Zadanie 5. Jmol
1. Pobierz z Protein Data Bank białko wirusa zica „5IRE”.
2. Zmień styl wyświetlania na „cartoon” aby uwidocznić drugorzędowe struktury białka:
α-helisy, arkusze (harmonijki) beta, beta zakręty (pętle omega).
3. Wyświetl łańcuch polipeptydowy E.
4. Wyświetl tylko helisy zawarte w łańcuchu polipeptydowym E.
5. Wyświetl tylko helisę zawierającą aminokwasy od 462 do 478 w łańcuchu polipeptydowym E („462-478:E”).
6. Zmień schemat wyświetlania na „kulki i patyczki”.
7. W wyświetlonej helisie zaznacz każdy rodzaj aminokwasu innym kolorem za pomocą domyślnego schematu kolorowania aminokwasów („color amino”).
8. Wróć do domyślnego schematu kolorowania atomów „CPK” (R. Corey, L. Pauling, W. Koltun).
9. Ogranicz wyświetlanie w widocznej helisie tak aby nie były widoczne łańcuchy boczne aminokwasów. (tylko łańcuch główny).
10. Wyświetl w tym łańcuchu wiązania wodorowe utrzymujące strukturę helisy.
11. W zaznaczonej helisie bez łańcuchów bocznych aminokwasów zmień kolor wiązań wodorowych („color hbonds magenta”).
12. Zmień ich grubość („hbonds 50”).
13. Wyświetl fragment 462-478:E z łańcuchami bocznymi aminokwasów.
14. Wyświetl całe białko.
15. Zmień styl wyświetlania na „cartoon”.
16. Wyświetl struktury drugorzędowe harmonijki (arkusze) beta. .(„sheets”)
17. Wyświetl aminokwasy od 90 do 119 w łańcuchu A (tworzące strukturę beta sheets).
18. Zaznacz cysteinę („cys”) należącą do wybranego fragmentu białka („90-119:A”).
19. Zmień kolor cysteiny na fioletowy.
20. Wyłącz wiązania disiarczkowe („ssbonds off”) i włącz ponownie („ssbonds”).
21. Zmień kolor wiązania disiarczkowego na żółty (wiązania te utrzymują strukturę beta sheets).(„ color ssbonds yellow”)
22. Zmień grubość wiązania disiarczkowego („ssbonds 50”).
23. Zmień styl wyświetlania wybranego fragmentu białka (90-119:A ) na „kulki i patyczki”.
24. Ponownie pokoloruj cysteinę i wiązanie disiarczkowe oraz zmień jego grubość.
25. W zaznaczonym fragmencie białka („90-119:A”) wyświetl wiązania wodorowe utrzymujące strukturę beta sheets.
26. Zmień ich kolor na zielony, grubość 50.
27. Ogranicz wyświetlanie w wybranym fragmencie białka (90-119:A) tak aby widoczny był łańcuch główny polipeptydowy, bez łańcuchów bocznych aminokwasów (sidechains), za wyjątkiem łańcuchów bocznych w
cysteinie (cys).
„restrict not sidechains or (cys and sidechains)”.
28. Zmień kolor tła („background”) na biały.
29. Zapisz otrzymany model jako plik *.spt („zapisz stan”) i wyślij na mój adres w dzienniku.
