie w uza-sadnionych przypadkach [6]. Konieczne jest też stosowanie
właściwych technik pomiaru. W badaniu powietrza używa się specjalnych przyrządów pobierających znaną objętość powietrza, co umożliwia określenie liczby komórek drobno-ustrojów w m3, natomiast niewskazane jest stosowanie tzw.
metody sedymentacyjnej.
Do rutynowo wykonywanych testów należą badania wody i płynów do hemodializy. Konieczne jest też badanie czystości powierzchni w oddziałach i w strefach, w których przebywają chorzy poddawani tzw. izolacji ochronnej. Uza-sadnione jest też badanie czystości mikrobiologicznej po-wierzchni w oddziałach nowo otwieranych lub po remon-cie (np. blok operacyjny). Kolejnym wskazaniem do badania czystości mikrobiologicznej środowiska szpitalnego jest też opisane wyżej dochodzenie epidemiologiczne w przypadku wystąpienia w szpitalu ogniska epidemicznego.
BADANIA PRZESIEWOWE PACJENTÓW I PERSONELU
MEDYCZNEGO
W szpitalach coraz częściej są wykonywane badania przesiewowe pacjentów, a w trakcie dochodzenia epidemio-logicznego mogą nimi być objęci także pracownicy.
Szczególne znaczenie ma wykrywanie nosicielstwa MRSA (ang. methicillin-resistant Staphylococcus aureus), gdyż udokumentowano, że eradykacja kolonizacji chorego tym patogenem przed zabiegiem operacyjnym (zwłaszcza w kar-diochirurgii, torakochirurgii i ortopedii) znacznie zmniej-sza częstość zakażeń miejsca operowanego (ZMO) [23, 24]. Nie ma jednak jednolitych wytycznych co do zakresu tych badań w odniesieniu do poszczególnych grup pacjentów (wszyscy chorzy przyjmowani do szpitala lub tylko wybrane grupy) i rodzaju pobieranych materiałów klinicznych (np.: nos, gardło, pacha, odbyt, zmiany skórne, wymaz z miejsca wkłucia cewnika naczyniowego). Decydując się na program wykrywania nosicielstwa MRSA, należy jednak zapewnić możliwość eradykacji (np.: donosowa maść zawierająca mu-pirocynę lub żel z oktenidyną, środek antyseptyczny do ką-pieli pacjenta przed zabiegiem operacyjnym) i wykonania badań kontrolnych.
Badania przesiewowe hospitalizowanych pacjentów mogą obejmować też inne patogeny, zależnie od aktualnej sytuacji epidemiologicznej w placówce. Dotyczy to nosiciel-stwa Streptococcus pyogenes (gardło, odbyt, pochwa) u pa-cjentów lub pracowników szpitala oraz kolonizacji prze-wodu pokarmowego pacjentów przez szczepy enterokoków opornych na wankomycynę (ang. vancomycin-resistant en-terococci – VRE), szczególnie w oddziałach hematologii, onkologii lub intensywnej terapii [25, 26]. Coraz częściej w szpitalach – zwłaszcza o wyższym stopniu referencyjno-ści – jest wdrażany skrining pacjentów w kierunku wielole-koopornych pałeczek Gram-ujemnych, wykazujących różne mechanizmy oporności na leki przeciwbakteryjne [27]. Ak-tualnie obserwuje się dużą częstość występowania szczepów
pałeczek Gram-ujemnych wytwarzających β-laktamazy o rozszerzonym spektrum substratowym (ang. extended- -spectrum β-lactamase – ESBL) lub wykazujących oporność na karbapenemy wskutek wytwarzania enzymów, takich jak metalo-β-laktamazy (ang. metallo-β-lactamase – MBL), a także innych enzymów – KPC (ang. Klebsiella pneumoniae carbapenemase) lub OXA-48. Konieczne jest więc szkolenie personelu laboratoriów mikrobiologicznych pod względem wykrywania znanych i nowo opisanych mechanizmów leko-oporności drobnoustrojów.
BADANIA MOLEKULARNE W KONTROLI ZAKAŻEŃ
SZPITALNYCH
Zastosowanie nowoczesnych technik molekular-nych ma istotne znaczenie w kontroli zakażeń szpitalmolekular-nych ze względu na dużą czułość i swoistość tych metod, krótki czas wykonania badania oraz szybką dostępność wyniku dla klinicysty i zespołu kontroli zakażeń szpitalnych [9, 22, 28]. Obserwuje się coraz większą dostępność tych badań w labo-ratoriach prowadzących rutynową diagnostykę mikrobio-logiczną. Wprowadzenie do rutynowej diagnostyki metod biologii molekularnej umożliwia rozpoznanie czynników etiologicznych zakażeń bezpośrednio z materiałów klinicz-nych od chorego, nawet gdy hodowla jest ujemna.
Metody molekularne służą do wykrywania: genomu drobnoustroju, genów oporności na leki przeciwdrobno-ustrojowe lub genów toksyn. Obecnie podkreśla się jed-nak możliwość nie tylko szybkiej identyfikacji drobnoustro-ju za pomocą tych metod, lecz także oceny mechanizmów oporności danego szczepu na antybiotyki oraz klonalnego szerzenia się patogenu w szpitalu [9, 22, 28]. Genotypowanie
(w znacznie większym stopniu niż fenotypowanie) zapew-nia określenie podobieństwa genetycznego drobnoustro-jów występujących w ognisku epidemicznym, a tym samym identyfikację szczepu epidemicznego, a także jego rezerwu-aru i dróg szerzenia się.
W aspekcie kontroli zakażeń szpitalnych szybsza diagno-styka pozwala na wczesne wdrożenie skutecznego lecze-nia pacjenta i w uzasadnionych przypadkach jego izolacji, co zapobiegnie szerzeniu się danego drobnoustroju w ob-rębie placówki na innych chorych oraz personel. Wykrycie kolonizacji jamy nosowej szczepem MRSA może być wyko-nane przy użyciu tych metod w ciągu około godziny, a no-sicielstwa w przewodzie pokarmowym enterokoków opor-nych na wankomycynę (VRE) – w ciągu 4 godzin [28]. Wy-krycie w materiale klinicznym prątka gruźlicy i ewentualnie oporności tego szczepu na leki przeciwprątkowe (np. ryfam-picynę) może być wykonane w ciągu <2 godzin, podczas gdy metody oparte na hodowli (tzw. złoty standard) trwają na-wet do 8–10 tygodni [29].
Zastosowanie badań molekularnych w laboratorium mi-krobiologicznym dotyczy najczęściej kilku aplikacji: wy-krywania genów oporności drobnoustrojów bezpośrednio w próbce (np. genu VanA u Enterococcus faecium w wyma-zie z odbytu), detekcji w materiale klinicznym genów opor-ności u drobnoustrojów, których hodowla jest trudna lub długotrwała (np. Mycobacterium tuberculosis), weryfikacji granicznych wartości w testach lekowrażliwości wyhodowa-nych izolatów (np. heterogenna oporność szczepów MRSA) oraz wykrywania szczepów lekoopornych w przypadku braku wystandaryzowanych testów in vitro (np. oporność szczepu Helicobacter pylori na klarytromycynę) [28–31]. Ze względów epidemiologicznych istnieje obecnie ogrom-na potrzeba szybkiego wykrywania w laboratoriach mikro-biologicznych szczepów pałeczek Gram-ujemnych opor-nych na karbapenemy oraz toksynotwórczych szczepów la-seczek Clostridium difficile [32–37]. Te dwie grupy drobno-ustrojów zostały zakwalifikowane przez Ośrodki Kontroli Chorób w Atlancie (CDC) do patogenów, których zwalcza-nie jest obeczwalcza-nie sprawą priorytetową [38].
Ostatnio podkreśla się potencjalną rolę badań sekwen-cjonowania całego genomu drobnoustrojów (ang. whole ge-nome sequencing – WGS) w badaniach epidemiologicznych i w kontroli zakażeń szpitalnych [22, 39, 40].
MIKROBIOLOGICZNE MAPOWANIE SZPITALA
Do zadań laboratorium mikrobiologicznego w szpitalu należy regularne opracowywanie tzw. map mikrobiologicz-nych poszczególmikrobiologicz-nych oddziałów [18]. Pozwala to na ocenę profilu drobnoustrojów izolowanych od hospitalizowanych pacjentów (mapa etiologiczna) oraz zachodzących zmian, także w odniesieniu do ich lekowrażliwości (mapa antybio-tykooporności) [9, 18, 41]. Dzięki temu można opracować
Obowiązki kierowników zakładów opieki zdrowotnej dotyczące kontroli zakażeń szpitalnych
Ocena ryzyka wystąpienia zakażenia związanego z wykonywaniem świadczeń zdrowotnych
Monitorowanie czynników alarmowych i zakażeń związanych z udzielaniem świadczeń zdrowotnych w ramach wykonywanych świadczeń
Opracowanie, wdrożenie i nadzór nad procedurami zapobiegającymi zakażeniom i chorobom zakaźnym
Stosowanie środków ochrony indywidualnej i zbiorowej w celu zapobieżenia przeniesieniu na inne osoby biologicznych czynników chorobotwórczych
Wykonywanie badań mikrobiologicznych oraz analizy lokalnej sytuacji epidemiologicznej w celu optymalizacji profilaktyki i terapii antybiotykowej
Prowadzenie kontroli wewnętrznej w zakresie realizacji wymienionych zadań
Prowadzenie w szpitalu/zakładzie rejestru oraz składanie raportów do Państwowej Inspekcji Sanitarnej o występujących w zakładzie/szpitalu zakażeniach oraz o wystąpieniu tzw. czynników alarmowych
Tabela 2. Obowiązki kierowników zakładów opieki zdrowotnej dotyczące kontroli zakażeń szpitalnych (na podstawie [10]).
standardy terapii empirycznej, z uwzględnieniem specyfi-ki poszczególnych oddziałów i całej placówspecyfi-ki, a następnie modyfikować je, zależnie od zmian obserwowanych w ko-lejnych zestawieniach. Szczególnie ważne jest wykrycie po-jawienia się szczepów o nowych mechanizmach oporności, dotychczas niewystępujących w danym szpitalu, kraju lub nawet na świecie, by szybko wdrożyć skuteczne metody za-pobiegania szerzeniu się tych drobnoustrojów [5, 9]. Niekie-dy zestawienia takie pomagają wykryć ognisko epidemicz-ne w szpitalu. Mapy mikrobiologiczepidemicz-ne szpitala powinny być przekazywane zespołowi kontroli zakażeń szpitalnych oraz komitetowi kontroli zakażeń szpitalnych (w skład którego wchodzi m.in. przedstawiciel dyrekcji oraz kierownicy od-działów), działającym w danej placówce.
OBOWIĄZKI KIEROWNIKÓW ZAKŁADU OPIEKI
ZDROWOTNEJ
Aktualnie obowiązująca ustawa nakłada na kierowników zakładów opieki zdrowotnej szereg obowiązków związa-nych z kontrolą zakażeń szpitalzwiąza-nych, wśród których są zada-nia realizowane przez laboratorium mikrobiologiczne (Ta-bela 2) [10]. Ustawa przewiduje też możliwość prowadze-nia – w ramach nadzoru epidemiologicznego – obserwacji osoby zakażonej lub podejrzanej o zakażenie, a także wy-konywania badań sanitarno-epidemiologicznych u tego chorego w celu wykrycia biologicznych czynników choro-botwórczych lub potwierdzenia rozpoznania choroby za-kaźnej [10].
PODSUMOWANIE
W celu realizacji wielu zadań mających na celu zapobie-ganie infekcjom związanym z opieką zdrowotną niezbęd-na jest ścisła współpraca laboratorium mikrobiologiczne-go z lekarzem klinicystą i zespołem kontroli zakażeń szpi-talnych danej placówki ochrony zdrowia [5, 6, 8, 9]. Tylko w przypadku współpracy tych ogniw możliwe jest wdroże-nie i realizacja skutecznego programu kontroli HAIs.
KONFLIKT INTERESÓW: nie zgłoszono.
PIŚMIENNICTWO
1. European Centre for Disease Prevention and Control, Narodowy Program Ochrony Antybiotyków. Definicje zakażeń związanych z opieką zdrowotną (HAI). NPOA (online); http://www.antybiotyki.edu.pl/pdf/Definicje-zakazen-szpitalnych.pdf
2. World Health Organization. Health care-associated infections. Fact she-et. WHO (online); www.who.int/gpsc/country_work/gpsc_ccisc_fact_she-et_en.pdf
3. European Centre for Disease Prevention and Control. Healthcare-associated infections. ECDC (online); http://ecdc.europa.eu/en/healthtopics/Healthca-re-associated_infections/Pages/index.aspx
re settings. Clin Microbiol Rev 2011;24(1):141– 173.
5. Diekema DJ, Saubolle MA. Clinical microbiology and infection prevention. J Clin Microbiol 2011;49(Suppl. 9):S57– S60.
6. Nazir A, Kadri SM. An overview of hospital acquired infections and the role of the microbiology laboratory. Int J Res Med Sci 2014;2(1):21– 27.
7. European Centre for Disease Prevention and Control. Annual epidemiolo-gical report. Antimicrobial resistance and healthcare-associated infections 2014. ECDC (online) 2015; http://ecdc.europa.eu/en/publications/Publica-tions/antimicrobial-resistance-annual-epidemiological-report.pdf 8. Peterson LR, Hamilton JD, Baron EJ et al. Role of clinical microbiology
labora-tories in the management and control of infectious diseases and the delive-ry of health care. Clin Infect Dis 2001;32(4):605– 611.
9. Kalenić S, Budimir A. The role of microbiology laboratory in healthcare-asso-ciated infection prevention. Int J Infect Control 2009;5:i2.
10. Ustawa z dnia 5 grudnia 2008 roku o zapobieganiu oraz zwalczaniu zakażeń i chorób zakaźnych u ludzi. Dz.U. z 2008 r. Nr 234, poz. 1570.
11. Gahlot R, Nigam C, Kumar V, Yadav G, Anupurba S. Catheter-related blood-stream infections. Int J Crit Illn Inj Sci 2014;4(2):162– 167.
12. Strasheim W, Kock MM, Ueckermann V, Hoosien E, Dreyer AW, Ehlers MM. Su-rveillance of catheter-related infections: the supplementary role of the mi-crobiology laboratory. BMC Infect Dis 2015;15:5.
13. Baron EJ, Miller JM, Weinstein MP et al. A guide to utilization of the microbio-logy laboratory for diagnosis of infectious diseases: 2013 recommendations by the Infectious Diseases Society of America (IDSA) and the American So-ciety for Microbiology (ASM). Clin Infect Dis 2013;57(4):e22– e121. 14. Cohen-Bacrie S, Ninove L, Nougairède A et al. Revolutionizing clinical
micro-biology laboratory organization in hospitals with in situ point-of-care. PLoS One 2011;6(7):e22403.
15. Seweryn M, Bandoła K, Bała MM, Sroka S, Koperny M, Wszołek M. Drob-noustroje alarmowe wykryte u pacjentów hospitalizowanych w szpita-lach województwa małopolskiego w latach 2010– 2012. Prz Epidemiol 2014;68:549– 553.
16. Sytuacja epidemiologiczna w zakresie wybranych czynników alarmowych w województwie opolskim. In: Sytuacja epidemiologiczna w zakresie zakażeń szpitalnych w województwie opolskim. Wojewódzka Stacja Sanitarno-Epi-demiologiczna w Opolu (online) 2014; http://wsseopole.pis.gov.pl/plikijed-nostki/wsseopole/userfiles/Sytuacja%20epidemiologiczna%20woj_%20 opolskie.pdf
17. Hryniewicz W, Ozorowski T, Pawlik K, Stefaniuk E. Wskazania do wykonywania badań mikrobiologicznych u pacjentów hospitalizowanych. Narodowy Pro-gram Ochrony Antybiotyków (online) 2015; http://www.antybiotyki.edu.pl/ pdf/wskazania_do_badan_okladka_int.pdf
18. Żabicka D. Monitorowanie lekowrażliwości drobnoustrojów. Zakażenia 2013;6:77– 83.
19. Rozporządzenie Ministra Zdrowia z dnia 23 grudnia 2011 roku w sprawie li-sty czynników alarmowych, rejestrów zakażeń szpitalnych i czynników alar-mowych oraz raportów o bieżącej sytuacji epidemiologicznej szpitala. Dz.U. z 2011 r. Nr 294, poz. 1741.
20. Ghiculescu RA. Therapeutic drug monitoring: which drugs, why, when and how to do it. Aust Prescr 2008;31:42– 44.
21. Roberts JA, Norris R, Paterson DL, Martin JH. Therapeutic drug monitoring of antimicrobials. Br J Clin Pharmacol 2011;73(1):27– 36.
22. Sabat AJ, Budimir A, Nashev D et al. Overview of molecular typing me-thods for outbreak detection and epidemiological surveillance. Euro Surve-ill 2013;18(4):20380.
23. Bratzler DW, Dellinger EP, Olsen KM et al. Clinical practice guidelines for anti-microbial prophylaxis in surgery. Am J Health Syst Pharm 2013;70(3):195– 283. 24. Kavanagh KT, Calderon LE, Saman DM, Abusalem SK. The use of surveillance
and preventative measures for methicillresistant Staphylococcus aureus in-fections in surgical patients. Antimicrob Resist Infect Control 2014;3:18. 25. Strus M, Drzewiecki A, Chmielarczyk A et al. Microbiological investigation of
a hospital outbreak of invasive group A streptococcal disease in Krakow, Po-land. Clin Microbiol Infect 2010;16(9):1442– 1447.
26. Ziakas PD, Thapa R, Rice LB, Mylonakis E. Trends and significance of VRE colonization in the ICU: a meta-analysis of published studies. PLoS One 2013;8(9):e75658.
27. Kollef MH, Golan Y, Micek ST, Shorr AF, Restrepo MI. Appraising contemporary strategies to combat multidrug resistant Gram-negative bacterial infections – proceedings and data from the Gram-Negative Resistance Summit. Clin In-fect Dis 2011;53(Suppl. 2):S33– S55.
28. Tenover FC. Rapid detection and identification of bacterial pathogens using novel molecular technologies: infection control and beyond. Clin Infect Dis 2007;44(3):418– 423.
MTB/RIF assay for rapid diagnosis of tuberculosis and detection of rifam-pin resistance in pulmonary and extrapulmonary specimens. J Clin Micro-biol 2011;49(12):4138– 4141.
30. Gazi S, Karameris A, Christoforou M, Agnantis N, Rokkas T, Stefanou D. Real-ti-me PCR detection and quantitation of Helicobacter pylori clarithromycin-re-sistant strains in archival material and correlation with Sydney classification. Ann Gastroenterol 2013;26(3):226– 232.
31. Malhotra-Kumar S, Haccuria K, Michiels M et al. Current trends in rapid dia-gnostics for methicillin-resistant Staphylococcus aureus and glycopeptide-re-sistant Enterococcus species. J Clin Microbiol 2008;46(5):1577– 1587. 32. Burnham CA, Carroll KC. Diagnosis of Clostridium difficile infection: an
ongo-ing conundrum for clinicians and for clinical laboratories. Clin Microbiol Rev 2013;26(3):604– 630.
33. Chapin KC, Dickenson RA, Wu F, Andrea SB. Comparison of five assays for de-tection of Clostridium difficile toxin. J Mol Diagn 2011;13(4):395– 400. 34. Endimiani A, Hujer KM, Hujer AM et al. Are we ready for novel detection
me-thods to treat respiratory pathogens in hospital-acquired pneumonia? Clin Infect Dis 2011;52(Suppl. 4):S373– S383.
methods for clinical microbiology laboratories and their potential impact on patient management. Biomed Res Int 2014;2014:375681.
36. Kufelnicka AM, Kirn TJ. Effective utilization of evolving methods for the laboratory diagnosis of Clostridium difficile infection. Clin Infect Dis 2011;52(12):1451– 1457.
37. Nordmann P, Poirel L, Dortet L. Rapid detection of carbapenemase-produ-cing Enterobacteriaceae. Emerg Infect Dis 2012;18(9):1503– 1507.
38. Centers for Disease Control and Prevention. Antibiotic resistance threats in the United States, 2013. CDC (online) 2013; www.cdc.gov/drugresistance/ threat-report-2013
39. Reuter S, Ellington MJ, Cartwright EJ et al. Rapid bacterial whole-genome se-quencing to enhance diagnostic and public health microbiology. JAMA In-tern Med 2013;173(15):1397– 1404.
40. Robilotti E, Kamboj M. Integration of whole genome sequencing (WGS) into infection control practices: the potential and the hurdles. J Clin Microbiol 2015;53(4):1054– 1055.
41. Woroń J. Jak przygotować standardy antybiotykoterapii empirycznej w opar-ciu o mapowanie mikrobiologiczne. Medycyna Praktyczna (online) 2015; http://www.mp.pl/oit/sepsa/zakazenia/show.html?id=112886
