KARTA PRZEDMIOTU
Kod przedmiotu 12.6-3LEK-B3.2-M
Nazwa przedmiotu w języku
polskim Mikrobiologia
angielskim Microbiology
1. USYTUOWANIE PRZEDMIOTU W SYSTEMIE STUDIÓW
1.1. Kierunek studiów lekarski
1.2. Forma studiów Stacjonarne/niestacjonarne 1.3. Poziom studiów Jednolite studia magisterskie
1.4. Profil studiów Praktyczny
1.5. Specjalność brak
1.6. Jednostka prowadząca przedmiot Wydział Lekarski i Nauk o Zdrowiu 1.7. Osoba przygotowująca kartę przedmiotu prof. zw. dr hab. Kaca Wiesław 1.8. Osoba odpowiedzialna za przedmiot prof. zw. dr hab. n. med. Robert Bucki
1.9. Osoba prowadząca przedmiot: prof. zw. dr hab. n. med. Robert Bucki, dr Bonita Durnaś, dr Wioletta Adamus-Białek
1.10. Kontakt buckirobert@gmail.com
2. OGÓLNA CHARAKTERYSTYKA PRZEDMIOTU
2.1. Przynależność do modułu Naukowe podstawy medycyny
2.2. Status przedmiotu obowiązkowy
2.3. Język wykładowy Polski
2.4. Semestry, na których realizowany jest przedmiot III/IV; II rok studiów
2.5. Wymagania wstępne Anatomia, Histologia, Fizjologia 3. FORMY, SPOSOBY I METODY PROWADZENIA ZAJĘĆ
3.1. Formy zajęć WYKŁAD : 20 , ĆWICZENIA – 40, LABORATORIA-40 3.2. Sposób realizacji zajęć Wykład /Ćwiczenia/laboratoria - Zajęcia w pomieszczeniach
dydaktycznych UJK
3.3. Sposób zaliczenia zajęć WYKŁAD – E, ĆWICZENIA - Zo
3.4. Metody dydaktyczne Ćwiczenia praktyczne, Wykład konwersatoryjny, dyskusja, 3.5. Wykaz
literatury
podstawowa 1. Mikrobiologia lekarska . Maria Zremba, Jerzy Borowski. PZWL, 2004
2. Mikrobiologia: Murray P.R., Rosenthal K.S., Pfaller M.A.
Wydanie polskie, Elsevier Urban & Partner, Wrocław, 2011.
3. Mikrobiologia lekarska Kayser F.H., Bienz K.A., Eckert J., Zinkernagel R.M. Wydanie polskie, Wydawnictwo Lekarskie PZWL Warszawa, 2006
4. Mikrobiologia lekarska – przewodnik do ćwiczeń dla studentów Wydziału Lekarskiego” pod redakcją: Piotra B. Heczko Wydawnictwo Uniwersytetu Jagiellońskiego, 1999 uzupełniająca 1. „Diagnostyka bakteriologiczna” pod redakcją: Eligia M.
Szewczyk Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2005 2. „Antybiotykoterapia praktyczna” Danuta Dzierżanowsk.
α-medica press, 2009
4. CELE, TREŚCI I EFEKTY KSZTAŁCENIA a. Cele przedmiotu
Mikrobiologia lekarska jest nauką zajmująca się zagadnieniami związanymi z mikroorganizmami, ich morfologią, fizjologią, biochemią oraz interakcjami zachodzącymi między nimi a organizmem człowieka.
Celem przedmiotu jest:
poznanie opisu właściwości biologicznych i klasyfikacji drobnoustrojów,
rozpoznawanie czynników etiologicznych i mechanizmów patogenezy zakażeń wywoływanych przez drobnoustroje,
dobór badań diagnostycznych w zależności od rodzaju schorzenia i zasad diagnostyki mikrobiologicznej i serologicznej,
poznanie zasad pobierania, przechowywania i przesyłania materiału do badań,
nabycie umiejętności i interpretacji wyników badań mikrobiologicznych i serologicznych,
prognozowanie racjonalnej antybiotykoterapii,
poznanie zasad przeprowadzania dezynfekcji i sterylizacji w oparciu o znajomość podstaw epidemiologii chorób zakaźnych – szczególnie w sytuacji zakażeń wewnątrzszpitalnych.
b. Treści programowe
klasyfikacja i ogólna charakterystyka drobnoustrojów
formy i mechanizmy wzajemnego oddziaływania w układzie drobnoustrój-gospodarz
flora fizjologiczna człowieka
etiopatogeneza i epidemiologia zakażeń (drogi przenoszenia)
diagnostyka mikrobiologiczna
terapia empiryczna i celowana
dezynfekcja, sterylizacja i postępowanie aseptyczne
profilaktyka zakażeni
zakażenia szpitalne
Tematyka + Forma (wykłady, ćwiczenia itp…)
Wprowadzenie do mikrobiologii lekarskiej. Klasyfikacja i charakterystyka komórkowych (bakterie, grzyby, protisty) i bezkomórkowych (wirusy, wiroidy, priony) drobnoustrojów. Mikroorganizmy prokariotyczne i eukariotyczne. Wykład
Klasyfikacja bakterii ważnych w medycynie. Budowa i funkcje podstawowych składników i struktur komórek bakteryjnych. Wykład
Metabolizm i genetyka bakterii chorobotwórczych. Wykład Klasyfikacja i charakterystyka bakterii Gram+. Wykład Klasyfikacja i charakterystyka bakterii Gram-. Wykład
Klasyfikacja i charakterystyka bakterii beztlenowych i atypowych. Wykład
Drożdżaki i grzyby pleśniowe : budowa i właściwości biologiczne, klasyfikacja, chorobotwórczość i epidemiologia. Mykotoksyny. Chemioterapeutyki przeciwgrzybicze. Wykład
Przegląd wirusów DNA i RNA chorobotwórczych dla człowieka : charakterystyka, immunopatogeneza, epidemiologia, profilaktyka i terapia przeciwwirusowa. Interferony. HIV i AIDS. Wirusy onkogenne. Wykład
Terapia przeciwdrobnoustrojowa. Przegląd chemioterapeutyków przeciwbakteryjnych, przeciwgrzybiczych i przeciwwirusowych. Prognozowanie racjonalnej chemioterapii w oparciu o znajomość czynników
etiologicznych i ich lekooporności. Wykład
Etiopatogeneza i epidemiologia chorób infekcyjnych (bakteryjne, wirusowe, grzybicze), w tym immunopatogeneza zakażeń oraz czynniki wirulencji związane z inwazją i zapaleniem i/lub działaniem toksycznym (toksyny : egzotoksyny i endotoksyny : LPS, LOS). Wykład
Organizacja zajęć. Zasady BiHP w laboratorium mikrobiologicznym.
Zasady mikroskopowania. Rodzaje Mikroskopów.
Ocena morfologii komórek bakteryjnych w preparatach barwionych. Ćwiczenia
Wprowadzenie do mikrobiologii lekarskiej. Zasady klasyfikacji i krótka charakterystyka drobnoustrojów.
Drobnoustroje prokariotyczne (bakterie): podstawowe i dodatkowe struktury komórki bakteryjnej i ich funkcje.
Morfologia i fizjologia bakterii : metody badań 1. Techniki sporządzania preparatów
2. Techniki barwienia bakterii
2.1. Barwienie metodą Grama i morfologia komórek w mikroskopie świetlnym 3. Barwienia specjalne: metoda Neissera, Dornera, Manevala,
Ziehl – Neelsena i inne. Ćwiczenia
Część teoretyczna: Budowa i biologia komórki bakteryjnej Część praktyczna: Morfologia i fizjologia bakterii : metody badań 1. Zasady hodowli bakterii
1.1. Podłoża do hodowli 1.2. Techniki posiewów
1.3. Morfologia kolonii bakteryjnych i typy wzrostu na podłożach Ćwiczenia KOLOKWIUM 1 : Mikrobiologia ogólna
Część teoretyczna: Wzrost i rozmnażanie bakterii oraz metabolizm bakteryjny. Bakterie mikroaerofilne i beztlenowe: charakterystyka i klasyfikacja oraz chorobotwórczość.
Część praktyczna: Morfologia i fizjologia bakterii: metody badań 4. Zasady hodowli bakterii
4.1. Podłoża do hodowli 4.2. Techniki posiewów
5. Zasady identyfikacji bakterii tlenowych 5.1. Właściwości fizjologiczne (biochemiczne)
6. Morfologia kolonii bakteryjnych i typy wzrostu na podłożach płynnych i półpłynnych
7. Procedury w hodowli i identyfikacji bakterii beztlenowych i mikroaerofilnych Ćwiczenia Część teoretyczna i praktyczna
Charakterystyka bakterii Gram–dodatnich (m.in. Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus i Corynebacterium, Bacillus, Listeria)
- hodowla i identyfikacja drobnoustrojów (testy biochemiczne) Ćwiczenia Część teoretyczna i praktyczna:
Charakterystyka bakterii Gram-ujemnych( m.in. Enterobacteriaceae, Pseudomonas, Neisseria, Haemophilus)
- hodowla i identyfikacja drobnoustrojów (testy biochemiczne) Ćwiczenia
Część teoretyczna: Drożdżaki i grzyby pleśniowe: budowa i właściwości biologiczne, klasyfikacja, chorobotwórczość i epidemiologia.
Przegląd grzybic i ich czynników etiologicznych. Mykotoksyny i mykotoksykozy.
Część praktyczna:
Zasady diagnostyki grzybic
1. Morfologia i fizjologia drożdżaków z rodzajów : Candida, Cryptococcus, Saccharomyces i innych 1.1. Barwione i niebarwione komórki i/lub hodowle
1.2. Podłoża i zasady hodowli 1.3. Morfologia kolonii i/lub hodowli
1.4. Identyfikacja w oparciu o właściwości fenotypowe
2. Morfologia i fizjologia grzybów pleśniowych z rodzajów: Aspergillus, Penicillium i innych Ćwiczenia KOLOKWIUM 2 : Charakterystyka i klasyfikacja drobnoustrojów
Część teoretyczna : Kontrola (nadzór, regulacja) wzrostu drobnoustrojów: chemioterapia i chemioprofilaktyka.
Terapia empiryczna i celowana.
Przegląd chemioterapeutyków przeciwbakteryjnych.
Część praktyczna: Zasady chemioterapii racjonalnej (empirycznej i celowanej) i jej skuteczność terapeutyczna.
1. Metody oznaczania wrażliwości bakterii na chemioterapeutyki (jakościowe, półilościowe, ilościowe) i interpretacja wyników 1.1. Metoda dyfuzyjno-krążkowa
1.2. Metoda Etest (AB Biodisk, Solna, Szwecja)
1.3. Metody rozcieńczeniowe w podłożu stałym, płynnym i/lub półpłynnym 1.3.1. Określenie MIC (μg/mL; mg/L) (Minimum Inhibitory Concentration) 1.3.2. Określenie MBC (μg/mL; mg/L)
1.3.3. Określenie MIC50 i MIC90 oraz innych wartości 1.4. Automaty i półautomaty do oceny lekowrażliwości
1.5. Metody skriningowe oceny wrażliwości
1.5.1. wykorzystanie stężeń krytycznych (tzw. break-points) Ćwiczenia
Część teoretyczna : Chemioterapia i chemioprofilaktyka. Mechanizmy działania, spektrum i skuteczność oraz bakteryjne mechanizmy oporności na antybiotyki.
Charakterystyka i chorobotwórczość ziarniaków Gram-dodatnich.
Część praktyczna: Prognozowanie racjonalnej chemioterapii w oparciu o znajomość czynników etiologicznych i ich lekooporności
1. Metody badania oporności na antybiotyki wśród wybranych gatunków lub grup bakterii
oraz interpretacja wyników i praktyczne znaczenie kliniczne 1.1. Oporność na metycylinę wśród gronkowców : MRSA;
(methicillin-resistant Staphylococcus aureus), MRCNS lub MRCoagNS 1.2. Oporność na penicylinę wśród paciorkowców
(Streptococcus pneumoniae – PRSP; PISP; NSSP) 1.3. Oporność na ampicylinę wśród Haemophilus spp., Neisseria spp., Moraxella catarrhalis, wybranych pałeczek jelitowych i innych (np. Enterococcus spp.)
2. β-laktamazy i metody badań
2.1. β-laktamazy i szczepy alarmowe : ESBL, AmpC – IB(+), inne 3. Oporność na wankomycynę wśród gronkowców (VISA, VRSA, inne) i enterokoków (VRE) i metody badań
4. Oporność typu MLSB (macrolide- lincomycin – streptogramin B) i inne typy oporności (m.in. indukowana) na makrolidy / linkosamidy wśród bakterii Gram-dodatnich oraz metody wykrywania
5. Oporność wysokiego poziomu na aminoglikozydy wśród enterokoków (HLAR) Ćwiczenia
Część teoretyczna i praktyczna: Kontrola (nadzór) wzrostu drobnoustrojów:
1. Aseptyka i antyseptyka
1.1. Zasady postępowania aseptycznego 1.2. Antyseptyki
1.3. Higieniczna i chirurgiczna dezynfekcja rąk oraz ich kontrola 2. Dezynfekcja
2.1. Metody fizyczne i chemiczne 2.2. Stopnie, skuteczność i zastosowanie 2.3. Kontrola dezynfekcji
3. Dekontaminacja wyposażenia i otoczenia 4. Mikrobiologiczna kontrola powierzchni 5. Mikrobiologiczna kontrola powietrza
6. Zasady badania jałowości leków i materiałów medycznych 7. Sterylizacja (wyjaławianie)
7.1. Metody, skuteczność i ich zastosowanie w medycynie 7.2. Kontrola procesów sterylizacji Ćwiczenia
KOLOKWIUM 3 - Chemioterapia przeciwbakteryjna, przeciwgrzybicza i przeciwwirusowa oraz sterylizacja, dezynfekcja, antyseptyka
Część praktyczna i teoretyczna :
1. Organizacja i zasady badań mikrobiologicznych, konstruowania i przekazywania wyników. Zasady pobierania i transportu próbek materiałów od chorych i ze środowiska. Zasady współpracy lekarza i mikrobiologa.
2. Diagnostyka zakażeń bakteryjnych, grzybiczych i wirusowych (metody hodowlane, serologiczne i molekularne) Ćwiczenia
Część teoretyczna i praktyczna:
1. Charakterystyka i chorobotwórczość pałeczek Gram-ujemnych:
Enterobacteriaceae, Pseudomonas, Campylobacter, Helicobacter pylori 2. Uropatogeny i patogeneza zakażeń oraz diagnostyka mikrobiologiczna i immunodiagnostyka (wykrywanie przeciwciał i/lub antygenów) i zasady chemioterapii w zakażeniach dróg moczowych.
Choroby przenoszone drogą płciową.
3. Etiopatogeneza i epidemiologia zakażeń / zatruć pokarmowych
oraz diagnostyka mikrobiologiczna i immunodiagnostyka (m.in. wykrywanie antygenów i/lub przeciwciał), m.in. :Escherichia coli, Salmonella, Shigella,
Yersinia, Campylobacter spp., Helicobacter pylori, Clostridium difficile, Listeria monocytogenes, inne. Ćwiczenia
Charakterystyka czynników etiologicznych w ropnych i aseptycznych zapaleniach opon mózgowo-
rdzeniowych. Charakterystyka i klasyfikacja czynników etiologicznych w typowych i atypowych zapaleniach płuc (wirusy, bakterie, grzyby). Czynniki, patogeneza i epidemiologa zakażeń szpitalnych i pozaszpitalnych dróg oddechowych.
Część praktyczna:
1. Mikrobiologiczna diagnostyka zapaleń opon mózgowo-rdzeniowych:
hodowla i identyfikacja czynników.
2. Mikrobiologiczna diagnostyka zakażeń dróg oddechowych połączona z hodowlą i identyfikacją czynników etiologicznych („typowych”)
3. Procedury (podłoża i techniki specjalne) w hodowli/wykrywaniu bakterii atypowych: mykoplazmy, chlamydie, riketsje, Legionella spp., inne 4. Immunodiagnostyka w atypowych zapaleniach płuc :
zakażenia z udziałem wirusów, Mycoplasma, Chlamydia, Chlamydophila, Legionella, Rickettsia, Coxiella, innych Ćwiczenia
Część teoretyczna: Zakażenia krwi, ropne oraz zakażenia szpitalne
Część praktyczna: Główne czynniki etiologiczne w zakażeniach krwi i w zakażeniach szpitalnych.
- Metody molekularne w diagnostyce zakażeń i w dochodzeniach epidemiologicznych. Ćwiczenia Egzamin praktyczny Ćwiczenia
Efekty kształcenia dla przedmiotu
kod Student, który zaliczył przedmiot
Stopień nasycenia efektu przedmiotowego1
[+] [++] [+++]
Odniesienie do efektów kształcenia
dla kierunku
dla obszaru/
standardu w zakresie WIEDZY:
W01 klasyfikuje drobnoustroje, z uwzględnieniem chorobotwórczych i obecnych we florze fizjologicznej;
+++ C.W12.
W02
zna epidemiologię zarażeń wirusami, bakteriami oraz zakażeń grzybami i pasożytami, z
uwzględnieniem geograficznego zasięgu ich występowania;
+++ C.W13.
W03
zna wpływ abiotycznych i biotycznych (wirusy, bakterie) czynników środowiska na organizm człowieka i popu- lację ludzi oraz drogi ich wnikania do organizmu człowieka; opisuje konsekwencje narażenia organizmu czło- wieka na różne czynniki chemiczne i biologiczne oraz zasady profilaktyki;
+++ C.W14.
W04 zna objawy zakażeń jatrogennych, drogi ich
rozprzestrzeniania się oraz patogeny wywołujące zmiany w poszczególnych narządach;
+++ C.W17.
W05 zna i rozumie podstawy diagnostyki
mikrobiologicznej i parazytologicznej; +++ C.W18.
W06 zna podstawy dezynfekcji, sterylizacji i
postępowania aseptycznego; +++ C.W19.
w zakresie UMIEJĘTNOŚCI:
U01 obsługuje mikroskop optyczny – także w zakresie
korzystania z immersji; ++ A.U1.
U02 ocenia zagrożenia środowiskowe oraz posługuje się
podstawowymi metodami pozwalającymi na wykrycie obecności czynników szkodliwych (biologicznych i chemicznych) w biosferze;
+++ C.U6.
U03 rozpoznaje najczęściej spotykane pasożyty
człowieka na podstawie ich budowy, cykli życiowych oraz objawów chorobowych;
++ C.U7.
U04 przygotowuje preparat i rozpoznaje patogeny pod
mikroskopem; +++ C.U9.
U05 interpretuje wyniki badań mikrobiologicznych; +++ C.U10.
W przypadku uzupełniania stopnia nasycenia efektu przedmiotowego wpisu dokonuje Kierunkowy Zespół ds.
Programów Kształcenia zgodnie z macierzą pokrycia efektów kierunkowych.
c. Kryteria oceny osiągniętych efektów kształcenia
na ocenę 3 na ocenę 3,5 na ocenę 4 na ocenę 4,5 na ocenę 5 wykład
Egzamin pisemny
51%- 60% 61%-70% 71%-80% 81%-90% 91%-100%
Ćw./ćw.prakt./lab.
Zaliczenie pisemne
51%- 60% 61%-70% 71%-80% 81%-90% 91%-100%
Kolokwium/ Dyskusje Od 50%
Opanowanie treści programowych na poziomie
podstawowym, odpowiedzi chaotyczne, konieczne pytania naprowadzające
Od 62,5%
Opanowanie treści programowych na poziomie
podstawowym, odpowiedzi usystematyzowane, wymaga pomocy nauczyciela.
Od 75%
Opanowanie treści programowych na poziomie
podstawowym, odpowiedzi usystematyzowane, samodzielne.
Rozwiązywanie problemów w sytuacjach typowych.
Od 82,5%
Zakres prezentowanej wiedzy wykracza poza poziom podstawowy w oparciu o podane piśmiennictwo uzupełniające.
Rozwiązywanie problemów w sytuacjach nowych i złożonych.
Od 90%
Zakres prezentowanej wiedzy wykracza poza poziom podstawowy w oparciu o samodzielnie zdobyte
naukowe źródła informacji.
Warunki uzyskania zaliczenia przedmiotu:
1. Warunkiem dopuszczenia do egzaminu jest zaliczenie wszystkich ćwiczeń (i pisemnych sprawdzianów) oraz obecność na wszystkich wykładach
2. Na ćwiczeniach obowiązuje znajomość części teoretycznej i praktycznej nie tylko bieżącego ćwiczenia, ale również zagadnień omawianych wcześniej i wiążących się z tematem ćwiczenia
3. Wszyscy studenci będą oceniani na każdym ćwiczeniu.
4. Ocenę, w tym niedostateczną, można poprawiać tylko raz w ciągu 14-stu dni, na kolejno przypadających ćwiczeniach. Poprawa sprawdzianów będzie odbywać się w terminie 2-tygodniowym.
5. Regulamin studiów nie dopuszcza nieobecności nieusprawiedliwionych. Nieobecność usprawiedliwioną można zaliczyć na kolejnym ćwiczeniu
6. Za w/w sprawy organizacyjne odpowiada asystent prowadzący ćwiczenia z daną grupą studentów 7. Egzamin końcowy pisemny
Kryteria oceny ustnej odpowiedzi
1.Udzielenie wyczerpującej temat /zadanie/ odpowiedzi
2.Umiejętność integracji wiedzy z dziedzin / przedmiotów/pokrewnych
3.Samodzielność lub/i kreatywność w prezentacji problematyki, propozycje rozwiązań 4.Prezentacja aktualnej wiedzy związanej z przedmiotem /dziedziną/
5. Rozpoznanie problemów wynikających z zadania Kryteria oceny pisemnej odpowiedzi
1.Zgodność treści z tematem pracy/ zadaniem/
2.Udzielenie odpowiedzi wyczerpującej temat /zadanie/
3.Umiejętność integracji wiedzy z dziedzin / przedmiotów/pokrewnych 4.Samodzielność lub/i kreatywność w prezentacji problematyki
5.Prezentacja aktualnej wiedzy związanej z przedmiotem /dziedziną/, trafny dobór literatury
d. Metody oceny Egzamin
ustny
Egzamin
pisemny Projekt Kolokwium Zadania domowe
Referat
Sprawozdania Dyskusje Inne
X X X
5. BILANS PUNKTÓW ECTS – NAKŁAD PRACY STUDENTA
Kategoria
Obciążenie studenta Studia
stacjonarne
Studia niestacjonarne Udział w zajęciach dydaktycznych określonych w planie studiów (godz.
kontaktowe) 80 80
- Udział w wykładach 20 20
- Udział w ćwiczeniach, konwersatoriach, laboratoriach itp. 60 60 Udział w konsultacjach/ PRAKTYKACH
Przygotowanie do egzaminu/udział w egzaminie, kolokwium zaliczeniowym itp.
Inne
Samodzielna praca studenta (godziny niekontaktowe) 145 145
Przygotowanie do wykładu 20 20
Przygotowanie do ćwiczeń, konwersatorium, laboratorium itp. 100 100
Przygotowanie do egzaminu/kolokwium 25 25
Zebranie materiałów do projektu, kwerenda internetowa Opracowanie prezentacji multimedialnej
Przygotowanie hasła do wikipedii Inne
Łączna liczba godzin 200 200
PUNKTY ECTS za przedmiot 8 8
