WYDZIAL NAUK BIOLOGICZNYCH DZIEKANAT ul, Kuznjcza 35 50-138 Wroclaw tel. +48 71 375 29 79 I +48 71 375 22 21 fax +48 71 375 28 95
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Dr hab. Gabriela Bugla-Ptoskohska, prof, nadzw. U W r ZaWad Mikrobiologii I n s t y t u t Genetyki i Mikrobiologii Uniwersytet W r o d a w s k i 17.11.2017 Recenzja r o z p r a w y d o k t o r s k i e j m g r D o m i n i k a M a c i e j a M a t u s i a k a w y k o n a n e j w Pracowni Mikrobiologii Ogolnej Z a k l a d u Biologii Bakterii
Wydziatu Biologii i Ochrony Srodowiska U n i w e r s y t e t u t o d z k i e g o
pt. " P o r o w n a n i e l i p o p o l i s a c h a r y d o w ( L P S ) z f o r m p l a n k t o n i c z n y c h i t w o r z ^ c y c i i biofilm w y b r a n y c h s z c z e p o w Proteus s p p . "
Promotor: prof, d r h a b . A n t o n i Rozalski Promotor pomocniczy: d r Agnieszka Zabtotni
W s p o l c z e s n a m i k r o b i o l o g i a m a p r z e d s o b ^ w i e l e w y z w a n . N i e w ^ t p l i w i e j e d n y m z n i c h j e s t p o z n a n i e s k o m p l i k o w a n y c h z a i e z n o s c i j a k i e s^ u d z i a t e m b a k t e r i i t w o r z ^ c y c h b i o f l l m y . W b a z i e PubMed o d n a j d u j e m y p o n a d t r z y d z i e s c i o s i e m t y s i e c y a r t y k u l o w d o t y c z a c y c h t e m a t y k i b i o f i l m o w , j e d n a k m i m o t a k d u z e j l i c z b y p u b l i k a c j i i n i e u s t a n n e g o r o z w o j u t e c h n i k b i o l o g i i m o l e k u l a r n e j n a s z a w i e d z a w z a k r e s i e b i o l o g i i b i o f i l m o w j e s t ci^gle n i e p e t n a . B a k t e r i e z y j ^ c e w s p o i e c z n o s c i a c h , dzi^ki z j a w i s k u quorum sensing p o t r a f i ^ p r e c y z y j n i e i b a r d z o s z y b k o d o s t o s o w y w a c siQ d o n o w y c h w a r u n k o w , c h a r a k t e r y z u j ^ s i ^ cz^sto d u z ^ p l a s t y c z n o s c i ^ g e n o m o w , a w o p i n i i n i e k t o r y c h b a d a c z y w y k a z u j ^ cech^, k t o r ^ z a c z Q t o o k r e s l a c m i a n e m i n t e i i g e n c j i s p o t e c z n e j b a k t e r i i . W t y m k o n t e k s c i e t e m a t y k a p r z e d s t a w i o n e j d o r e c e n z j i p r a c y d o k t o r s k i e j j e s t w petni z g o d n a z a k t u a l n y m i , w a z n y m i w
m i k r o b i o l o g i i t r e n d a m i b a d a w c z y m i . Proteus mirabilis b^d^cy o b i e k t e m b a d a w c z y m w p r a c y d o k t o r s k i e j , t o b a k t e r i a w y k a z u j ^ c a z d o l n o s c d o w y t w a r z a n i a b i o f i l m u . Paleczki Proteus t o p a t o g e n y o p o r t u n i s t y c z n e o d p o w i e d z i a l n e za w y w o l y w a n i e z a k a z e n r a n , k o s c i , z a p a l e i i s t a w o w , z a p a l e h o p o n m o z g o w o - r d z e n i o w y c h , a t a k z e w y w o l u j ^ c e i n f e k c j e d r o g m o c z o w y c h . W a z n y m c z y n n i k i e m e t i o l o g i c z n y m w t y c h z a k a z e n i a c h j e s t g a t u n e k P. mirabilis. P r z e d s t a w i o n a d o r e c e n z j i p r a c a d o k t o r s k a n a p i s a n a z o s t a l a w j ^ z y k u p o l s k i m i m a u k t a d t y p o w y dia p r a c e k s p e r y m e n t a l n y c h . W p r a c y A u t o r w y r o z n i t t a k i e r o z d z i a l y j a k : w s t ^ p , eel i e t a p y p r a c y , m a t e r i a t y , m e t o d y , w y n i k i , d y s k u s j Q , w n i o s k i , s t r e s z c z e n i e w j ^ z y k u p o l s k i m i a n g i e l s k i m , w y k a z s k r o t o w o r a z p i s m i e n n i c t w o . WstQp j e s t d o b r y m w p r o w a d z e n i e m d o e k s p e r y m e n t a l n e j cz^sci p r a c y . W p o c z ^ t k o w y c h r o z d z i a t a c h p r a c y A u t o r d o k o n u j e c h a r a k t e r y s t y k i b a k t e r i i z r o d z a j u Proteus, poswi^caj^c s z c z e g o l n i e d u z o m i e j s c a o m o w i e n i u c z y n n i k o w w i r u l e n c j i t e j b a k t e r i i . J a k o , ze p r a c a d o k t o r s k a d o t y c z y a n a l i z l i p o p o l i s a c h a r y d o w , D o k t o r a n t s z c z e g o l o w o o m a w i a b u d o w ^ l i p o p o l i s a c h a r y d u ( L P S ) , j e g o w l a s c i w o s c i b i o l o g i c z n e i u d z i a l LPS w s e p s i e . W e w s t e p i e o m o w i o n e z o s t a t y t a k z e e t a p y t w o r z e n i a b i o f i l m u o r a z z j a w i s k o p o r o z u m i e w a n i a SIQ d r o b n o u s t r o j o w j a k i m j e s t quorum sensing. Bior^c p o d u w a g ^ , iz b a k t e r i e z r o d z a j u Proteus m o g ^ b y e p r z y c z y n ^ z a k a z e n u k l a d u m o c z o w e g o w e w s t e p i e z n a l a z i siQ t a k z e r o z d z i a t d o t y c z ^ c y t e g o z a g a d n i e n i a . W e w s t q p i e A u t o r k i l k u k r o t n i e p i s z e , iz LPS j e s t j e d n y m z n a j s i l n i e j s z y c h a k t y w a t o r o w u k t a d u i m m u n o l o g i c z n e g o u s s a k o w . ProszQ p o d c z a s o b r o n y p r a c y d o k t o r s k i e j o s c h a r a k t e r y z o w a n i e j a k p r z e d s t a w i a si^ z a g a d n i e n i e d o t y c z ^ c e p o z i o m u w r a z l i w o s c i s z c z e p o w Proteus na b a k t e r i o b o j c z e d z i a i a n i e u k l a d u d o p e l n i a c z a . A n a l i z a m e r y t o r y c z n a w s t ^ p u p o t w i e r d z a d o b r e t e o r e t y c z n e p r z y g o t o w a n i e D o k t o r a n t a d o p r o w a d z e n i a b a d a n . Cele p o s t a w i o n e w p r a c y s^ p r e c y z y j n i e z d e f i n i o w a n e . G t o w n y m c e l e m p r a c y b y l o p o r o w n a n i e b u d o w y LPS i w p l y w u LPS na w y t w a r z a n i e TNF-o p r z e z k o m o r k i T H P - 1 . LPS b y l i z o l o w a n y z h o d o w l i p l y n n y c h i b i o f i l m o w y c h
p. mirabilis. Z a t o z o n e p r z e z D o k t o r a n t a cele p r a c y z o s t a l y z r e a l i z o w a n e , a o t r z y m a n e w y n i k i p o z w o l l t y na s f o r m u l o w a n i e p o p r a w n y c l i w n i o s k o w . A u t o r r o z p r a w y w u z a s a d n i e n i u w y b o r u t e m a t u p r a c y , p i s z e iz t a k i e b a d a n i a nie byty d o t e j p o r y p r o w a d z o n e , co j e s t z g o d n e z a k t u a l n y m s t a n e m w i e d z y . W bazach d a n y c h nie o d n a j d u j e m y p r a c d o t y c z a c y c h t a k u j Q t e g o z a g a d n i e n i a d o t y c z ^ c e g o b a d a n n a d b i o f i l m a m i t w o r z o n y m i p r z e z p a t e c z k i P. mirabilis. W e k s p e r y m e n t a l n e j czQSCi p r a c y D o k t o r a n t w y k o r z y s t a l k l a s y c z n e m e t o d y m i k r o b i o l o g i c z n e d o t y c z ^ c e h o d o w l i b a k t e r i i , m e t o d y b i o c h e m i c z n e p r z y b a d a n i a c h e n d o t o k s y n y , t e c h n i k i e l e k t r o f o r e t y c z n e , i m m u n o l o g i c z n e o r a z s t a t y s t y c z n e . B a d a n i a p r o w a d z o n e b y t y na k l i n i c z n y c h s z c z e p a c h P. mirabilis ( i z o l a t y z m o c z u o r a z i z o l a t y z r a n ) . Na w y r o z n i e n i e z a s l u g u j e s t w o r z e n i e p r z e z D o k t o r a n t a b i o r e a k t o r a d o h o d o w l i b i o f i l m u , k t o r y p o z w o l i l na u z y s k i w a n i e z d u z ^ w y d a j n o s c i ^ b i o f i l m o w , n i e z b ^ d n y c h d o d a l s z y c h b a d a n . T e n r o z d z i a l p r a c y d o k t o r s k i e j o c e n i a m j a k o d o b r z e p r z y g o t o w a n y . ProszQ D o k t o r a n t a o u s t o s u n k o w a n i e siQ d o n a s t Q p u j ^ c y c h z a g a d n i e n d o t y c z a c y c h t e j cz^sci p r a c y : ^ na j a k i e j p o d s t a w i e u s t a l o n o st^zenia LPS, k t o r y c h u z y w a n o d o s t y m u l a c j i k o m o r e k T H P - 1 ? ^ w m e t o d z i e o c e n y i n t e n s y w n o s c i t w o r z e n i a b i o f i l m u p r z e z w y b r a n e s z c z e p y b a k t e r i i A u t o r p o d a j e , iz b a k t e r i e , i n k u b o w a n o 2 4 l u b 7 2 g o d z i n y , d i a c z e g o w y b r a n o 2 z a k r e s y c z a s o w e h o d o w l i b a k t e r i i ?
^ dIa czQSCi m e t o d p r z e d s t a w i o n y c h w r o z d z i a l e I I I . 2 . nie o d n a j d u j Q z r o d e t l i t e r a t u r o w y c h , d i a c z e g o nie z o s t a l y p o d a n e ? R o z d z i a l p r z e d s t a w i a j ^ c y w y n i k i p r a c y j e s t b o g a t y w w y k r e s y ( r y c i n y ) , t a b e l e , a t a k z e w d o k u m e n t a c j ^ zdjQCiowq.. R o z d z i a l t e n j e s t d o b r z e i p r z e j r z y s c i e n a p i s a n y . U w a z a m , ze u z y s k a n e w y n i k i p o s z e r z a j q . n a s z ^ wiedzQ nie t y i k o w z a k r e s i e b a d a n p o d s t a w o w y c h , a l e t a k z e d a j ^ p o d s t a w y d o p r z y s z l e g o ich w y k o r z y s t a n i a w d o s k o n a l e n i u t e c h n i k e r a d y k a c j i b i o f i l m o w t w o r z o n y c h p r z e z p a l e c z k i Proteus. Z a s z c z e g o l n i e c e n n e u w a z a m u z y s k a n i e d a n y c h w s k a z u j ^ c y c h na t o , ze w t r a k c i e h o d o w l i b a k t e r i i w b i o f i l m i e m o z e d o c h o d z i c d o s y n t e z y d o d a t k o w y c h
o l i g o s a c h a r y d o w w cz^sci r d z e n i o w e j LPS P. mirabilis ( o l i g o s a c h a r y d 2 ) . D r u g a c i e k a w a o b s e r w a c j a w s k a z u j e na t o , iz p o d c z a s w z r o s t u b a k t e r i i w b i o f i l m i e m o z e d o c h o d z i c d o s k r o c e n i a d t u g o s c i l a h c u c h o w 0 - s w o i s t y c h LPS P. mirabilis. I n t e r e s u j ^ c y m b y l o b y w p r z y s z i o s c i p o t w i e r d z e n i e t e j o b s e r w a c j i p o p r z e z w y k o n a n i e b a d a n na w i Q k s z e j liczbie s z c z e p o w . Prosz^ 0 o d p o w i e d z , j a k A u t o r t l u m a c z y p r z e d s t a w i o n e w p r a c y z j a w i s k o i n t e n s y w n i e j s z e g o t w o r z e n i a b i o f i l m u p r z e z d r o b n o u s t r o j e w p o d l o z u u b o g i m w s u b s t a n c j e o d z y w c z e ? D y s k u s j a p o p r o w a d z o n a j e s t w s p o s o b p r a w i d l o w y . M a g i s t e r D o m i n i k M a t u s i a k s y n t e t y c z n i e i p r e c y z y j n i e d y s k u t u j e u z y s k a n e w y n i k i w t a s n e z w y n i k a m i u z y s k i w a n y m i p r z e z i n n y c h a u t o r o w . A u t o r r o z p r a w y c y t u j e 1 8 4 p r a c e n a u k o w e , g t o w n i e a n g l o j Q z y c z n e . Z a k r e s m e r y t o r y c z n y p r a c j e s t a d e k w a t n y d o t e m a t y k i r o z p r a w y . ProszQ o u z a s a d n i e n i e u m i e s z c z e n i a d o p i e r o na k o h c u r o z p r a w y , w r o z d z i a l e d y s k u s j a , R y c i n y 18 p r z e d s t a w i a j ^ c e j p r o p o n o w a n e s t r u k t u r y c h e m i c z n e o l i g o s a c h a r y d o w r d z e n i o w y c h P. mirabilis, t a b e l i 2 1 ( w y k a z f r a k c j i l i p i d o w A P. mirabilis I B - m i P. mirabilis 9 B-M z a o b s e r w o w a n y c h p o d c z a s a n a l i z y M A L D I - T O F ) o r a z r y c i n y 2 0 ( s t r u k t u r y c h e m i c z n e l i p i d o w A P. mirabilis). D i a c z e g o t e d a n e nie z o s t a l y u m i e s z c z o n e w r o z d z i a l e w y n i k i ? W p r a c y z d a r z a si^ A u t o r o w i p o p e t n i a c n i e z r ^ c z n o s c i j ^ z y k o w e i zbQdne z a p o z y c z e n i a , n p . b a r d z i e j p o p r a w n y m o k r e s l e n i e m dIa „srebrzenie z e l u " w y d a j e SIQ b y e „barwienie l i p o p o l i s a c h a r y d u z w y k o r z y s t a n i e m s r e b r a " lub „barwienie zeli e l e k t r o f o r e t y c z n y c h m e t o d y s r e b r o w ^ " . P r a w i d i o w a d e f i n i c j a dIa s k r o t u CFU t o j e d n o s t k a t w o r z ^ c a k o l o n i e , a MAC t o k o m p l e k s a t a k u j ^ c y b t o n ^ . Nie o d n a j d u j ^ t a k z e w w y k a z i e s k r o t o w d e f i n i c j i j a k z e w a z n e g o s k r o t u T H P - 1 . S t r o n a e d y t o r s k a z a s a d n i c z o nie b u d z i z a s t r z e z e h , c h o c w p r a c y p o j a w i a j ^ si^ bt^dy l i t e r o w e czy s t y l i s t y c z n e .
W y n i k i u z y s k a n e p r z e z m g r D o m i n i k a M a c i e j a M a t u s i a k a b y i y p r z e d s t a w i a n e na 5 k o n f e r e n c j a c l i n a u k o w y c l i , a o b e c n i e , j a k w s k a z u j e D o k t o r a n t s^ p r z y g o t o w y w a n e d o d r u k u w c z a s o p i s m i e Medical
Microbiology and Immunology. Praca d o k t o r s k a z o s t a l a w y k o n a n a w
Z a k l a d z i e Biologii B a k t e r i i U n i w e r s y t e t u L o d z k i e g o p o s i a d a j ^ c y m w i e l o l e t n i e d o s w i a d c z e n i e w z a k r e s i e b a d a n n a d c z y n n i k a m i w i r u l e n c j i pateczek z r o d z a j u Proteus. Praca d o k t o r s k a m g r M a c i e j a M a t u s i a k a j e s t n i e w ^ t p l i w i e k o n t y n u a c j ^ o r a z u z u p e l n i e n i e m b a d a n p r o w a d z o n y c h w t e j j e d n o s t c e n a d p a l e c z k a m i Proteus. PragnQ z a z n a c z y c , ze p r z e d s t a w i o n e w n i n i e j s z e j r e c e n z j i u w a g i k r y t y c z n e i p y t a n i a nie u m n i e j s z a j ^ w a r t o s c i n a u k o w e j p r z e d s t a w i o n e j d o r e c e n z j i p r a c y i s^ e l e m e n t e m d y s k u s j i z D o k t o r a n t e m . P o d s u m o w u j ^ c s t w i e r d z a m , iz r o z p r a w a d o k t o r s k a m g r D o m i n i k a Macieja M a t u s i a k a p t . " P o r o w n a n i e l i p o p o l i s a c h a r y d o w ( L P S ) z f o r m p l a n k t o n i c z n y c h i t w o r z ^ c y c h b i o f i l m w y b r a n y c h s z c z e p o w Proteus s p p . " z o s t a l a p r a w i d l o w o p r z y g o t o w a n a i w y k o n a n a , u z y s k a n o w n i e j i n t e r e s u j ^ c e w y n i k i . S t w i e r d z a m iz: " R o z p r a w a d o k t o r s k a s p e l n i a w a r u n k i o k r e s l o n e w a r t . 13 u s t . 1 u s t a w y z d n i a 1 4 m a r c a 2 0 0 3 r. o s t o p n i a c h n a u k o w y c h i t y t u l e n a u k o w y m o r a z o s t o p n i a c h i t y t u l e w z a k r e s i e s z t u k i ( D z . U. N r 6 5 , p o z . 5 9 5 , z p o z n . z m . ) " . Z w r a c a m s\q d o W y s o k i e j R a d y W y d z i a l u Biologii i O c h r o n y S r o d o w i s k a U n i w e r s y t e t u t o d z k i e g o z u p r z e j m ^ p r o s b ^ o d o p u s z c z e n i e m g r D o m i n i k a M a c i e j a M a t u s i a k a d o d a l s z y c h e t a p o w p r z e w o d u d o k t o r s k i e g o .
