Spis rycin

Ryciny 1 i 2 dotyczą Części teoretycznej i są umieszczone w Rozdziale 2.

Rycina 1, strona 17. System Gleasona [16]. Pięć typów histoarchitektonicznych raka prostaty. Typ 1 odpowiada komórkom najbardziej zróżnicowanym, natomiast typ 5 komórkom najmniej zróżnicowanym.

Rycina 2, strona 25. Diagram ilustrujący techniki „omiczne”. Przepływ informacji w organizmie zaczyna się od genów, których liczba wynosi około 3 x 104, a kończy na metabolitach, których liczba jest szacowana na około 8 x 103. Spośród „omik”, metabolomika jest najbardziej związana z fenotypem [42, 47].

Rycina 3 dotyczy Celu i jest umieszczona w Rozdziale 3.

Rycina 3, strona 46. Schemat badań prowadzonych w ramach rozprawy doktorskiej.

Ryciny 4 i 5 dotyczą Części doświadczalnej i są umieszczone w Rozdziale 4.

Rycina 4, strona 51. Przebieg reakcji znakowania przy użyciu odczynnika aTRAQ [150]. Grupa reporterowa ma masę 121 Da w przypadku aminokwasów w próbce biologicznej (zawiera sześć atomów 13C oraz dwa atomy ¹⁵N) i 113 Da w przypadku wzorców wewnętrznych.

Rycina 5, strona 71. Schemat procedury „kanapkowego” testu immunologicznego opartego na kulkach magnetycznych, wykorzystującego technologię Luminex/xMAP i zestaw Bio-Plex [157]. A – kulki magnetyczne z kowalencyjnie związanymi przeciwciałami nakłada się na płytkę 96-dołkową. B – po dodaniu próbki biomarkery wiążą się z przeciwciałami. C – dodane biotynylowane przeciwciała wiążą się z biomarkerami, tworząc strukturę „kanapki”. D – dodana fluorescencyjnie znakowana streptoawidyna łączy się z biotynylowanymi przeciwciałami. E – w cytometrze przepływowym kulki magnetyczne są sortowane i mierzona jest intensywność sygnału

109 znacznika fluorescencyjnego z wykorzystaniem dwóch laserów lub dwóch diod elektroluminescencyjnych.

Ryciny 6-25 dotyczą Wyników i są umieszczone w Rozdziale 5.

Rycina 6, strona 112. Chromatogram wybranej próbki surowicy pacjenta z rakiem prostaty uzyskany w analizie LC-MS/MS aminokwasów.

Rycina 7, strona 112. Chromatogram wybranej próbki moczu pacjenta z rakiem prostaty uzyskany w analizie LC-MS/MS aminokwasów.

Rycina 8, strona 113. Widma fragmentacyjne protonowanych cząsteczek kreatyniny przy różnych wartościach energii kolizyjnej (CE).

Rycina 9, strona 114. Chromatogramy roztworu wzorca kreatyniny o stężeniu 200 ng/ml (A) oraz próbki moczu pacjenta z rakiem prostaty rozcieńczonej 2000-razy o oznaczonym stężeniu kreatyniny 269 ng/ml (B). Oba chromatogramy uzyskano w analizie LC-MS/MS i przedstawiają pierwsze przejścia masowe (ilościowe) kreatyniny (1, tR = 1,93 min) i wzorca wewnętrznego (2, t_R = 2,61 min).

Rycina 10, strona 115. Porównanie wyników pomiarów kreatyniny w 20 próbkach moczu otrzymanych przy wykorzystaniu opracowanej metody LC-MS/MS i laboratoryjnej metody kolorymetrycznej.

Rycina 11, strona 116. Chromatogramy roztworu wzorca kreatyniny oraz 2000-razy rozcieńczonej próbki moczu uzyskane w analizie LC-MS/MS. Q – pierwsze przejście masowe (ilościowe), q – drugie przejście masowe (jakościowe), Q/q – stosunek przejścia masowego ilościowego do jakościowego.

Rycina 12, strona 117. „Widok żelowy” profili peptydowych surowicy otrzymanych w zakresie mas od 1 do 10 kDa dla grupy badanej – pacjentów ze zdiagnozowanym rakiem prostaty (u dołu, kolor czerwony) oraz grupy kontrolnej (u góry, kolor zielony).

Rycina 13, strona 117. „Widok żelowy” profili peptydowych moczu otrzymanych w zakresie mas od 1 do 10 kDa dla grupy badanej – pacjentów ze zdiagnozowanym rakiem prostaty (u dołu, kolor czerwony) oraz grupy kontrolnej (u góry, kolor zielony).

110 Rycina 14, strona 118. Uśrednione widma MS (profile peptydowe) surowicy otrzymane w zakresie mas od 1 do 10 kDa dla grupy badanej – pacjentów ze zdiagnozowanym rakiem prostaty (kolor czerwony) oraz grupy kontrolnej (kolor zielony) (u dołu Ryciny) oraz powiększone fragmenty tych widm w pięciu węższych zakresach mas: A – od 1 do 2 kDa, B – od 2 do 4 kDa, C – od 4 do 6 kDa, D – od 6 do 8 kDa, E – od 8 do 10 kDa.

Rycina 15, strona 119. Uśrednione widma MS (profile peptydowe) moczu otrzymane w zakresie mas od 1 do 10 kDa dla grupy badanej – pacjentów ze zdiagnozowanym rakiem prostaty (kolor czerwony) oraz grupy kontrolnej (kolor zielony) (u dołu Ryciny) oraz powiększone fragmenty tych widm w pięciu węższych zakresach mas: A – od 1 do 2 kDa, B – od 2 do 3 kDa, C – od 3 do 4 kDa, D – od 4 do 6,5 kDa, E – od 6,5 do 10 kDa.

Rycina 16, strona 120. Krzywe ROC dla metioniny i sakrozyny. W nawiasach pod wartościami AUC podano 95 % przedział ufności. Czerwone punkty odpowiadają optymalnym punktom odcięcia, dla których w nawiasie podano wartości swoistości i czułości.

Rycina 17, strona 121. Wykresy pudełkowe (u góry) oraz wykresy jądrowego estymatora gęstości (u dołu) dla stężeń aminokwasów w surowicy przed normalizacją oraz po normalizacji.

Rycina 18, strona 122. Wykresy wektorów odległości pierwszej składowej względem drugiej składowej otrzymane w analizach PLS-DA czterech zbiorów danych (A – stężenia aminokwasów w próbkach surowicy, B – stężenia aminokwasów w próbkach moczu znormalizowane na kreatyninę, C – intensywności peptydów w próbkach surowicy, D – intensywności peptydów w próbkach moczu) dla dwóch analizowanych grup: grupy badanej (n = 49, kolor czerwony) i grupy kontrolnej (n = 40, kolor zielony). W nawiasach podano procent wyjaśnianej zmienności przez poszczególne składowe.

Rycina 19, strona 123. Zmienne o największym znaczeniu w klasyfikacji (najwyższe wartości VIP) w analizie PLS-DA wykorzystującej stężenia aminokwasów w próbkach surowicy. Czerwone i zielone pola po prawej stronie wskazują na to, czy poziomy odpowiedniej zmiennej są wyższe czy niższe w danej grupie.

111 Rycina 20, strona 123. Zmienne o największym znaczeniu w klasyfikacji (najwyższe wartości VIP) w analizie PLS-DA wykorzystującej stężenia aminokwasów w próbkach moczu znormalizowane na kreatyninę. Czerwone i zielone pola po prawej stronie wskazują na to, czy poziomy odpowiedniej zmiennej są wyższe czy niższe w danej grupie.

Rycina 21, strona 124. Zmienne o największym znaczeniu w klasyfikacji (najwyższe wartości VIP) w analizie PLS-DA wykorzystującej intensywności peptydów w próbkach surowicy. Czerwone i zielone pola po prawej stronie wskazują na to, czy poziomy odpowiedniej zmiennej są wyższe czy niższe w danej grupie.

Rycina 22, strona 124. Zmienne o największym znaczeniu w klasyfikacji (najwyższe wartości VIP) w analizie PLS-DA wykorzystującej intensywności peptydów w próbkach moczu. Czerwone i zielone pola po prawej stronie wskazują na to, czy poziomy odpowiedniej zmiennej są wyższe czy niższe w danej grupie.

Rycina 23, strona 125. Wyniki testów permutacji dla stężeń aminokwasów w próbkach surowicy, potwierdzające wiarygodność modelu PLS-DA.

Rycina 24, strona 126. Wykresy wektorów odległości pierwszej składowej względem drugiej składowej otrzymane w analizach PLS-DA czterech zbiorów danych (A – stężenia aminokwasów w próbkach surowicy, B – stężenia aminokwasów w próbkach moczu znormalizowane na kreatyninę, C – intensywności peptydów w próbkach surowicy, D – intensywności peptydów w próbkach moczu) dla trzech analizowanych grup pacjentów z rakiem prostaty: z sześcioma punktami w skali Gleasona (n = 19, kolor czerwony), siedmioma punktami w skali Gleasona (n = 24, kolor zielony) oraz ośmioma lub dziewięcioma punktami w skali Gleasona (n = 6, kolor niebieski). W nawiasach podano procent wyjaśnianej zmienności przez poszczególne składowe.

Rycina 25, strona 127. Krzywe ROC dla modeli składających się z różnej ilości zmiennych wraz z wartościami AUC oraz w nawiasach 95 % przedziałami ufności otrzymane dla czterech zbiorów danych (A – stężenia aminokwasów w próbkach surowicy, B – stężenia aminokwasów w próbkach moczu znormalizowane na kreatyninę, C – intensywności peptydów w próbkach surowicy, D – intensywności peptydów w próbkach moczu).

112 5.2.2. Ryciny

Rycina 6. Chromatogram wybranej próbki surowicy pacjenta z rakiem prostaty uzyskany w analizie LC-MS/MS aminokwasów.

Rycina 7. Chromatogram wybranej próbki moczu pacjenta z rakiem prostaty uzyskany w analizie LC-MS/MS aminokwasów.

XIC of +MRM (74 pairs): 326.100/113.100 amu Expected RT: 2.5 ID: PSer IS from Sample 16 (1168 - I) of 2014.02.13 - Prostata surowica.wiff (Tur... Max. 2.0e4 cps.

1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 7.0 8.0 9.0 10.0 11.0 12.0 13.0 14.0 15.0 16.0 17.0 18.0 Time, min 0.0 5.0e4 1.0e5 1.5e5 2.0e5 2.5e5 3.0e5 3.5e5 4.0e5 4.5e5 5.0e5 5.5e5 6.0e5 6.5e5 7.0e5 7.5e5 8.0e5 8.5e5 9.0e5 9.5e5 In te n s it y , c p s

XIC of +MRM (74 pairs): 326.100/113.100 amu Expected RT: 2.5 ID: PSer IS from Sample 10 (1522 - I) of 2014.02.14 - Prostata mocz.wiff (Turbo ... Max. 1.1e4 cps.

1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 7.0 8.0 9.0 10.0 11.0 12.0 13.0 14.0 15.0 16.0 17.0 18.0 Time, min 0.0 2.0e4 4.0e4 6.0e4 8.0e4 1.0e5 1.2e5 1.4e5 1.6e5 1.8e5 2.0e5 2.2e5 2.4e5 2.6e5 2.8e5 3.0e5 3.2e5 3.4e5 3.6e5 3.8e5 4.0e5 4.2e5 In te n s it y , c p s

113 Rycina 8. Widma fragmentacyjne protonowanych cząsteczek kreatyniny przy różnych wartościach energii kolizyjnej (CE).

114 Rycina 9. Chromatogramy roztworu wzorca kreatyniny o stężeniu 200 ng/ml (A) oraz próbki moczu pacjenta z rakiem prostaty rozcieńczonej 2000-razy o oznaczonym stężeniu kreatyniny 269 ng/ml (B). Oba chromatogramy uzyskano w analizie LC-MS/MS i przedstawiają pierwsze przejścia masowe (ilościowe) kreatyniny (1, t_R = 1,93 min) i wzorca wewnętrznego (2, t_R = 2,61 min).

115 Rycina 10. Porównanie wyników pomiarów kreatyniny w 20 próbkach moczu otrzymanych przy wykorzystaniu opracowanej metody LC-MS/MS i laboratoryjnej metody kolorymetrycznej.

116 Rycina 11. Chromatogramy roztworu wzorca kreatyniny oraz 2000-razy rozcieńczonej próbki moczu uzyskane w analizie LC-MS/MS. Q – pierwsze przejście masowe (ilościowe), q – drugie przejście masowe (jakościowe), Q/q – stosunek przejścia masowego ilościowego do jakościowego.

117 Rycina 12. „Widok żelowy” profili peptydowych surowicy otrzymanych w zakresie mas od 1 do 10 kDa dla grupy badanej – pacjentów ze zdiagnozowanym rakiem prostaty (u dołu, kolor czerwony) oraz grupy kontrolnej (u góry, kolor zielony).

Rycina 13. „Widok żelowy” profili peptydowych moczu otrzymanych w zakresie mas od 1 do 10 kDa dla grupy badanej – pacjentów ze zdiagnozowanym rakiem prostaty (u dołu, kolor czerwony) oraz grupy kontrolnej (u góry, kolor zielony).

118 Rycina 14. Uśrednione widma MS (profile peptydowe) surowicy otrzymane w zakresie mas od 1 do 10 kDa dla grupy badanej – pacjentów ze zdiagnozowanym rakiem prostaty (kolor czerwony) oraz grupy kontrolnej (kolor zielony) (u dołu Ryciny) oraz powiększone fragmenty tych widm w pięciu węższych zakresach mas: A – od 1 do 2 kDa, B – od 2 do 4 kDa, C – od 4 do 6 kDa, D – od 6 do 8 kDa, E – od 8 do 10 kDa.

119 Rycina 15. Uśrednione widma MS (profile peptydowe) moczu otrzymane w zakresie mas od 1 do 10 kDa dla grupy badanej – pacjentów ze zdiagnozowanym rakiem prostaty (kolor czerwony) oraz grupy kontrolnej (kolor zielony) (u dołu Ryciny) oraz powiększone fragmenty tych widm w pięciu węższych zakresach mas: A – od 1 do 2 kDa, B – od 2 do 3 kDa, C – od 3 do 4 kDa, D – od 4 do 6,5 kDa, E – od 6,5 do 10 kDa.

120 Rycina 16. Krzywe ROC dla metioniny i sakrozyny. W nawiasach pod wartościami AUC podano 95 % przedział ufności. Czerwone punkty odpowiadają optymalnym punktom odcięcia, dla których w nawiasie podano wartości swoistości i czułości.

121 Rycina 17. Wykresy pudełkowe (u góry) oraz wykresy jądrowego estymatora gęstości (u dołu) dla stężeń aminokwasów w surowicy przed normalizacją oraz po normalizacji.

122 Rycina 18. Wykresy wektorów odległości pierwszej składowej względem drugiej składowej otrzymane w analizach PLS-DA czterech zbiorów danych (A – stężenia aminokwasów w próbkach surowicy, B – stężenia aminokwasów w próbkach moczu znormalizowane na kreatyninę, C – intensywności peptydów w próbkach surowicy, D – intensywności peptydów w próbkach moczu) dla dwóch analizowanych grup: grupy badanej (n = 49, kolor czerwony) i grupy kontrolnej (n = 40, kolor zielony). W nawiasach podano procent wyjaśnianej zmienności przez poszczególne składowe.

123 Rycina 19. Zmienne o największym znaczeniu w klasyfikacji (najwyższe wartości VIP) w analizie PLS-DA wykorzystującej stężenia aminokwasów w próbkach surowicy. Czerwone i zielone pola po prawej stronie wskazują na to, czy poziomy odpowiedniej zmiennej są wyższe czy niższe w danej grupie.

Rycina 20. Zmienne o największym znaczeniu w klasyfikacji (najwyższe wartości VIP) w analizie PLS-DA wykorzystującej stężenia aminokwasów w próbkach moczu

znormalizowane na kreatyninę. Czerwone i zielone pola po prawej stronie wskazują na to, czy poziomy odpowiedniej zmiennej są wyższe czy niższe w danej grupie.

124 Rycina 21. Zmienne o największym znaczeniu w klasyfikacji (najwyższe wartości VIP) w analizie PLS-DA wykorzystującej intensywności peptydów w próbkach surowicy. Czerwone i zielone pola po prawej stronie wskazują na to, czy poziomy odpowiedniej zmiennej są wyższe czy niższe w danej grupie.

Rycina 22. Zmienne o największym znaczeniu w klasyfikacji (najwyższe wartości VIP) w analizie PLS-DA wykorzystującej intensywności peptydów w próbkach moczu. Czerwone i zielone pola po prawej stronie wskazują na to, czy poziomy odpowiedniej zmiennej są wyższe czy niższe w danej grupie.

125 Rycina 23. Wyniki testów permutacji dla stężeń aminokwasów w próbkach surowicy, potwierdzające wiarygodność modelu PLS-DA.

126 Rycina 24. Wykresy wektorów odległości pierwszej składowej względem drugiej składowej otrzymane w analizach PLS-DA czterech zbiorów danych (A – stężenia aminokwasów w próbkach surowicy, B – stężenia aminokwasów w próbkach moczu znormalizowane na kreatyninę, C – intensywności peptydów w próbkach surowicy, D – intensywności peptydów w próbkach moczu) dla trzech analizowanych grup pacjentów z rakiem prostaty: z sześcioma punktami w skali Gleasona (n = 19, kolor czerwony), siedmioma punktami w skali Gleasona (n = 24, kolor zielony) oraz ośmioma lub dziewięcioma punktami w skali Gleasona (n = 6, kolor niebieski). W nawiasach podano procent wyjaśnianej zmienności przez poszczególne składowe.

127 Rycina 25. Krzywe ROC dla modeli składających się z różnej ilości zmiennych wraz z wartościami AUC oraz w nawiasach 95 % przedziałami ufności otrzymane dla czterech zbiorów danych (A – stężenia aminokwasów w próbkach surowicy, B – stężenia aminokwasów w próbkach moczu znormalizowane na kreatyninę, C – intensywności peptydów w próbkach surowicy, D – intensywności peptydów w próbkach moczu).

128