innowacyjne projekty doktorantów UJ NAUKA I BIZNES:

(1)

(2)

N A U K A I B I Z N E S :

i n n o w a c y j n e p r o j e k t y d o k t o r a n t ó w U J

N a u k a d l a r o z w o j u M a ł o p o l s k i

pod redakcją

Pawła Monia oraz Piotra Żabickiego

Centrum Innowacji, Transferu Technologii i Rozwoju Uniwersytetu (CITTRU) Uniwersytet Jagielloński

Kraków 2007

(3)

Projekt okładki:

Piotr Żabicki

Na okładce wykorzystano zdjęcie autorstwa

Anity Andrzejewskiej i Andrzeja Pilichowskiego-Ragno

Korekta:

Zofi a Wierzbicka

Przygotowanie do druku:

Pracowania DTP „Register”

„NAUKA i BINZES: innowacyjne projekty doktorantów UJ” jest trzecim wydawnictwem CITTRU z serii Nauka i Biznes.

Poprzednie wydawnictwa „Nauka i biznes: refl eksje i refl eksy” oraz „Nauka i Biznes:

strategie współpracy” można otrzymać w siedzibie CITTRU.

Publikacja została wydana w ramach projektu fi nansowanego przez Unię Europejską oraz budżet państwa

Wydawca:

Centrum Innowacji, Transferu Technologii i Rozwoju Uniwersytetu Uniwersytet Jagielloński

ul. Czapskich 4 31-110 Kraków tel.: +48 12 663 38 30 e-mail: cittru@uj.edu.pl www.cittru.uj.edu.pl

ISBN 978-83-922464-5-9

(4)

S p i s t r e ś c i

Akademicka Innowacyjność dla Małopolski: koncepcja, realizacja, perspektywy Wywiad z Pawłem Moniem (CITTRU) – koordynatorem projektu ...7

Członkowie Wydziałowych Komisji Konkursowych ...12

Wydział Biochemii, Biofi zyki i Biotechnologii ...14 Charakterystyka proteinaz Spl Gronkowca złocistego.

Laboratorium Krystalizacji Białek (Grzegorz Dubin) ...16 Wykorzystanie peptydów naśladujących gangliozyd GD2 w immunoterapii

nowotworów (Aleksandra Kowalczyk) ...19 Rozwój oprogramowania do modelowania szlaków metabolicznych – Cell

Illustrator (Piotr Liguziński) ...22 Opracowanie testu ELISA służącego do oznaczania stężenia formy pro-

oraz formy aktywnej mysiej MMP7 (Renata Mężyk-Kopeć) ...25 Opracowanie metody produkcji ecotinu w celach handlowych

dla małopolskiej fi rmy biotechnologicznej Biocentrum Sp. z o.o.

(Justyna Steć-Niemczyk) ...28 Po nitce do kłębka – w poszukiwaniu nowych antybiotyków

(Benedykt Władyka) ...31

Wydział Biologii i Nauk o Ziemi ...34 Procesy innowacyjne w przemyśle spożywczym województwa małopolskiego

(Maciej Huculak) ...36 Czynniki i bariery atrakcyjności inwestycyjnej w Małopolsce

(Wojciech Jarczewski) ...40 Rola zieleni w kształtowaniu bioklimatu parku miejskiego – na przykładzie

wybranych terenów rekreacyjnych Krakowa (Paweł Jezioro) ...44 Zbiorniki poeksploatacyjne – nierozpoznana szansa na wzbogacenie walorów

przyrodniczych oraz rozwój rekreacji i turystyki w województwie

małopolskim (Piotr Skórka) ...48

(5)

Sieć Natura 2000 w Małopolsce – szansa na efektywną ochronę przyrody

i rozwój lokalnych społeczności (Tomasz Wilk) ...51 Maculinea i ich unikatowe siedliska – ochrona środowiska przyrodniczego oraz

możliwość dofi nansowania gospodarstw rolnych terenu Małopolski

(Magdalena Witek) ...54

Wydział Chemii ...57 Metoda jednoczesnego oznaczania głównego składnika aktywnego przetworów

konopi (9THC) i jego dwóch metabolitów techniką GC-MS-NCI

dla potrzeb wymiaru sprawiedliwości (Maciej Kochanowski) ...59 Innowacyjne metody badań białek w dobie genomiki strukturalnej

(Katrzyna Kurpiewska) ...63 Proteomika: w poszukiwaniu mechanizmów uzależnień (MAREK NOGA) ...66 Albumina kluczem do projektowania leków (Justyna Supel) ...72 Zintegrowany sposób kalibracji oznaczeń analitycznych i układ analizatora do

realizacji tego sposobu (Marcin Wieczorek) ...76 Opracowanie metody oznaczania leków psychotropowych w niskich stężeniach

w materiale biologicznym (Michał Woźniakiewcz) ...80

Wydział Farmaceutyczny ...83 Poszukiwanie nowych pochodnych spirohydantoin jako ligandów receptorów

serotoninowych (Anna Czopek) ...85 Poszukiwanie nowych połączeń o potencjalnej aktywności przeciwdrgawkowej

w grupie analogów etosuksimidu (Krzysztof Kamiński) ...88 Escherichia coli – mała fabryka białek na usługach badacza

(Gniewomir Latacz) ...91 Ocena hemolitycznego działania eterów glikolu etylenowego in vivo i in vitro

(Jolanta Szabla) ...95 Synteza i właściwości przeciwdrgawkowe w grupie niektórych pochodnych

aminoalkanoli (Anna Maria Waszkielewicz) ...98 Poszukiwanie ligandów receptorów A₁i A_2A adenozynowych (Olga Yuzlenko) ....102

Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej ...105 Badanie uporządkowania atomowego w stopach żelaza i platyny

(Mirosław Kozłowski) ...107

(6)

Zastosowanie metody wykresów rekurencji do modelowania ruchu w sieci

telekomunikacyjnej (Jakub Meisner) ...111

Optymalizacja fi zycznych parametrów mieszanin antyferroelektrycznych dla celów pasywnych wyświetlaczy ciekłokrystalicznych (Adriana Mikułko) ...114

Badania uszkodzeń radiacyjnych i ich klasteryzacji w DNA metodami mikroskopii sił atomowych (Katarzyna Psonka) ...117

Nowa superprecyzyjna metoda pomiaru pola magnetycznego (Szymon Pustelny) ...120

Wyznaczenie obszarów anizotropii osiowej w serii silnych magnetyków Er_2-xPr_xFe₁₄B (Anna Wojciechowska) ...124

Wydział Lekarski ...127

Zmniejszenie zapadalności na infekcje urogenitalne dorosłych kobiet poprzez racjonalizację wiedzy na temat fi zjologii cyklu miesiączkowego (Tomasz Banaś) ...129

Ocena znaczenia klinicznego wideoelektroencefalografi i w stanach napadowych wieku rozwojowego (Magdalena Jaworek) ...133

Wpływ monocytów na apoptozę komórek śródbłonka naczyniowego in vitro (Agata Krawiec) ...135

Przeciwciała przeciwko homocysteinylowanym białkom w chorobach autoimmunologicznych (Agnieszka Padjas) ...138

Ocena zmian w układzie krzepnięcia u dzieci z pojedynczą komorą serca po operacji Fontana (Małgorzata Procelewska) ...141

Decyzje migracyjne przygotowujących się do pracy w zawodzie lekarza. Wyniki badań studentów wydziałów lekarskich polskich uczelni medycznych (Dawid Sikora) ...145

Wydział Matematyki i Informatyki ...149

Problemy decyzyjne on-line (Bartłomiej Bosek) ...151

Złożoność obliczeniowa w bazach danych (Przemysław Broniek) ...154

Geometria rozmaitości Calabi-Yau (Grzegorz Kapustka) ...156

Własności arytmetyczne i geometryczne wybranych rozmaitości Calabi-Yau (Michał Kapustka) ...158

Kolorowanie on-line grafów (Piotr Micek) ...160

(7)

Optymalizacja działania transportu publicznego przy pomocy algorytmów

genetycznych (Adam Roman) ...162 Zastosowanie krzywych eliptycznych w teorii liczb (Maciej Ulas) ...165

Wydział Zarządzania i Komunikacji Społecznej ...168 Strategie rozwoju i konkurencyjności małych i średnich przedsiębiorstw

hotelarskich, na przykładzie małopolskich hoteli

(Mariusz Cembruch-Nowakowski) ...170 Analiza rynku pracy na przykładzie Biur Karier. Skuteczność, sposoby

działania i ich konkurencyjność na rynku jako przedstawiciela JBR

(Paweł Kuśmierczyk) ...174 Czynniki determinujące wypalenie zawodowe (Justyna Mojsa-Kaja) ...177 Poprawa procesu komunikacji między instytucjami jako warunek

dostępności do strategicznych informacji dotyczących kontrowersyjnych zjawisk społecznych o charakterze religijnym i parareligijnym

(Piotr Szarszewski) ...181 Zarządzanie jakością kształcenia na studiach ekonomicznych (Marta Tutko) ...184 Doskonalenie systemu informacyjnego w usługach turystycznych

(Krystyna Wajda) ...187

(8)

A k a d e m i c k a I n n o w a c y j n o ś ć d l a M a ł o p o l s k i : k o n c e p c j a , r e a l i z a c j a , p e r s p e k t y w y

Wywiad z Pawłem Moniem (CITTRU) – koordynatorem projektu

Wywiad przeprowadził:

Piotr Żabicki

Skąd wziął się pomysł na tego typu projekt?

Uniwersytet Jagielloński dysponuje olbrzymim potencjałem naukowym, który stanowią nie tylko prace doświadczonej kadry, ale i w dużym stopniu projekty mło- dych badaczy. Większość tych badań nie może się rozwijać bez wsparcia finanso- wego, do którego początkujący adepci nauki mają szczególnie utrudniony dostęp – przede wszystkim ze względu na brak bogatego portfolio osiągnięć.

Patrząc z innej perspektywy musimy także dostrzec silne tendencje kładące nacisk na innowacyjność badań oraz ich związek z gospodarką i rozwojem regio- nalnym. Sumując te czynniki otrzymujemy koncepcję programu stypendialnego

„Akademicka Innowacyjność dla Małopolski”. Wspiera on twórcze wysiłki uniwer- syteckich doktorantów oraz stara się promować badania, mające bezpośredni lub po- średni wpływ na pozycję Małopolski, jako regionu nowych technologii i światowej klasy odkryć naukowych.

Prace nad projektem Akademicka Innowacyjność dla Małopolski rozpoczęły się na początku 2005 roku. Pod koniec kwietnia 2005 gotowy wniosek aplikacyjny zo- stał złożony do oceny w Urzędzie Marszałkowskim Województwa Małopolskiego.

Po kilku miesiącach oczekiwania okazało się, że praca kilkunastu osób z 8 wydzia- łów UJ i CITTRU nie poszła na marne. Projekt Akademicka Innowacyjność dla Ma- łopolski – program stypendialny dla najlepszych doktorantów UJ został oceniony pozytywnie i zaakceptowany do realizacji.

Należy w tym miejscu zaznaczyć, iż projekt w całości finansowany był ze środ- ków Unii Europejskiej i budżetu państwa w ramach Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego. Był to jednocześnie trzeci projekt CITTRU finansowany z działania 2.6 ZPORR Regionalne Strategie Innowacyjne i transfer wiedzy.

Kto mógł wziąć udział w projekcie?

Projekt skierowany był do doktorantów ośmiu wydziałów UJ: Biochemii, Biofi- zyki i Biotechnologii, Biologii i Nauk o Ziemi, Chemii, Farmaceutycznego, Fizyki,

(9)

Astronomii i Informatyki Stosowanej, Lekarskiego, Matematyki i Informatyki oraz Zarządzania i Komunikacji Społecznej.

Każdy z doktorantów przygotowujących dokumentację konkursową musiał od- powiedzieć sobie na pytanie czy jego prace badawcze pokrywają się z obszarami i dziedzinami badań uznanych w Regionalnej Strategii Innowacji Województwa Ma- łopolskiego na lata 2005 – 2013 za priorytetowe. To był jeden z najważniejszych punktów oceny projektów.

Jednym słowem na wydziałach UJ zorganizowano konkurs na stypendia ba- dawcze. Jakie było zainteresowanie młodych naukowców?

W dwóch turach zgłoszono 108 wniosków, przy maksymalnej liczbie 48 sty- pendiów. Każdy z wydziałów miał zagwarantowane 6 stypendiów. Zainteresowanie może nie było oszałamiające, warto jednak wziąć pod uwagę, że zgłaszając swój projekt należało spełnić dość trudne warunki (innowacyjność, odniesienie do Regio- nalnej Strategii Innowacji, itp.).

Przejdźmy do tego, co najważniejsze. Na jakie wsparcie mógł liczyć dokto- rant?

Stypendyści otrzymywali roczne dotacje w wysokości 1500 zł miesięcznie. Każ- dy z uczestników zakwalifikowanych w wyniku oceny wydziałowych komisji konkursowych otrzymał również dodatek badawczy w wysokości 5000 zł, który mógł przeznaczyć na wydatki związane z prowadzeniem projektu naukowego. Łącznie na konto każdego stypendysty trafiło 23000 zł. Całość dofinansowania projektów badawczych zamknęła się kwotą 1 104 000 zł.

Doktoranci mogli też liczyć na wsparcie promocyjne ich badań. Specjalnie dla nich zorganizowano ogólnodostępne prezentacje, opisy badań wydano w niniejszej publikacji, wyczerpujące informacje pojawiły się na dedykowanej projektowi stronie internetowej. CITTRU dbało także o zainteresowanie mediów wysiłkami mło- dych chemików, biologów lub farmaceutów. Zaowocowało to kilkoma artykułami, wywiadami i notami prasowymi.

Stypendia otrzymali doktoranci z różnych wydziałów, przede wszystkim zwią- zanych z naukami ścisłymi, medycznymi, ale i komunikacją społeczną. Jakie były tematy i zakres realizowanych przez nich badań?

Innowacyjny nie znaczy wyłącznie zaawansowany technologicznie, związany z informatyką, laboratoriami, skomplikowaną aparaturą. Nowatorskie są też np.

analizy przyczyniające się do poprawy funkcjonowania organizacji. Stąd stypendia przyznane choćby na analizy jakości edukacji i opracowanie nowych modeli kształ- cenia.

Innowacyjne – w perspektywie regionu – są również projekty przyczyniając się do poprawy jakości życia. Dlatego też obok prawdziwie rewolucyjnych studiów do- tyczących nowych leków i metod diagnostycznych pojawiają się projekty humani- styczne, dotyczące choćby skutecznego monitoringu sekt parareligijnych.

Większość pomysłów młodych naukowców miała charakter aplikacyjny. Nie będę wymieniał ich po kolei. Jestem przekonany, że zainteresowany czytelnik znajdzie je bez trudu na następnych stronach tej publikacji. Nie wątpię jednak – o czym przekonuje choćby historia odkryć i wynalazków – że także projekty teoretyczne związane choćby z zaawansowaną matematyką staną się kiedyś podwaliną wynalaz- ków i udoskonaleń powszechnie stosowanych. Wybierając takie idee komisje kon-

(10)

kursowe podejmowały ryzyko. Ale jest ono przecież czynnikiem trwale wpisanym w rozwój nauki.

Ponad dwudziestotysięczne stypendium to – jak na status młodych polskich na- ukowców – całkiem pokaźna kwota. Na co najczęściej były wydawane pieniądze?

Uniwersytet Jagielloński zobowiązany był jedynie do monitorowania wydatków związanych z dodatkami badawczymi. Pieniądze te najczęściej wydawane były na zakup sprzętu komputerowego wraz z odpowiednim, często bardzo specjalistycz- nym, oprogramowaniem. Ponadto doktoranci kupowali książki, w kilku przypadkach sprzęt badawczy, odczynniki, opłacali uczestnictwo i podróż na konferencje, seminaria, spotkania. Często wypłacane w ramach projektu środki uzupełniały ograniczone budżety badawcze danego zakładu czy instytutu.

Czy teraz, dwa lata po uruchomieniu projektu, można powiedzieć, że pomysł na tego typu program stypendialny to była trafiona inicjatywa?

Bezsprzecznie. Warto bowiem wspierać wybitnych, młodych naukowców, któ- rzy już na początku swoich zawodowych ścieżek odważnie podejmują unikatowe, innowacyjne i trudne tematy. Warto zadbać o takie osoby. „Proza życia” powoduje, że często doktorant chcąc zagwarantować sobie i swoim rodzinom odpowiedni byt, podejmuje dodatkowe prace. Ten projekt miał temu zapobiec. Nie chodziło jednakże wyłącznie o wspieranie tych doktorantów, którzy mają największe problemy finan- sowe. Sednem był innowacyjny pomysł i to ten czynnik decydował w pierwszym rzędzie o przyznaniu dotacji.

O trafności naszego wyboru niech zaświadczy również fakt, iż teraz, gdy tak naprawdę projekt się kończy, ciągle otrzymujemy zapytania ze strony naszych dok- torantów czy planowana jest kolejna edycja. Gdy odpowiadamy, że myślimy o kontynuacji z zadowoleniem informują nas: „To dobrze, bo moje, właśnie rozpoczęte prace badawcze mogą wielu zainteresować”.

Jakie są już teraz rezultaty realizacji projektu?

Uważam, iż pieniądze te były zarówno dobrze rozdysponowane, jak i dobrze wykorzystane. Umożliwiły one sprawną realizację, najczęściej już wcześniej rozpo- czętych prac badawczych.

Rezultatów projektu jest wiele. Doktoranci realizując swoje prace badawcze na- wiązywali nowe kontakty, zarówno z innymi jednostkami badawczymi w Polsce i na świecie, jak i przedsiębiorstwami. Często pracowali w multidyscyplinarnych zespołach badawczych. Efekty ich analiz to m.in. gotowe do wdrożeń wyniki testów laboratoryjnych, opracowane raporty z badań, rozpoczęte procedury patentowe, obronione prace doktorskie.

Jak już wspomniałem, w ramach projektu stypendyści współpracowali z bizne- sem (m.in. firmy Biocentrum, FQS Poland, MPK S.A. w Krakowie, Novozymes Delta Ltd.), jednostkami badawczo-rozwojowymi (Instytut Ekspertyz Sądowych), organami samorządowymi i instytucjami publicznymi (Urząd Marszałkowski Woje- wództwa Małopolskiego, wybrane urzędy gminne Małopolski, Kuratorium Oświaty w Krakowie, Komenda Wojewódzka Policji w Krakowie). Taka kooperacja to nie tylko wymiana doświadczeń lub pomoc w przeprowadzeniu konkretnych analiz. To także nowe perspektywy, nowe możliwości, mnóstwo kontaktów, to wreszcie uzmy- słowienie firmom i instytucjom, że można funkcjonować lepiej, wydajniej, nowo- cześniej. Tak – małymi krokami – buduje się pozycję regionu.

(11)

Efekty pracy doktorantów zostały przez nich spisane i umieszczone w raportach końcowych zamykających uczestnictwo w projekcie. Wielu z nich opisało je w swoich doktoratach, publikacjach, artykułach. Były one prezentowane m.in. podczas krajowych i zagranicznych konferencji i seminariów.

Trzeba również wspomnieć o tych badaniach i analizach, które stanowią tylko kolejny krok w kierunku np. opracowania ulepszonych medykamentów czy nowych metod diagnostycznych. To z pewnością badania równie ważne i potrzebne, jak te typowo aplikacyjne. Często bowiem na konkretny, wymierny efekt muszą pracować grupy osób, a czas ich pracy liczony jest w latach.

Zapraszam wszystkich zainteresowanych na stronę www.cittru.uj.edu.pl, gdzie znaleźć można szczegółowe informacje o projekcie i stypendystach.

Na jakie trudności napotkano podczas realizacji projektu?

Trzeba przyznać, ze realizacja projektu stale obfitowała w różnego rodzaju prob- lemowe sytuacje. Do najtrudniejszych, a na pewno do trwających najdłużej, zali- czyłbym sprawę rozstrzygnięcia przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego kwestii opodatkowania wypłacanych środków. Po zatwierdzeniu projektu i podpi- saniu umowy o dofinansowanie, UJ zwrócił się do MNiSW z prośbą o ustalenie statusu podatkowego wypłacanych stypendiów. Zatwierdzenie przez Ministerstwo (w oparciu o decyzję Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego) regulaminu przyzna- wania stypendiów gwarantowałoby zwolnienie uczelni z obowiązku odprowadzania od stypendiów podatku dochodowego od osób fizycznych. Na drodze do szybkiego rozwiązania tej sprawy stanęła niestety luka prawna w obowiązującej ustawie „Pra- wo o szkolnictwie wyższym” oraz konieczność powołania i zorganizowania pracy nowego ministerstwa. Ta prosta, wydawałoby się sprawa, ciągnęła się przez 10 mie- sięcy. Przez tak długi okres stypendyści projektu nie wiedzieli czy mogą w całości korzystać z wypłacanych środków, czy kwotę równoważną 19% wypłacanego do- chodu odprowadzać do Urzędu Skarbowego. Na szczęście po długim okresie oczekiwania, początkiem sierpnia 2006 roku, UJ otrzymał pozytywną decyzję MNiSW.

Jak układała się współpraca ze stypendystami? W końcu przez projekt przewi- nęło się pół setki doktorantów?

Z ankiet wypełnionych po zakończeniu pierwszej edycji konkursu wynika, że było nieźle. Mimo, iż zdarzały się trudne momenty (np. wstrzymanie wypłaty sty- pendiów przez trzy miesiące) doktoranci byli zadowoleni z udziału w projekcie.

Pozytywnie oceniali zarówno sam pomysł na projekt, jak i jego realizację.

Owszem, w momencie, gdy przez okres trzech miesięcy grupa stypendystów zwiększyła się z 24 do 48 (czasowo nałożyły się dwa nabory), zdarzały się trudniej- sze momenty. Wszystkie sprawy udawało się jednak poprawnie i na czas załatwić.

Projekt zakończy się w grudniu 2007 roku. Czy w planach jest już może pomysł na jego kontynuację?

Tak, CITTRU myśli o kontynuacji projektu. Mamy doświadczenia, roboczą koncepcję nowego programu stypendialnego. Reszta jest w pełni uzależniona od postępów Polski we wdrażaniu Funduszy Strukturalnych z lat 2007 – 2013. Mocno liczymy jednak, że już w pierwszej połowie 2008 roku będziemy mogli ogłosić kolejny nabór wniosków konkursowych.

(12)

Korzystając z okazji chciałbym serdecznie podziękować wszystkim zaangażo- wanym w realizację projektu. Przede wszystkim władzom UJ oraz członkom komisji konkursowych (wydziałowych i ponadwydziałowych). Dziękuję również współpra- cownikom CITTRU, którzy pomagali mi w realizacji projektu. Szczególne podzię- kowania należą się również wszystkim doktorantom – stypendystom, bez których to uniwersyteckie przedsięwzięcie nie mogłoby zaistnieć.

Zapraszamy do zapoznania się z pomysłami badawczymi doktorantów UJ, któ- rzy w okresie styczeń 2006 – wrzesień 2007 byli stypendystami projektu Akademi- cka Innowacyjność dla Małopolski. Miłej lektury.

(13)

C z ł o n k o w i e W y d z i a ł o w y c h K o m i s j i K o n k u r s o w y c h

Wydział Biochemii, Biofi zyki i Biotechnologii

Dr hab. Amalia Guzdek – przewodnicząca komisji Prof. dr hab. Halina Gabryś

Dr hab. Jerzy Dobrucki Dr hab. Alicja Ziemienowicz

Wydział Biologii i Nauk o Ziemi

Dr hab. Elżbieta Haduch – przewodnicząca komisji Dr hab. Maria Słomczyńska

Prof. dr hab. Janina Trepińska Prof. dr hab. Witold Zuchiewicz

Wydział Chemii

Prof. dr hab. Leonard M. Proniewicz – przewodniczący komisji Prof. dr hab. Paweł Kościelniak

Dr hab. Artur Michalak Prof. dr hab. Zbigniew Sojka Prof. dr hab. Piotr Petelenz Dr Stefan Witkowski

Wydział Farmaceutyczny

Dr hab. Marek Cegła – przewodniczący komisji Prof. dr hab. Alicja Budak

Prof. dr hab. Andrzej Starek

Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej

Prof. dr hab. Ewa Gudowska-Nowak – przewodnicząca komisji Prof. dr hab. Andrzej Budkowski

Prof. dr hab. Bogusław Kamys

(14)

Dr hab. Katarzyna Otmianowska-Mazur Prof. dr hab. Jakub Zakrzewski

Wydział Lekarski

Prof. dr hab. Krystyna Sztefko – przewodnicząca komisji Prof. dr hab. Tadeusz Cichocki

Prof. dr hab. Tomasz Mach

Wydział Matematyki i Informatyki

Prof. dr hab. Kamil Rusek – przewodniczący komisji Prof. dr hab. Paweł Idziak

Dr hab. Robert Wolak

Wydział Zarządzania i Komunikacji Społecznej

Dr hab. Jacek Ostaszewski – przewodniczący komisji Prof. dr hab. Eugeniusz Wilk

Prof. dr hab. Grażyna Prawelska – Skrzypek Prof. dr hab. Tadeusz Oleksyn

Dr Mariusz Trojak

Członkowie Rady Koordynatorów (Ponadwydziałowej Komisji Konkur- sowej), która ostatecznie zatwierdzała wyniki konkursów

Prof. dr hab. Andrzej Kozik – Wydział Biochemii, Biofi zyki i Biotechnologii Prof. dr hab. Ryszard Laskowski – Wydział Biologii i Nauk o Ziemi

Dr Stefan Witkowski – Wydział Chemii Dr Katarzyna Kulig – Wydział Farmaceutyczny

Prof. dr hab. Bogusław Kamys – Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowa- nej – przewodniczący komisji

Prof. dr hab. Krystyna Sztefko – Wydział Lekarski

Prof. dr hab. Wiesław Pleśniak – Wydział Matematyki i Informatyki Dr Mariusz Trojak – Wydział Zarządzania i Komunikacji Społecznej

(15)

W y d z i a ł B i o c h e m i i , B i o f i z y k i i B i o t e c h n o l o g i i

1. Grzegorz Dubin

Charakterystyka proteinaz Spl gronkowca złocistego. Laboratorium Krysta- lizacji Białek

Realizowany projekt składał się z dwóch integralnych części: badawczej (charakterystyka proteinaz Spl) i rozwojowej (Laboratorium Krystalizacji Białek). Część badawcza obejmo- wała kompleksowe badania biochemiczne i strukturalne proteinaz Spl gronkowca złocistego.

Część rozwojowa zakładała wprowadzenie innowacyjnej metody krystalografii rentgenowskiej na grunt Małopolski i udostępnienia jej lokalnej społeczności naukowej oraz zaintere- sowanym podmiotom gospodarczym.

2. Aleksandra Kowalczyk

Wykorzystanie peptydów naśladujących gangliozyd GD2 w immunoterapii nowotworów

Niektóre nowotwory charakteryzują się zwiększoną obecnością gangliozydu GD2 na ich powierzchni, a co za tym idzie związek ten może być celem aktywnej, specyficznej immunoterapii dążącej do wyeliminowania nowotworu. Celem projektu było zbadanie czy peptydy strukturalnie naśladujące gangliozyd GD2 mogą być wykorzystane do wywołania odpowiedzi odpornościowej przeciwko nowotworom, na których powierzchni występuje ten gangliozyd, a w konsekwencji do ochrony zwierząt przed rozwojem choroby.

3. Piotr Liguziński

Rozwój oprogramowania do modelowania szlaków metabolicznych – Cell Illustrator

Celem projektu było udoskonalenie oprogramowania służącego do modelowania procesów biochemicznych – Cell Ilustrator, rozwijanego przez firmę FQS Poland z siedzibą w Kra- kowie. W ramach projektu dokonano analizy stosowanych algorytmów obliczeniowych oraz zaproponowano ich udoskonalenia wpływające na zwiększenie dokładności i wydajności oprogramowania. Zweryfikowano również opublikowane wyniki symulacji uzyskanych przy użyciu programu Cell Ilustrator.

(16)

4. Renata Mężyk-Kopeć

Opracowanie testu ELISA służącego do oznaczania stężenia formy pro- oraz formy aktywnej mysiej MMP7

Realizowany projekt stanowi doskonałe uzupełnienie badań nad zależnością pomiędzy poziomem ekspresji MMP7 oraz TACE – enzymu odpowiedzialnego za uwalnianie szeregu molekuł z błony komórkowej.

5. Justyna Steć-Niemczyk

Opracowanie metody produkcji ecotinu w celach handlowych dla małopol- skiej fi rmy biotechnologicznej Biocentrum Sp. z o.o

Celem realizowanego projektu było opracowanie metody uzyskiwania białka bakteryjne- go, ecotinu. Wykorzystując metody z zakresu biologii molekularnej i inżynierii genetycznej, uzyskano rekombinantowy produkt z wysoką wydajnością i aktywnością. Pozwoliło to na wprowadzenie tego preparatu na listę produktów oferowanych przez małopolską firmę bio- technologiczną Biocentrum Sp. z o.o.

6. Benedykt Władyka

Po nitce do kłębka – w poszukiwaniu nowych antybiotyków

Projekt dotyczył biochemicznej, strukturalnej i molekularnej charakterystyki czynników za- angażowanych w patogenezę Staphylococcus aureus i skupiał się na badaniach podstawo- wych prowadzących do poznania mechanizmów regulacji ekspresji zewnątrzwydzielniczych gronkowcowych enzymów proteolitycznych. Wyniki prowadzonych badań w przyszłości można będzie wykorzystać w poszukiwaniu nowych leków przeciwko tej groźnej bakterii.

(17)

C h a r a k t e r y s t y k a p r o t e i n a z S p l g r o n k o w c a z ł o c i s t e g o . L a b o r a t o r i u m K r y s t a l i z a c j i B i a ł e k

GRZEGORZ DUBIN Zakład Mikrobiologii

SŁOWA KLUCZOWE:

infekcje bakteryjne, czynniki wirulencji, proteinazy, krystalografi a

Realizowany w ciągu ostatniego roku w ramach programu AIM, projekt składał się z dwóch integralnych części: badawczej i rozwojowej. Część badawcza obej- mowała charakterystykę proteinaz Spl gronkowca złocistego. Część rozwojową stanowiła rozbudowa działalności Laboratorium Krystalizacji Białek (LKB) przy Wydziale Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ (WBBiB UJ).

Na początek część badawcza. Po pierwsze dlaczego właśnie Gronkowiec zło- cisty? Należy pamiętać, że ta bakteria powoduje nie tylko stosunkowo niegroźne dolegliwości skórne jak trądzik czy czyraki, ale często bezpośrednio zagraża życiu chorego wywołując m.in. zapalenie płuc, wsierdzia, okostnej i kości czy też zakaże- nia ran pooperacyjnych. Choroby te w obliczu braku skutecznej szczepionki i ros- nącej antybiotykooporności (uodparniania się bakterii na powszechnie do tej pory stosowane środki farmakologiczne) stanowią statystycznie znaczące zagrożenie dla każdego z nas. Stąd właśnie dynamiczny rozwój badań nad gronkowcem złocistym obserwowany na całym świecie, zmierzający w kierunku poznania jego fizjologii, w celu wytypowania kandydatów na nowe leki. Właśnie w ten nurt włącza się opi- sywany projekt.

Za wirulencję gronkowca nie odpowiada, jak w przypadku wielu innych bakterii, pojedynczy czynnik, ale cały szereg współdziałających białek zewnątrzwydziel- niczych i powierzchniowych, z których wiele pozostaje wciąż słabo scharaktery- zowana, a nawet całkowicie nieznana. Brak tej podstawowej wiedzy nie pozwala zrozumieć mechanizmu infekcji, a tym samym skutecznie jej przeciwdziałać. Jedną z grup takich słabo scharakteryzowanych białek jest zespół sześciu proteinaz seryno- wych operonu spl. Właśnie analiza własności tych proteinaz, prowadzona przede wszystkim pod kątem zrozumienia ich roli w wirulencji gronkowca, stanowiła

(18)

temat przewodni prowadzonych w ramach projektu prac badawczych. Uda- ło się wykazać, że proteinazy te są produkowane u eksperymentalnie zakażonych Gronkowcem złocistym myszy oraz u ludzi cierpiących na różnorakie infekcje gron- kowcowe.

Ponadto przeanalizowano statystycznie dużą grupę szczepów gronkowcowych pochodzących od pacjentów z różnymi infekcjami gronkowcowymi. W efekcie tych analiz nie stwierdzono korelacji produkcji proteinaz Spl z danym typem infekcji.

Wynik ten sugeruje pośrednio ogólną rolę proteinaz Spl w fizjologii gronkowca.

Badano także specyficzność substratową (zdolność do rozpoznawania i cięcia konkretnych białek), celem określenia roli poszczególnych proteinaz w czasie infekcji.

Ponadto ujawnione, niejako na marginesie powyższych badań, ciekawe właściwości biochemiczne opisywanych enzymów zasugerowały możliwość ich potencjalne- go zastosowanie w dynamicznie rozwijającym się przemyśle biotechnologicznym.

Analiza możliwości takiego wykorzystania dokonanych odkryć stanowi jeden z te- matów aktualnie prowadzonych prac.

Część rozwojowa projektu obejmowała upowszechnienie na terenie Mało- polski innowacyjnej metody analizy strukturalnej białek poprzez rozbudowę działalności Laboratorium Krystalizacji Białek przy Wydziale Biochemii, Bio- fizyki i Biotechnologii UJ. Metoda ta, choć dość skomplikowana doświadczalnie i zaawansowana teoretycznie, a także wymagająca zastosowania drogiego specjali- stycznego sprzętu, jest właściwie jedynym sposobem (nie licząc metod magnetycznego rezonansu jądrowego) zagłębienia się w mikrokosmos zjawisk biologicznych na poziomie atomowym. Podróż taka jest niezwykle fascynująca, gdy uświadomimy sobie, że to właśnie na poziomie atomowym zachodzą tak naprawdę wszystkie procesy biologiczne warunkujące nasze życie. Dzięki analizie strukturalnej możemy je poznawać z najmniejszymi szczegółami. Metoda ta służy nie tylko badaniom podstawowym, ale jest też szeroko wykorzystywana przez przemysł farmaceutyczny i biotechnologiczny.

Zainteresowanie analizą strukturalną rozwijane przez pewien okres na te- renie Niemiec podczas pobytów stypendialnych doprowadziło ostatecznie do transferu tej nowatorskiej techniki na grunt macierzystej uczelni poprzez or- ganizację LKB przy WBBiB UJ. Dzięki ciężkiej pracy oraz pomocy i zrozumieniu moich opiekunów naukowych udało się dokonać tego trudnego organizacyjnie zada- nia w roku 2005, a przez rok 2006 rozbudować i poszerzyć działalność laboratorium.

Obecnie LKB stanowi wysokiej światowej klasy placówkę, działalnością której uda- ło się zainteresować szereg naukowców.

Rozbudowa działalności laboratorium poza wzbogaceniem zaplecza sprzętowe- go i współpracy ze środowiskiem naukowym objęła także nawiązanie kontaktów z przemysłem oraz prowadzenie własnej działalności badawczej. Prace badawcze były realizowane m.in. w ramach projektu AIM, gdzie obejmowały analizę struktu- ralną wybranych proteinaz Spl. Udało się poznać strukturę atomową dwóch proteinaz, co dało wgląd w mechanizmy determinujące specyficzność substratową oraz pozwoliło wysunąć hipotezę odnoszącą się do kontroli aktywności tych enzymów przez gronkowce.

Mam nadzieję, że w kolejnych latach uda się kontynuować rozpoczętą działal- ność zarówno badawczą, jak i związaną z LKB. Ważne jest, by wypracowany poten- cjał udostępnić jak największej liczbie użytkowników poprzez promocję działalno- ści laboratorium oraz nawiązywanie szeroko pojętej współpracy. Wyniki prowadzonych prac przyczynią się do wzrostu potencjału i konkurencyjności małopolskiego

(19)

ośrodka uniwersyteckiego zarówno w sensie badawczym, jak i możliwości realizacji specyficznego zapotrzebowania przemysłu na współpracę z akademią.

Grzegorz Dubin [gdubin@mol.uj.edu.pl]: Urodził się i wychował w Krakowie. Po ukończeniu w 1997r. V Liceum Ogólnokształcącego podjął studia na kierunku bio- technologia na Uniwersytecie Jagiellońskim, gdzie w 2002 r. otrzymał tytuł magistra, a w 2007 r tytuł doktora. Podjęte w okresie studiów i doktoratu liczne wyjazdy edu- kacyjne do zagranicznych ośrodków naukowych, odbyte w ramach szeregu polskich i zagranicznych programów stypendialnych, przyczyniły się znacznie do udoskona- lenia jego warsztatu badawczego, a także pozwoliły na szerokie spojrzenie na na- ukę światową. Zdobyte doświadczenia i determinacja w połączeniu z przychylnością opiekunów naukowych pozwoliły na rozwinięcie w ciągu ostatnich lat samodzielnej działalności badawczo-rozwojowej realizowanej m.in. w ramach projektu AIM.

(20)

W y k o r z y s t a n i e p e p t y d ó w n a ś l a d u j ą c y c h g a n g l i o z y d G D 2 w i m m u n o t e r a p i i n o w o t w o r ó w

ALEKSANDRA KOWALCZYK Pracownia Genetyki Molekularnej i Wirusologii

SŁOWA KLUCZOWE:

immunoterapia, GD2, mimikra molekularna, nowotwory neuroektodermalne

Pomimo wieloletnich starań grup badawczych na całym świecie, których celem jest polepszenie strategii terapeutycznych w walce z nowotworami, ogólna prze- żywalność wśród pacjentów zapadających na te choroby pozostaje od wielu lat na niezmienionym i niezadowalającym poziomie. Jednocześnie, rosnąca ilość donie- sień na temat roli układu odpornościowego w zapobieganiu i kontroli rozwoju no- wotworów spowodowała zwiększone zainteresowanie naukowców immunoterapią jako alternatywną metodą w leczeniu raka. Polega ona na odpowiedniej stymulacji układu odpornościowego pacjenta w celu rozpoznania i likwidacji komórek nowo- tworowych. Koncepcja zaangażowania układu immunologicznego w kontrolę i roz- wój nowotworów wywodzi się od hipotezy Thomas’a i Burnet’a¹, którzy zauważyli, iż układ odpornościowy musi posiadać mechanizmy, które chronią organizm przed powstawaniem nowotworu. Dowodem na to miała być relatywnie niska zapadalność na te choroby u osób z prawidłowo funkcjonującym układem immunologicznym.

Nowotwory, jak wszystkie komórki organizmu, prezentują ogromną ilość cząste- czek, które teoretycznie mogą zostać rozpoznane przez nasz układ odpornościowy (cząsteczki te nazywamy antygenami). Jednakże, w celu ochrony organizmu przed działaniem własnego układu odpornościowego, w toku ewolucji wykształcona zo- stała tolerancja immunologiczna na cząsteczki prezentowane przez komórki danego osobnika. Innymi słowy układ odpornościowy jest w stanie rozróżnić, która komór- ka jest obca i musi zostać zniszczona, a która wywodzi się z tego właśnie organizmu i znajduje się „pod ochroną”. Niestety w wielu przypadkach tolerancja na własne antygeny, a takie w większości prezentowane są przez nowotwór, jest bezpośrednim

1 Burnet, F. M. The concept of immunological surveillance. Prog Exp Tumor Res, 13: 1-27, 1970 oraz Thomas, L. Discussion of Cellular and Humoral Aspects of Hypersensitivity States. In, pp. 529-532:

Hoeber-Harper, New York, 1959.

(21)

powodem braku odpowiednio silnej odpowiedzi anty-nowotworowej co prowadzi do rozwoju choroby. Można zatem powiedzieć, że immunologiczna ignorancja po- legająca na przeoczeniu przez układ odpornościowy zagrożenia, jakie niesie ze sobą nowotwór umożliwia jego niekontrolowany rozwój. Jednocześnie należy w tym miejscu wspomnieć, iż układ odpornościowy rzeczywiście posiada wysoko wyspe- cjalizowane komórki, które po odpowiedniej stymulacji, mają zdolność do elimino- wania nowotworowo zmienionych komórek. Dlatego też można postawić hipotezę, iż odpowiednio stymulowany, układ odpornościowy osoby chorej będzie zdolny do zwalczenia nowotworu².

Podstawowym problemem stojącym przed efektywnym zastosowaniem immunoterapii jest znalezienie odpowiedniego antygenu. Jak już wspomniałam, nowotwory wywodzą się z komórek naszego organizmu, a co za tym idzie większość cząsteczek, które znajdują się na ich powierzchni, można znaleźć również na komór- kach zdrowych. Wywołanie odpowiedzi odpornościowej przeciw tym antygenom mogłoby prowadzić do zniszczenia nie tylko nowotworu, ale również zdrowych komórek a tego należy uniknąć. Ponadto ze względu na wspomnianą wcześniej to- lerancję immunologiczną samo wywołanie odpowiedzi odpornościowej w tym przypadku byłoby zadaniem bardzo trudnym.

W moich badaniach skupiłam się na gangliozydzie GD2. Związek ten jest gliko- lipidem i występuje w wysokim stężeniu na powierzchni komórek wielu typów no- wotworów jak chociażby neuroblastoma, czerniak, drobnokomórkowy rak płuc czy glioma. Co ważne, występowanie GD2 na komórkach zdrowych ograniczone jest do melanocytów, obwodowych włókien czuciowych i neuronów. Niestety, ze względu na swoją naturę chemiczną, gangliozydy podane w formie szczepionki nie są w stanie wywołać silnej odpowiedzi odpornościowej u szczepionych organizmów.

Projekt miał, i wciąż ma gdyż w obliczu pozytywnych wyników badania będą kontynuowane, na celu wykorzystanie molekularnej mimikry (strukturalnego podo- bieństwa) peptydów do opracowania skutecznej szczepionki skierowanej przeciwko nowotworom charakteryzującym się wysoką ekspresją gangliozydu GD2. Badano czy peptydy, które strukturalnie naśladują gangliozyd GD2, mogą indukować odpo- wiedź układu odpornościowego, co w konsekwencji prowadzić miało do eliminacji nowotworu.

W badaniach wstępnych wyizolowano peptydy naśladujące gangliozyd GD2, które zostały użyte jako czynnik profilaktyczny w modelu mysiej neuroblastoma.

Efekt ochronny szczepionki peptydowej był monitorowany zarówno poprzez róż- nice w przeżywalności jak i liczbę przerzutów pomiędzy osobnikami szczepionymi a nieszczepionymi. Jednocześnie scharakteryzowano odpowiedź indukowaną przy pomocy szczepionek peptydowych u myszy obarczonych nowotworem. W badaniach testowano dwa peptydy 65 oraz 94. Peptyd 65 spowodował zahamowanie rozwoju nowotworu u 75% szczepionych osobników, podczas gdy peptyd 94 był skuteczny u wszystkich badanych zwierząt. Zaobserwowano korelację pomiędzy indukcją odpowiedzi immunologicznej a zahamowaniem rozwoju choroby. Plano- wane są dalsze badania w celu poznania efektorowych mechanizmów zwalczania nowotworu u szczepionych osobników.

Wykorzystywana w projekcie mimikra peptydowa jest nowoczesnym i innowa- cyjnym narzędziem, dzięki któremu wywołano odpowiedź odpornościową u myszy szczepionych. Taka odpowiedź byłaby niemożliwa do osiągnięcia przy wykorzysta-

2 Gilboa, E. The promise of cancer vaccines. Nat Rev Cancer, 4: 401-411, 2004.

(22)

niu do szczepień natywnego antygenu (GD2). W rezultacie układ odpornościowy rozpoznał i zwalczał komórki nowotworowe. Poznanie molekularnych mechani- zmów leżących u podstaw mimikry jest niezbędnym etapem w drodze do stworzenia nowej, alternatywnej metody leczenia nowotworów charakteryzujących się wysoką ekspresją gangliozydu GD2. Jednocześnie badania in vivo na modelach zwierzęcych są niezbędnym etapem w drodze do wyjaśnienia czy immunizacja przy pomocy pep- tydów strukturalnie naśladujących gangliozyd GD2 może być przydatna w aktywnej, specyficznej immunoterapii.

Pracownia Genetyki Molekularnej i Wirusologii Wydziału Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ już od pięciu lat prowadzi intensywną współpracę z Kliniką Onkologii i Hematologii Dziecięcej Szpitala Uniwersyteckiego w Prokocimiu. Jest to specjalistyczny ośrodek leczący m.in. dzieci z neuroblastoma. Większość diag- nozowanych pacjentów znajduje się w 4 stadium choroby i ma małe szanse na wy- leczenie. Dlatego też poszukiwanie nowych metod terapeutycznych zostało przez onkologów dziecięcych uznane za sprawę priorytetową. W świetle dotychczasowej wiedzy można domniemywać, iż immunoterapia będzie miała szczególnie duże zastosowanie w przypadku minimalnej choroby resztkowej, która jest bezpośred- nią przyczyną remisji i zgonów. Opracowywana w moim projekcie szczepionka może w przyszłości zostać zastosowana jako jeden ze składników leczenia neu- roblastoma. Badania te mają zatem charakter aplikacyjny, a ich powodzenie może zacieśnić współpracę pomiędzy ośrodkami naukowo-badawczymi i przemysłem biotechnologicznym w Małopolsce.

Aleksandra Kowalczyk [aleksandra2.kowalczyk@uj.edu.pl, olakowalczyk@yahoo.

com]: Urodziła się 5 marca 1978 roku w Krakowie. W 1997 roku rozpoczęła studia na kierunku Biotechnologia Uniwersytetu Jagiellońskiego. Od czwartego roku stu- diów brała udział w projekcie dążącym do poznania mechanizmów reakcji stresowej toczącej się w odpowiedzi na zakażenie wirusem krowianki prowadzonym w PGMiW IBM pod kierunkiem dr hab. Hanny Rokity. W swojej pracy magisterskiej badała wpływ infekcji wirusowej na wewnątrzkomórkową lokalizację, poziom białka oraz transktyptu HSF1 i HSP70 w ludzkich monocytach adherentnych zakażanych wiru- sem krowianki. Studia ukończyła z wyróżnieniem. W 2002 roku rozpoczęła studia doktoranckie na Wydziale Biologii i Nauk o Ziemi UJ w Środowiskowym Studium Doktoranckim, obecnie kontynuuje je na Wydziale Biochemii, Biofizyki i Biotechno- logii UJ pod kierunkiem prof. dr hab. Hanny Rokity. W grudniu 2002 roku wyjechała na ponad dwuipółletni staż naukowy do Buffalo, USA. Po powrocie ze stażu na- ukowego kontynuuje badania mające na celu opracowanie aktywnej immunoterapii neuroblastoma (Grant promotorski „Wykorzystanie molekularnej mimikry peptydów naśladujących gangliozyd GD2 w szczepionce skierowanej przeciwko neuroblasto- ma” (MNiI 2 P05A 03429). Ponadto, realizuje własny projekt badawczy dążący do poznania drogi przekazu sygnału śmierci w komórkach neuroblastoma traktowanych przeciwciałem anty-GD2³.

Lubi koszykówkę, książki – szczególnie twórczość Milana Kundery oraz podróże.

3 PARNAS Conference. Krakow, Poland. 2007. Acta Biochim Pol. Vol. 54 Supp 2/2007: 44. Anti- GD2 monoclonal antibody synergizes with some chemotherapeutic drugs in killing neuroblastoma cells. Kowalczyk A, Gil M, Odrowąż Ż, Horwacik I, Czaplicki D and Rokita H.

(23)

R o z w ó j o p r o g r a m o w a n i a d o m o d e l o w a n i a s z l a k ó w m e t a b o l i c z n y c h – C e l l I l l u s t r a t o r

PIOTR LIGUZIŃSKI Zakład Biofi zyki Obliczeniowej i Bioinformatyki

SŁOWA KLUCZOWE:

modelowanie szlaków metabolicznych, hybrydowe sieci Patrii, Cell Illustrator

Modelowanie szlaków metabolicznych stanowi dynamicznie rozwijającą się dziedzinę nauki. Wraz z rozwojem wiedzy następuje rozwój oprogramowania służą- cego do modelowania. W roku 2003 grupa badaczy pod przewodnictwem profesora Satoru Miyano z Human Genome Center z Uniwersytetu w Tokio zaproponowała bardzo intuicyjnie zrozumiałą dla badaczy notację modeli szlaków metabolicznych – hybrydowe funkcjonalne sieci Patrii (HFPN)¹. Upraszczając znacząco, jako sieć rozumiemy zbiór zmiennych (np. stężeń metabolitów), procesów (np. reakcji che- micznych) oraz powiązań między nimi (np. stechiometria reakcji).

HFPN umożliwiają łączenie ze sobą procesów ciągłych, opisywanych klasycz- nymi równaniami różniczkowymi z procesami dyskretnymi opisywanymi przez rozkład prawdopodobieństwa, jak również z dowolnymi zmiennymi definiowanymi przez użytkownika (np. sekwencje nukleotydowe i aminokwasowe – co umożliwia symulowanie procesów syntezy DNA i białek i ich wpływu na szlaki metaboliczne).

Jest to unikalna cecha, która jest wprowadzona w sposób intuicyjny i bezkonflik- towy.

HFPN zostały wykorzystane w programie Genomic Object Net (GON http://

www.GenomicObject.Net/), którego rozwój nadzorował profesor Satoru Miyano.

Aktualnie GON został skomercjalizowany. Jest rozwijany i sprzedawany pod nazwą Cell Illustrator. Właścicielem oprogramowania jest firma GNI. Za rozwój oprogra- mowania jest odpowiedzialna należąca do grupy Fujitsu firma FQS Poland sp. z o.o.

(http://www.fqs.pl/) z siedzibą w Krakowie.

1 Matsuno H, Tanaka Y, Aoshima H, Doi A, Matsui M, Miyano S Biopathways representation and simulation on hybrid functional Petri net. In Silico Biol. 2003, 3:389-404.

(24)

Celem mojego projektu było udoskonalenie algorytmu obliczeniowego zwią- zanego z symulowaniem szlaków metabolicznych w reprezentacji HFPN, zasto- sowanego w programie Cell Illustrator, co w bezpośredni sposób miało przełożyć się na podniesienie poziomu naukowego i wzrost konkurencyjności produktu.

Zastosowany w aktualnej wersji programu algorytm służący do przeprowadza- nia symulacji, mimo swojej prostoty, posiadał liczne wady:

• nie pozwalał na wystarczającą kontrolę błędów symulacji,

• wzrost precyzji obliczeń powodował nieproporcjonalne wydłużenie czasu ob- liczeń,

• stosowany algorytm stawał się często niestabilny.

Istnieją liczne algorytmy numeryczne, które pozbawione są tych wad – są szyb- sze i dokładniejsze. Aby sprawdzić i porównać istniejący algorytm z nowymi, zbu- dowano prototyp procedury obliczeniowej, która wykorzystuje zarówno istniejący jak i nowe algorytmy. Wykonano następnie obliczenia dla opublikowanych szlaków metabolicznych, które modelowano przy użyciu programu Cell Illustrator². Porów- nanie wyników z aktualnej wersji oprogramowania z wynikami prototypu i pod- stawowego algorytmu stanowiło metodę weryfikacji prawidłowego „przeniesienia”

modeli z programu do prototypu. Następnie porównano wyniki symulacji uzyskiwane dla maksymalnej dokładności programu Cell Ilustrator z wynikami dla prototypu wykorzystującego inne algorytmy obliczeniowe. Prototyp okazał się w każdym przypadku o kilka rzędów wielkości szybszy, ponadto w wielu przypadkach wyniki uzyskiwane z zastosowaniem oprogramowania były obarczone znacząco większym błędem niż w przypadku prototypu.

Zmiana algorytmu obliczeniowego w oprogramowaniu pozwoli na zwięk- szenie wydajności oprogramowania o kilka rzędów wielkości z równoczesną zwiększoną kontrolą błędów. Pozwoli to na budowanie znacznie bardziej skompli- kowanych modeli oraz prowadzenie dokładniejszych symulacji. Pozwala również zbudować większe zaufanie środowiska naukowego do oprogramowania poprzez wyeliminowanie sytuacji, w których oprogramowanie mogło generować wyniki obarczone niekontrolowanym poziomem błędów. Prototyp, który został zbudowany, nie będzie bezpośrednio wbudowany w program Cell Illustrator, lecz będzie stano- wił wzór dla właściwego kierunku rozwoju istniejącego algorytmu. Wykonanie prototypu znacząco obniża koszty, które musi ponieść firma w celu udoskonalenia oprogramowania oraz, co chyba najważniejsze, pokazuje istnienie rozwiązania problemu – unikamy pracy programistycznej, która może okazać się nieprzydatna.

Współpraca przy tworzeniu oprogramowania służącego do modelowania szla- ków metabolicznych prowadzi do ulepszenia oprogramowania oraz zawiązania ści- słej współpracy pomiędzy firmą, a jednostką badawczą. Po udoskonaleniu, oprogramowanie może stać się podstawowym narzędziem przyszłej pracy badawczej.

Obserwujemy tu obopólne korzyści: naukowcy uzyskują za darmo narzędzie badawcze, a w zamian przyczyniają się do jego popularyzacji poprzez publikację wyników swoich prac oraz wskazywanie dalszych kierunków rozwoju oprogramowania.

2 Matsuno H, Murakami R, Yamane R, Yamasaki N, Fujita S, Yoshimori H, Miyano S Boundary formation by notch signaling in Drosophila multicellular systems: experimental observations and gene network modeling by Genomic Object Net. Pacifi c Symposium on Biocomputing 2003, 8:152-163;

Doi A, Fujita S, Matsuno H, Nagasaki M, Miyano S Constructing biological pathway models with hybrid functional Petri nets. In Silico Biology 2004, 4 (0023).

(25)

Przed rozpoczęciem projektu podjęto rozmowy z prezesem firmy FQS Poland sp. z o.o. doktorem Jerzym Rudzińskim dotyczące ewentualnej współpracy dotyczą- cej rozwoju programu Cell Illustrator. Uzyskano poparcie oraz zapewnienie o pełnej gotowości firmy do współpracy przy rozwoju oprogramowania. W wyniku realizacji projektu przedstawiono jednoznaczne i praktyczne rozwiązanie konkretnego problemu, który wystąpił w firmie tworzącej oprogramowanie, jak również umożliwiono udoskonalanie istniejących i stosowanych obecnie technologii, czego skutkiem może być wzrost konkurencyjności produktu firmy z Małopolski. Aktualnie w dziedzinie modelowania procesów biochemicznych nie istnieje jeden wiodący program służący do obliczeń. Ulepszenie produktu wpływa na jego popularyzację oraz wzrost zaufa- nia środowiska naukowego do oprogramowania. Projekt stanowi krok w kierunku popularyzacji metodologii modelowania wśród szerszej rzeszy naukowców.

Realizowany projekt jest dobrym przykładem ścisłej i bezpośredniej współpracy jednostki naukowej z podmiotami gospodarczymi, polegającej na wykorzystaniu za- sobów intelektualnych, wiedzy i doświadczenia badawczego. Rozwój specjalistycz- nego oprogramowania wymaga wykorzystania pracowników o rzadkich umiejętnoś- ciach. Realizacja projektu może zaowocować wzrostem zainteresowania firmy FQS Poland sp. z o.o. oraz innych firm potencjałem naukowym Uniwersytetu Jagiellońskiego. Uniwersytet może uzyskać dostęp do nowoczesnych technologii, a naukowcy doskonałą możliwość rozwoju i prowadzenia nowych projektów badawczych.

Często podnoszony zarzut, iż jednostki badawcze koncentrują się na badaniach podstawowych odległych od oczekiwań przedsiębiorców, staje się w tym przypadku bezzasadny. Umiejętności i wiedza zdobywane podczas badań podstawowych posiadają znaczącą wartość również podczas realizacji projektów komercyjnych.

Niniejszy projekt jest ciekawym pomostem pomiędzy badaniami podstawowy- mi a zastosowaniami komercyjnymi – techniki z badań podstawowych płynnie stosuje się tutaj dla celów komercyjnych. Projekt wpisuje się też w zakres „roz- woju gospodarki opartej na wiedzy”, przedstawianego jako jedna z szans rozwoju regionu.

Piotr Liguziński [ligus@mol.uj.edu.pl]: Urodził się w 1981 roku. W 2000 roku roz- począł studia na kierunku Biotechnologia. Po ukończeniu studiów w 2004 roku (rok przed terminem) rozpoczął pod opieką dr. hab. Bernarda Korzeniewskiego studia doktoranckie na specjalności Biofizyka. Przez 21 miesięcy (od lipca 2003 roku) pra- cował dla firmy FQS Poland sp. z o.o. Od października 2005 roku jest asystentem na Wydziale Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego.

W pracy badawczej zajmuje się modelowaniem kinetycznym procesów biochemicz- nych i fizjologicznych, modelowaniem molekularnym oraz bioinformatyką. Temat przygotowanej przez niego rozprawy doktorskiej to: „Teoretyczne badania kontroli i regulacji fosforylacji oksydacyjnej i glikolizy w mięśniu szkieletowym”. Jest sty- pendystą programu START Fundacji na rzecz Nauki Polskiej w roku 2007. Poza pracą naukową uprawia wyczynowo sport oraz fotografuje. Od 11 lat jest zawodni- kiem pierwszoligowej drużyny rugby – Salwator Juvenii Kraków, natomiast robione przeze niego zdjęcia publikowane są w portalu www.wislakrakow.com oraz Gazecie Krakowskiej.

(26)

O p r a c o w a n i e t e s t u E L I S A s ł u ż ą c e g o d o o z n a c z a n i a s t ę ż e n i a f o r m y p r o - o r a z f o r m y a k t y w n e j m y s i e j M M P 7

RENATA MĘŻYK-KOPEĆ Zakład Biochemii Komórki

SŁOWA KLUCZOWE:

MMP7, przeciwciała monoklonalne, przeciwciała poliklonalne

MMP7, znana również pod nazwą matrylizyna, to enzym biorący udział w de- gradacji białek macierzy zewnątrzkomórkowej. Proces ten jest bardzo ważny dla umożliwienia migracji komórek układu odpornościowego do miejsc stanu zapalnego, gdzie mogą zwalczać zagrożenie. Jest także istotny dla gojenia się ran. Komórki mogą w ogóle nie produkować MMP7, ale gdy dochodzi do infekcji bakteryjnych i rozwoju stanów zapalnych mogą produkować jej bardzo dużo, tak więc wysokie stężenie tego białka w surowicy może świadczyć o rozwoju jakiejś choroby. Choć rolą MMP7 jest współuczestnictwo w walce z chorobami, to nadmierna synteza tego enzymu może przyczyniać się do rozwoju szeregu stanów patologicznych, takich jak choroba Alzheimera, fibroza płuc czy nowotwory. Wysokie stężenie MMP7 czę- sto towarzyszy procesowi nowotworzenia i koreluje ze stopniem złośliwości nowo- tworów.

Określenie stężenia MMP7 w surowicy i w tkankach ma więc ogromne zna- czenie diagnostyczne. Ponieważ enzym występuje zarówno w formie enzymatycz- nie aktywnej, jak i w postaci nieaktywnej proformy, dobrze byłoby dysponować metodą, która pozwoliłaby na odróżnienie tych form, aby móc przewidywać skutki działania MMP7.

Badania nad mechanizmami odpowiedzialnymi za powstawanie i przebieg wielu schorzeń prowadzi się zarówno z wykorzystaniem hodowli komórkowych jak i modeli zwierzęcych. Dla większości stanów patologicznych, w których MMP7 odgrywa rolę, udało się już stworzyć modele mysie. Nie ma jednak na rynku takich odczynników, które pozwoliłyby na oznaczanie stężeń proformy i aktywnej formy mysiej MMP7. Dlatego, w ramach projektu Akademicka Innowacyjność dla Mało-

(27)

polski, zajęto się stworzeniem zestawu odczynników do immunotestu wykrywa- jącego MMP7.

Test ten może być wykorzystany zarówno w badaniach nad mechanizmami przerzutowania nowotworów, jak i nad fibrozą płuc oraz gojeniem ran. Będzie on dostarczał informacji o zależności między stężeniem MMP7 a innymi parametra- mi postępu choroby (np. zdolnością nowotworów do tworzenia przerzutów).

Częściami składowymi takiego immunotestu (zwanego także testem ELISA) są przeciwciała – białka produkowane przez limfocyty B, w niezwykle specyficzny sposób rozpoznające i wiążące się do obcych substancji (białek, wirusów, bakterii).

Limfocyty B produkują specyficzne przeciwciała albo po wtargnięciu patogenów do organizmu, albo po podaniu obcej substancji do krwioobiegu czy tkanek (na tym między innymi polegają szczepienia ochronne). Przeciwciała wyprodukowane po zaszczepieniu dziecka zabitymi prątkami gruźlicy będą rozpoznawały prątki gruź- licy, ale nie pałeczki duru brzusznego. Przeciwciała pojawiające się w organizmie zwierzęcia zaszczepionego preparatem MMP7 będą wiązały MMP7, ale nie inne białka. I właśnie na takiej wysokiej specyficzności przeciwciał bazuje immunotest. Aby stworzyć zestaw odczynników do immunotestu, konieczne jest uzyskanie przeciwciał produkowanych przez układ odpornościowy dwóch różnych gatunków zwierząt. W tym przypadku były to szczur i królik. Zwierzętom przez dwa miesiące podawano w odstępach dwutygodniowych dootrzewnowo fragment białka MMP7.

W ten sposób stymulowano limfocyty B do produkcji przeciwciał. Co pewien czas pobierane były próbki krwi zwierząt i sprawdzany poziom specyficznych przeciw- ciał. Gdy poziom przeciwciał w surowicy był dostatecznie wysoki, wyizolowano limfocyty B szczura i połączono je z komórkami nowotworowymi w procesie na- zywanym fuzją. Proces ten unieśmiertelnia limfocyty B, umożliwiając tym samym ich przeżycie poza organizmem zwierzęcia przez nieskończenie długi okres i stałą produkcję przeciwciał. W kolejnym etapie pracy wyizolowane limfocyty B namno- żono, a wyprodukowane przez nie przeciwciała oczyszczono.

Posiadając dwa różne przeciwciała rozpoznające to samo białko, można było opracować immunotest, w którym jedno przeciwciało służy do wychwytywania MMP7, a drugie do oznaczania jej poziomu.

Wyprodukowane przeciwciała rozpoznające mysią MMP7 zostaną włą- czone w ofertę handlową firmy BioCentrum Sp. z o.o. działającej na Wydziale Biochemii Biofizyki i Biotechnologii UJ. Firma ta posiada już w swojej ofercie przeciwciała skierowane przeciwko molekułom zaangażowanym zarówno w procesy obrony immunologicznej organizmu, jak również odpowiedzialnych za rozliczne stany patologiczne. Do molekuł tych należą m.in. TNF, elastaza oraz katepsyna G.

Możliwość powiększenia oferty firmy o kolejne przeciwciała (w szczególności do tej pory niedostępne na rynku szczurze przeciwciała rozpoznające mysią MMP7) z całą pewnością wpłynie pozytywnie na jej rozwój.

Realizowany projekt stanowi doskonałe uzupełnienie moich badań nad zależ- nością pomiędzy poziomem ekspresji MMP7 oraz TACE – enzymu odpowiedzialnego za uwalnianie szeregu molekuł z błony komórkowej. Projekt ten jest obecnie finansowany przez KBN w ramach grantu promotorskiego.

(28)

Renata Mężyk-Kopeć [Renata_me@poczta.onet.pl]: Urodziła się 25 grudnia 1978 roku w Kolbuszowej. Szkołę średnią ukończyła w II Liceum Ogólnokształcącym im. Hetmana Jana Tarnowskiego w Tarnowie. W 1997 roku rozpoczęła studia na kierunku Biotechnologia w Instytucie Biologii Molekularnej. W 2001 roku obroniła pracę magisterską i rozpoczęła studia doktoranckie w Zakładzie Biochemii Komórki pod kierunkiem dr hab. Joanny Bereta. W swojej pracy koncentruje się na wpływie proteaz bakteryjnych i proteaz z neutrofili na rozwój stanu zapalnego. Otrzymane przez nią wyniki pozwoliły jej na napisanie dwóch prac, które zostały opublikowane w czasopismach recenzowanych: Inactivation of membrane TNF by gingipains from Porphyromonas gingivalis. Infect. Immun. 73, 1506-1514, 2005 oraz The effects of neutrophil elastase and cathepsin G on the levels of membrane and soluble TNF.

Biol. Chem. 386, 8, 2005. Jest ponadto autorką jednej pracy przeglądowej: Structure and Functions of Tumor Necrosis Factor Converting Enzyme, Acta Biochimica Po- lonica, 50, 625-45, 2003. Wyniki swoich badań prezentowała również na rozlicznych konferencjach naukowych zarówno w formie doniesień ustnych, jak i plakatowych.

Jej praca naukowa została wyróżniona w 2005 roku Nagrodą Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego. Interesują ją również podróże, turystyka piesza górska oraz turysty- ka na Półwyspie Skandynawskim.

(29)

O p r a c o w a n i e m e t o d y p r o d u k c j i e c o t i n u w c e l a c h h a n d l o w y c h d l a m a ł o p o l s k i e j f i r m y b i o t e c h n o l o g i c z n e j B i o c e n t r u m S p . z o . o .

JUSTYNA STEĆ-NIEMCZYK Zakład Biochemii Analitycznej

SŁOWA KLUCZOWE:

ecotin, interferon, inhibitor, proteaza

Ecotin (Eco) jest pochodzącym z Escherichia coli białkiem wykazującym zdol- ność do hamowania właściwości enzymatycznych (zdolności do przyspieszania reakcji biochemicznych) pewnej grupy białek, do której zaliczamy między innymi trypsynę, chymotrypsynę, elastazę, kallikreinę, czynnik Xa, czynnik XIIa czy granzym B. Wymienione enzymy to białka odgrywające istotną rolę w funkcjonowaniu naszego organizmu. Trypsyna i chymotrypsyna to enzymy biorące udział w procesie trawienia, czynniki Xa i XIIa zaangażowane są w skomplikowanym procesie krzep- nięcia krwi, a elastaza, kallikreina oraz granzym B to białka wchodzące w skład układu immunologicznego. Ponadto wiele niebezpiecznych dla człowieka bakterii produkuje istotne dla swojego funkcjonowania enzymy należące do grupy potencjal- nie hamowanej przez ecotin.

Naturalnym środowiskiem występowania ecotinu jest bakteria Escherichia coli. Pełni on istotną rolę w ochronie bakterii przed układem obronnym człowie- ka. Specyficzny charakter oddziaływania ecotinu z enzymami pozwala na poznanie budowy centrum enzymu odpowiedzialnego za jego właściwości katalityczne. Jest to niezwykle istotne zarówno z punktu widzenia naukowo-badawczego, ale przede wszystkim dla projektowania specyficznych inhibitorów (białek hamujących dzia- łanie enzymów) proteaz serynowych w celach terapeutycznych. Jako selektywny inhibitor ecotin wykorzystywany jest do biochemicznych oznaczeń aktywności enzymatycznej białek, z którymi oddziałuje. Co więcej jako białko o małej ma- sie cząsteczkowej, mogące w odpowiednich warunkach łatwo krystalizować, wykorzystywany jest do procesów, w których oddziałując z enzymem „pociąga go” do

(30)

wspólnej krystalizacji. Ułatwia to, a w niektórych przypadkach wręcz umożliwia, poznanie struktury tych białek metodą krystalografii rentgenowskiej.

Celem realizowanego projektu było pozyskanie białka ecotin dla małopol- skiej firmy biotechnologicznej Biocentrum Sp. z o.o.

Ecotin jest białkiem naturalnie występującym w przestrzeni peryplazmatycznej E. coli, czyli przestrzeni pomiędzy błoną zewnętrzną a błona cytoplazmatyczną. Pró- by uzyskania ecotinu z naturalnego źródła, ze względu na jego małe stężenie okazały się nieopłacalne. Dlatego, wykorzystując techniki biologii molekularnej oraz inży- nierii genetycznej, uzyskano konstrukt, w którym gen kodujący informację o budo- wie i funkcji białka Eco, wyizolowany z chromosomu E. coli, został włączony do systemu pozwalającego na wydajną produkcję rekombinantowego białka. Zastoso- wane zabiegi pozwoliły na uzyskanie dużej ilości Eco w porównaniu do naturalnego źródła. Żmudne procesy oczyszczenia ecotinu od innych białek bakteryjnych po- zwoliły na pozyskanie preparatu białkowego o około 95% czystości. Ponadto testy aktywności inhibitorowej, mające na celu sprawdzenie jego zdolności do hamownia reakcji przeprowadzanych przez daną grupę enzymów, pokazały wysoką aktywność uzyskanego produktu. Przeprowadzone badania doprowadziły do tego, że główny cel projektu został osiągnięty. Ecotin został włączony do oferty firmy Biocentrum Sp. z o.o.

Biocentrum Sp z o.o. jest prężnie rozwijającą się firmą biotechnologiczną oferu- jącą szeroki zakres preparatów białkowych (enzymów i ich naturalnych inhibitorów) i przeciwciał, jak również wysokiej jakości sprzęt laboratoryjny używany standardo- wo w preparatyce białek. Ponadto firma oferuje usługi z zakresu chemii białek oraz produkcji przeciwciał monoklonalnych na zamówienie. Szersze informacje o firmie dostępne na stronie internetowej www.biocentrum.com.pl. Miejmy nadzieję, iż uzyskany rekombinowany ecotin, ze względu na szerokie zastosowanie, zarówno w naukach podstawowych, krystalizacji, enzymologii czy też projektowaniu leków nowej generacji, znajdzie szerokie grono odbiorców. Przedstawiony projekt, bezpo- średnio przyczyniając się do rozwoju rodzimej firmy biotechnologicznej, wpisuje się w podstawowe założenia Regionalnej Strategii Innowacji.

Moje zainteresowanie biologią molekularną pojawiło się podczas przygotowy- wania pracy magisterskiej wykonanej w Zakładzie Biochemii Analitycznej Wydzia- łu Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ (WBBiB UJ). Prowadziłam wówczas badania nad czynnikami mogącymi odgrywać istotną rolę w funkcjonowaniu groź- nej dla człowieka bakterii gronkowca złocistego. Obecnie jestem na trzecim roku studiów doktoranckich i nadal zajmuję się tym niebezpiecznym patogenem, a ściślej ujmując badaniem specyficznych enzymów Spl, ich charakterystyką funkcjonalną, specyficznością, badaniem struktury oraz roli, jaką mogą odgrywać w patogene- zie gronkowca złocistego. Doświadczenie, jakie w tym czasie zdobyłam, pozwoliło na wykonanie założonego w projekcie celu. Oprócz komercyjnego zastosowania, Eco może zostać w najbliższym czasie wykorzystany w celu zaprojektowania opty- malnego systemu pozwalającego na wydajną produkcję enzymów Spl, tym samym dogłębną charakterystykę czynników mogących odgrywać ważną rolę w procesie atakowania naszego organizmu przez tak niebezpieczną bakterię, jaką jest Gronko- wiec złocisty.

(31)

Justyna Steć-Niemczyk [stecjustyna@interia.pl]: Urodziła się 14 sierpnia 1980 roku w Krakowie. Uczęszczała do Liceum Ogólnokształcącego im. Tadeusza Koś- ciuszki w Krzeszowicach. W roku 1999 rozpoczęła studia na kierunku biotechnolo- gia w Instytucie Biologii Molekularnej Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi, który prze- kształcił się w Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ. W 2004 roku ukoń- czyła studia magisterskie i rozpoczęła studia doktoranckie na WBBiB UJ. Obecnie jest na trzecim roku studiów i przygotowuje rozprawę doktorską.

(32)

P o n i t c e d o k ł ę b k a – w p o s z u k i w a n i u n o w y c h a n t y b i o t y k ó w

BENEDYKT WŁADYKA Zakład Biochemii Analitycznej

SŁOWA KLUCZOWE:

gronkowce, enzymy proteolityczne, inhibitor, antybiotyk

Nie zawsze zastosowany antybiotyk przynosi spodziewane efekty. Upraszczając można stwierdzić, że albo antybiotyk nie wyeliminował powodującej chorobę bakterii, albo był „za dobry” i zabił nie tylko bakterie chorobotwórcze, ale i te pożyteczne dla naszego organizmu, na przykład ułatwiające trawienie. Gdy wystąpi ta pierwsza sytuacja i stosowany antybiotyk jest nieskuteczny, sięgamy po następny i z dużą dozą prawdopodobieństwa nasze problemy mijają. Można wyobrazić sobie jednak sytuację, w której nie działa drugi, trzeci czy dziesiąty antybiotyk, a bakteria zakaża- jąca jest naprawdę groźna. Niestety takie przypadki zdarzają się czasami w rzeczy- wistości, co powoduje, że współczesna medycyna staje przed poważnym problemem nieuleczalnych zakażeń bakteryjnych. Wśród tych odpornych na wszystkie dostępne antybiotyki mikroorganizmów są bakterie gronkowca złocistego (Staphylococcus aureus).

Badania prowadzone w ramach realizacji programu „Akademicka Inno- wacyjność dla Małopolski” skupiały się na identyfikacji, a następnie charakte- rystyce czynników zaangażowanych w patogenezę S. aureus, a ich wyniki będą mogły być wykorzystane w przyszłości w poszukiwaniu nowych leków.

Analizy prowadzone były na poziomie molekularnym. Dotyczyły one genów, w których zakodowana jest informacja o czynnikach mogących uczestniczyć w wy- wołaniu choroby, jak również produktów wspomnianych genów, czyli białek, które to są cząsteczkami mającymi wpływ na obserwowalne procesy fizjologiczne. Takie podejście do zagadnienia, skupiające się na poznaniu molekularnych i biochemicznych mechanizmów leżących u podstaw chorobotwórczości gronkowców, wynika z faktu, że dotychczas stosowane, bardziej bezpośrednie metody poszukiwania an- tybiotyków coraz częściej zawodzą. Bez wnikania w szczegóły należy stwierdzić, że w wyniku realizacji projektu uzyskano informacje pozwalające w przyszłości na