STOPNIE I TYTUŁY NAUKOWE UZYSKANE PRZEZ PRACOWNIKÓW KATEDRY stopień doktora habilitowanego - Dariusz Witt (12.02.2010 r.),
V. KATEDRA MIKROBIOLOGII
Kierownik: prof. dr hab. Józef Kur, prof. zw. PG
prof. Satish Raina, profesor wizytujący od 1.03.2010 dr hab. Beata Krawczyk, adiunkt
dr hab. inż. Paweł Sachadyn, adiunkt dr inż. Anna Brillowska-Dąbrowska, adiunkt dr inż. Hubert Cieśliński, adiunkt
dr inż. Lucyna Holec-Gąsior, adiunkt dr Gracjana Klein, asystent, od 1.09.2010 dr inż. Roman Kotłowski, adiunkt dr inż. Marcin Olszewski, adiunkt dr inż. Rafał Piątek, adiunkt dr inż. Marta Wanarska, adiunkt dr Beata Zalewska-Piątek, adiunkt st. tech. Iwona Henke
st. ref. mgr inż. Anna Tyczyńska (½ etatu), od 1.05.2010 st. ref. mgr Anna Wójcikowska
st. ref. Marta Wieczorkowska Doktoranci: mgr inż. Piotr Hildebrandt
mgr inż. Karolina Stojowska mgr inż. Sabina Wilkanowicz mgr inż. Ewa Hildebrandt mgr inż. Marta Nowak mgr inż. Paulina Bartasum mgr inż. Dorota Drapała mgr inż. Michał Banasik
mgr inż. Bartłomiej Ferra, od 1.10.2010 mgr inż. Bartosz Górnikiewicz, od 1.10.2010 mgr inż. Michał Grygorewicz, od 1.10.2010 mgr inż. Justyna Namieśnik, od 1.11.2010 mgr inż. Kasjan Szemiako, od 1.10.2010
Stan kadr na 31.12. 2010 r. / liczba
Profesor zwyczajny 1
Profesor nadzwyczajny 0
Profesor wizytujący 1
Docent 0
Adiunkt 10
Asystent 1
Starszy wykładowca 0
Wykładowca 0
Tytuły i stopnie naukowe / liczba
Profesor 1
Doktor habilitowany 2
Doktor 9
Tematyka prowadzonych badań naukowych:
Obecna działalność naukowo-badawcza związana jest z zagadnieniami związanymi głównie z biologią molekularną, biotechnologią medyczną i przemysłową, wykorzystujących techniki rekombinacji DNA in vitro.
Realizowane badania obejmują cztery grupy tematyczne:
(1) diagnostyka molekularna,
(2) molekularne mechanizmy patogenności mikroorganizmów, (3) metagenomika i organizmy ekstremofilne,
(4) molekularne podstawy regeneracji ssaków.
Katedra Mikrobiologii / Wydział Chemiczny
83
W ramach tematu dotyczącego diagnostyki molekularnej opracowywane i adaptowane są nowe metody molekularne pozwalające genetycznie bądź serologicznie identyfikować i różnicować drobnoustroje. Do typowania genetycznego głównie wykorzystuje się opracowane w katedrze techniki PCR MP, ADSRRS – fingerprinting, LM PCR/Shifter oraz techniki standardowe REA-PFGE i RAPD. Opracowywane są nowe metody oparte na technice PCR do identyfikacji i różnicowania klinicznie ważnych organizmów grzybowych z rodzaju Candida, Trichophyton i Aspergillus.
Opracowywane są nowe narzędzia diagnostyczne do immunodiagnostyki toksoplazmozy z wykorzystaniem antygenów rekombinantowych pasożyta otrzymywanych metodami inżynierii genetycznej i biologii molekularnej, mogących znaleźć zastosowanie w rozpoznawaniu zarażenia T. gondii u ludzi oraz fazy choroby co ma niebagatelne znaczenie kliniczne.
Badania molekularnych mechanizmów patogenności mikroorganizmów dotyczą operonu dra uropatogennych szczepów Escherichia coli oraz wykorzystania zdobytej wiedzy w tym zakresie do projektowania, syntezy i badania nowej klasy związków przeciw-bakteryjnych hamujących proces biogenezy fimbrii, będących czynnikami wirulencji.
Badania w temacie metagenomika i organizmy ekstremofilne dotyczą adaptowanych do zimna β-galaktozydaz oraz enzymów lipolitycznych o dużym potencjale biotechnologicznym; zastosowań genu markerowego rsfp, uzyskanego z metagenomu gleby antarktycznej w technikach biologii molekularnej adaptowanych do zimna organizmów; izolacji i molekularnej charakterystyki plazmidów bakterii psychrofilnych/psychrotrofowych oraz konstrukcji wektorów wahadłowych dla systemów ekspresyjnych do wydajnej produkcji psychrozymów w bakteriach psychrofilnych/
psychrotrofowych; izolacji i charakterystyki białek SSB, RecA i MutS i wykorzystaniem ich jako narzędzia w technikach biologii molekularnej.
Badania dotyczące molekularnych podstaw regeneracji ssaków dotyczyły głównie badań metylacji regionów regulatorowych wybranych genów potencjalnie istotnych w procesie regeneracji.
WYNIKI DZIAŁALNOŚCI NAUKOWEJ
PUBLIKACJE W CZASOPISMACH WYRÓŻNIONYCH PRZEZ JOURNAL CITATION REPORTS Application of recombinant antigens in serodiagnosis of swine toxoplasmosis and prevalence of Toxoplasma gondii infection among pigs in Poland / Holec-Gąsior L., Kur J., Hiszczyńska-Sawicka E., Drapała D., Dominiak-Górski B., Pejsak Z. // Polish Journal of Veterinary Sciences. - Vol. 13, iss. 3 (2010), s. 457-464 JCR 86484 Characterization of exceptionally thermostable single-stranded DNA-binding proteins from Thermotoga maritima and Thermotoga neapolitana / Olszewski M., Grot A., Wojciechowski M., Nowak M., Mickiewicz M., Kur J. // BMC Microbiology. - Vol. 10, iss. 260 (2010), s.
1-10 JCR 87488
Comparison of immune response in sheep immunized with DNA vaccine encoding Toxoplasma gondii GRA7 antigen in different adjuvant formulations / Hiszczyńska-Sawicka E., Li H., Xu J.B., Olędzka G., Kur J., Bickerstaffe R., Stankiewicz M. // Experimental Parasitology. - Vol. 124, iss. 4 (2010), s. 365-372 JCR 84638 Evaluation of a PCR melting profile method for intraspecies differentiation of Trichophyton rubrum and Trichophyton interdigitale / Leibner-Ciszak J., Dobrowolska A., Krawczyk B., Kaszuba A., Stączek P. // Journal of Medical Microbiology. - Vol. 59 (2010), s. 185-192 JCR 84151 Toxoplasma gondii: Recombinant GRA5 antigen for detection of immunoglobulin G antibodies using enzyme-linked immunosorbent assay / Holec-Gąsior L., Kur J. // Experimental Parasitology. - Vol.124, iss. 3 (2010), s. 272-278 JCR 84598 Immunological response of sheep to injections of plasmids encoding Toxoplasma gondii SAG1 and ROP1 genes / Li B., Olędzka G., Mcfarlane R., Spellerberg M., Smith S., Gelder F., Kur J., Stankiewicz M. // Parasite Immunology. - Vol. 32, iss. 9-10 (2010), s. 671-683 JCR 88252 Optimized 5-hour multiplex PCR test for the detection of tinea unguium: performance in a routine PCR laboratory / Brillowska-Dabrowska A., Nielsen S.S., Nielsen H.V., Arendrup M.C. // Medical Mycology. - Vol. 48 (2010), s. 828-831 JCR 85018 Conservation and diversity of MutS proteins / Sachadyn P. // Mutation Research/Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis. - Vol. 694, iss. 1-2 (2010), s. 20-30 JCR 87414 The antitumor derivative, C-1748, affects CYP3A4: crosstalk between drug metabolism, CYP3A4 expression and enzymatic activity / Niemira M., Brillowska-Dąbrowska A., Konopa J., Mazerska Z. // The FEBS Journal. - Vol. 277, suppl. 1 (2010), s. 119 [35th FEBS Congress, Gothenburg, Sweden, 26 June - 1 July 2010.] JCR 86229 1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
The immune responses of sheep after DNA immunization with Toxoplasma gondii MAG1 antigen - with and without co-expression of ovine interleukin 6 / Hiszczyńska-Sawicka E., Akhtar M., Kay G.W., Holec-Gąsior L., Kur J., Stankiewicz M. // Veterinary Immunology and Immunopathology. - Vol. 136, iss. 3-4 (2010), s. 324-329 JCR 88310 The noncanonical disulfide bond as the important stabilizing element of the immunoglobulin fold of the Dr fimbrial DraE subunit / Piątek R., Bruździak P., Wojciechowski M., Zalewska-Piątek B., Kur J. // Biochemistry. - Vol. 49, iss. 7 (2010), s. 1460-1468 JCR 86276 Typing of Candida isolates from patients with invasive infection and concomitant colonization / Brillowska-Dabrowska A., Bergmann O., Jensen I.M., Jarlov J.O., Arendrup M.C. //
Scandinavian Journal of Infectious Diseases. - Vol. 42, no. 2 (2010), s. 109-113 JCR 83613 The DraC ucher in Dr fimbriae biogenesis of uropathogenic E. coli Dr+ strains / Zalewska-Piątek B., Kur M., Wilkanowicz S., Zalewska-Piątek R., Kur J. // Archives of Microbiology. – Vol. 192,
iss. 5 (2010), s. 351-363 JCR 86504
Diagnostic PCR tests for Microsporum audouinii, M. canis and Trichophyton infections / Brillowska-Dąbrowska A., Świerkowska A., Saunte D.M., Arendrup M.C. Medical Mycology.
- Vol. 48, (2010), s. 486-490 JCR 83612
Evaluation of immune responses in sheep induced by DNA immunization with genes encoding GRA1, GRA4, GRA6 and GRA7 antigens of Toxoplasma gondii / Hiszczyńska-Sawicka E., Olędzka G., Holec-Gąsior L., Li H., Xu J.B., Sedcole R., Kur J., Bickerstaffe R., Stankiewicz M. // Veterinary Parasitology. DOI: 10.1016/j.vetpar.2010.11.047. JCR 88452 PUBLIKACJE W INNYCH CZASOPISMACH RECENZOWANYCH KRAJOWYCH I ZAGRANICZNYCH Niemira M., Brillowska-Dąbrowska A., Mazerska Z.: Structure modification of acridine antitumor agents results in changes of enzymatic activity and gene expression of CYP3A4 isoenzyme in HepG2 cells. // Acta Biochimica Polonica. - Vol. 57, suppl. 4 (2010), s. 66 [XLV Annual Meeting of the Polish Biochemical Society, Wisła, Poland, September 20th -23rd,
2010.] JC 86228
Possiblities of application of recombined lysostaphin as an alternative agent in the therapy of Staphylococcus aureus mastitis / Jakubczak A., Szweda P., Kur J., Kleczkowski M., Franowska A. // Advances in Agricultural Sciences. - T. XIII , nr 1 (2010), s. 115-120
AR 87077 Prawidłowe rozpoznanie toksoplazmozy u kobiet ciężarnych — ważność badań diagnostycznych oraz nowe możliwości / Holec-Gąsior L., Lautenbach D., Drapała D., Kur J.
// Forum Medycyny Rodzinnej. - T. 4, nr 4 (2010), s. 255-262 AR 86490 Toxoplasma gondii: Usefulness of ROP1 recombinant antigen in an immunoglobulin G avidity assay for diagnosis of acute toxoplasmosis in humans / Holec-Gąsior L., Drapała D., Lautenbach D., Kur J. // Polish Journal of Microbiology. - Vol. 59, nr 4 (2010), s. 307-310
JC 88468 Wierzbicka A., Kur J.: Identyfikacja i izolacja genu kodującego zaadaptowaną do zimna
β-galaktozydazę Paracoccus sp. = Identification and izolation of the gene encoding cold-active β-galactosidase from paracoccus sp. // Zeszyty Naukowe Uniwersytetu Szczecińskiego, nr 581. - 2010 - (Acta Biologica nr 16) , s. 177-183 AR 86910
WYKAZ PROJEKTÓW BADAWCZYCH Projekty zakończone:
Białka RecA mikroorganizmów z rodzaju Thermus i Deinococcus - produkcja w systemach ekspresji Escherichia coli, charakterystyka biochemiczna oraz badanie możliwości zastosowania w technikach biologii molekularnej, Kierownik: prof. dr hab.
Józef Kur, wykonawcy: dr hab. Beata Krawczyk, dr inż. Marta Wanarska, (Grant N302 067934 własny, umowa nr 0679/B/PO1/2008/34),
Konstrukcja rekombinantowego szczepu drożdży sacchromyces cerevisiae produkującego zewnątrzkomórkowo zaadoptowaną do zimna beta-D-galaktazydazę, zdolnego do wydajnej produkcji etanolu z laktozy zawartej w serwatce, Kierownik: prof.
dr hab.Józef Kur, wykonawcy: mgr inż. Piotr Hildebrandt, (Grant N302 138835 promotorski, umowa 1388/B/PO1/2008/35),
Badania molekularnych podstaw regeneracji myszy MRL-kontynuacja badań rozpoczętych w Filadelfii w Instytucie Wistara, Kierownik: dr inż. Paweł Sachadyn, (Fundacja FNP 11/08 własny),
10.
11.
12.
13.
14.
15.
1.
2.
3.
4.
5.
—
—
—
Katedra Mikrobiologii / Wydział Chemiczny
85
Konstrukcja serologicznych zestawów diagnostycznych do wykrywania oraz różnicowania toksoplazmozy wczesnej i przewlekłej. Kierownik: prof. dr hab. J. Kur, wykonawcy: dr inż. L. Holec-Gąsior, dr inż. E. Hiszczyńska-Sawicka, H. Długońska, P.
Myjak, dr inż. A. Gąsior, J. Gatkowska (Fundacja, umowa nr 15/V/2006).
Projekty realizowane:
Pilicydy jako nowa grupa chemoterapeutyków skierowanych przeciwko uropatogennym szczepom Escherichia coli –projektowanie, synteza oraz badanie spektrum aktywności, Kierownik: dr inż. Rafał Piątek, wykonawcy: dr inż. Marek Wojciechowski, dr Sławomir Makowiec, dr hab. inż. Krystyna Dzierzbicka, mgr inż. Piotr Bruździak (Grant N 401 221834 własny, umowa nr 2218/B/PO1/2008/34),
Opracowanie zestawu do wykrywania oraz identyfikacji zakażeń układowych Candida sp, Kierownik: dr inż. Anna Brillowska-Dąbrowska, wykonawcy: prof. dr hab. Józef Kur, dr hab. Beata Krawczyk, dr inż. Justyna Leibner-Ciszak, dr Alfred Samet (Grant N 401 221934 własny, umowa nr 2219/B/PO1/2008/34),
Opracowanie, optymalizacja i walidacja nowej metody typowania genetycznego drobnoustrojów w oparciu o technikę LM PCR z użyciem enzymów restrykcyjnych klasy IIS, Kierownik: dr hab. B. Krawczyk, wykonawcy: dr inż. Justyna Leibner-Ciszak, mgr inż. Karolina Stojowska (Grant N401 016036 własny, umowa nr 0160/B/P01/2009/36), Białka SSB Thermoanaerobacter tengongensis, charakterystyka molekularna, strukturalna i termodynamiczna oraz ich zastosowanie w technikach biologii molekularnej, Kierownik: prof. dr hab. J. Kur, wykonawcy: dr inż. Marcin Olszewski, (Grant N 302 116636 własny, umowa nr 1166/B/P01/2009/36),
Wykrywanie nieznanych mutacji i zmian permutacyjnych w genomowym DNA przy użyciu białka MutS, Kierownik: dr inż. Paweł Sachadyn, (Grant N302 271837 habilitacyjny, umowa nr 2718/B/PO1/2009/37),
Rola czynników wirulentnych uropatogennych szczepów E.coli Dr+ w formowaniu biofilmu - jako mechanizmu zwiększającego wewnątrzkomórkową trwałość i przeżywalność bakterii w obrębie dróg moczowych, Kierownik: dr Beata Zalewska-Piątek, wykonawcy: mgr inż. Sabina Wilkanowicz, dr inż. Rafał Zalewska-Piątek, mgr inż. Piotr Bruździak, prof. dr hab. Józef Kur (Grant N401 569438 własny, umowa nr 5694/B/P01/2010/38), Poszukiwanie oraz charakterystyka nowych białek MutS o wysokiej specyficzności wobec niesparowanych zasad w DNA. Konstrukcja testu przesiewowego do wykrywania mutacji punktowych, Kierownik: prof. dr hab. Józef Kur, wykonawcy: mgr inż.
Ewa Hildebrandt (Grant N302 6305838 promotorski, umowa nr 6305/B/P01/2010/38), Białko SSB Pseudoalteromonas haloplanktis, charakterystyka molekularna, strukturalna i termodynamiczna oraz badanie możliwości zastosowania w technikach biologii molekularnej, Kierownik: prof. dr hab. Józef Kur, wykonawcy: dr inż. Marcin Olszewski, dr hab. inż. Zbigniew Dauter, mgr inż. Piotr Bruździak, mgr inż. Marta Nowak (Grant N302 439439 własny, umowa nr 4394/B/P01/2010/39),
Metoda LMS PCR jako nowa technika do genetycznego typowania Acinetobacter spp, Kierownik: prof. dr hab. Józef Kur, wykonawcy: mgr inż. Karolina Stojowska (Grant N401 101138 promotorski, umowa nr 1011/B/P01/2010/38),
Awidność przeciwciał IgG z zastosowaniem antygenów rekombinantowych Toxoplasma gonidii jako nowy test diagnostyczny do określania faz toksoplazmozy, Kierownik: dr inż. Lucyna Holec-Gąsior, wykonawcy: prof. dr hab. Józef Kur, mgr inż. Dorota Drapała, mgr inż. Przemysław Myjak, mgr inż. Anna Lass (Grant N302 130438 własny, umowa nr 1304/B/P01/2010/38).
PROMOTORSTWO DOKTORANTÓW Józef Kur, prof. dr hab. (promotor)
Kur Marta, Politechnika Gdańska, Wydział Chemiczny
Werbowy Katarzyna, Politechnika Gdańska, Wydział Chemiczny Mickiewicz Małgorzata, Politechnika Gdańska, Wydział Chemiczny RECENZJE I OPINIE O CHARAKTERZE NAUKOWYM
Józef Kur, prof. dr hab. (promotor)
recenzja pracy doktorskiej, mgr Maciej Łuczkiewicz: Molekularna charakterystyka aktywności enzymatycznych endonukleaz VSR. Uniwersytet Warszawski, Instytut Mikrobiologii.
—
—
—
—
—
—
—
—
—
—
—
——
—
—
recenzja prac habilitacyjnej, dr Katarzyna Baldy-Chudzik: Zróżnicowanie genetyczne komensalnych szczepów Escherichia coli w różnych środowiskach bytowania. Uniwersytet Wrocławski, Wydział Nauk Biologicznych.
recenzja prac habilitacyjnej, dr Beata Tokarz-Deptuła: Immunity phenomena in rabbits infected with the RHD virus (rabbit haemorrhagic disease). Uniwersytet Szczeciński, Wydział Nauk Przyrodniczych.
recenzja prac habilitacyjnej, dr Rafał Gieczyński: Genetyczna struktura populacji i determinanty chorobotwórczości pałeczek Yersinia enterocolitica izolowanych z materiału klinicznego od ludzi w Polsce w latach 1996-2008. Narodowy Instytut Zdrowia Publicznego - Państwowego Zakładu Higieny w Warszawie.
recenzja prac habilitacyjnej, dr Sylwia Jafra: Analiza czynnika degradującego laktony N-acylo-homoseryny, związki o kluczowym znaczeniu w patogenezie bakterii pektynolitycznych. Centralna Komisja ds. Tytułu Naukowego i Stopni Naukowych.
opinia o nadanie tytułu naukowego profesora: dr hab. Ryszard Pado. Centralna Komisja ds.
Tytułu Naukowego i Stopni Naukowych.
recenzja działalności statutowej Centrum Badań Morza PAN w Sopocie - raport etapowy tematu nr IV.3 działalności statutowej za rok 2010 pt. Badanie procesów zachodzących na poziomie molekularnym w organizmach morskich oraz zastosowań biotechnologicznych tych organizmów i pozyskanych z nich elementów. Kierownik tematu: dr hab. Borys Wróbel.
CZŁONKOSTWO Z WYBORU W ORGANIZACJACH NAUKOWYCH I W KOMITETACH REDAKCYJNYCH CZASOPISM NAUKOWYCH Józef Kur, prof. dr hab.
Członek Komitetu Mikrobiologii PAN Członek Komitetu Biotechnologii PAN
Przewodniczący Oddziału Gdańskiego Polskiego Towarzystwa Mikrobiologów Edytor czasopisma Environmental Biotechnology
Członek Zespołu Redakcyjnego Acta Biochimica Polonica Członek Zespołu Redakcyjnego Environmental Biotechnology Członek Zespołu Redakcyjnego Advances in Agricultural Sciences Paweł Sacharyn, dr
Członek Klubu Stypenystów Fundacji na Rzecz Nauki Polskiej (KS-FNP) STOPNIE I TYTUŁY NAUKOWE UZYSKANE PRZEZ PRACOWNIKÓW KATEDRY
Stopień doktora habilitowanego – Paweł Sachadyn WYMIANA MIĘDZYNARODOWA
liczba pracowników naukowych i studentów wyjeżdżających i przyjeżdżających: 2 osoby.