W całym traktacie Marsyliusz kilkukrotnie podkreślał fakt, że pełnia władzy sądowniczej należy do władcy świeckiego, którego zadaniem jest dopilnować, aby poddani przestrzegali prawa, a w sytuacjach jego łamania byli karani. Jednakże heretyk łamie prawa ewangeliczne, nie zaś świeckie. Kto więc powinien osądzać taką osobę?
Przy omawianiu prawa duchownych do nakładania ekskomuniki Padewczyk stwierdził, że karanie heretyków należy do świeckiego prawodawcy. Wyjaśnia dokładniej, iż sędzia świecki sądzi i karze heretyka wyłącznie wówczas, gdy ten łamie prawo świeckie, np. przebywa w miejscu, w którym prawo świeckie mu tego zakazuje. Jeżeli w obowiązującym w danym państwie prawie nie ma takich zastrzeżeń, nie ma też podstaw do osądzania innowierców. Bez względu na wyznanie, w dobrze zorganizowanym państwie poddaje się sądom ludzi jedynie ze względu na złamanie prawa świeckiego:
Jednakże władca nie karze kogoś tylko dlatego, że zgrzeszył przeciw prawu Bożemu.
Istnieje bowiem wiele grzechów śmiertelnych wedle prawa Bożego, na przykład cudzołóstwo, które prawodawca świecki dopuszcza, mimo że wie o nich. Biskup więc czy też kapłan nie może, ani nie powinien wymuszać ich zakazu. Jednakże heretyk grzeszący przeciw prawu Bożemu, który dopuszcza się występku zakazanego także prawem ludzkim, podlega karze na tym świecie w tej mierze, w jakiej zgrzeszył przeciw prawu świeckiemu. Jest to bowiem przyczyna pierwsza i zasadnicza, dla której stosuje się wobec kogoś na tym świecie kary fizyczne (DP, II.10.7).
Żaden duchowny nie ma możliwości dokonania sądu nad heretykiem czy
innowiercą, może jedynie upomnieć i przestrzec przed karą w życiu przyszłym.
Łamiący boskie przykazania i prawa człowiek
będzie ukarany przez Tego, któremu władza taka przysługuje z istoty, mianowicie wtedy, gdy będzie On sprawował swoje sądy. Takim sędzią jest właśnie Chrystus (…) Przez drugiego sędziego, czyli pasterza dusz, to znaczy biskupa czy prezbitera, człowiek ma być pouczany i napominany w tym życiu oraz ostrzegany przed przyszłym sądem, na którym czekać go będzie chwalebna nagroda lub wieczne potępienie, natomiast nigdy nie może być do niczego zmuszany (DP, II.10.2).
Marsyliusz w pierwszej części Obrońcy Pokoju stwierdził, że prawo świeckie jest zbiorem reguł, które ułatwiają życie na ziemi, pomagają w ustaleniu sprawiedliwości i w karaniu niesprawiedliwości. Kapłani troszczą się przede wszystkim o ludzki byt po śmierci, w świecie przyszłym (którego prawo zostało ustanowione przez Chrystusa i dane w Jego naukach), zarazem jednak sami żyją w społeczności regulowanej przez prawo świeckie i dlatego zobowiązani są do jego przestrzegania, jako poddani władcy świeckiego. Pełnienie funkcji duchownych nie daje żadnych ulg w przestrzeganiu prawa świeckiego. Kapłaństwo to jedna z sześciu równorzędnych części składowych państwa. Nie istnieje żaden powód, dla którego duchowni mieliby nie być podporządkowani prawu świeckiemu, ustalonemu i obowiązującemu w danym państwie czy królestwie. Padewczyk pisze, że
każdy więc kapłan czy też biskup przekraczający prawa świeckie powinien być sądzony i karany przez sędziego posiadającego na tym świecie władzę wyposażoną w sankcje przymusu stosowane wobec tych, którzy przekraczają prawa. Takim sędzią jest tu na ziemi władca jako taki (…) Zatem to władca powinien karać wszystkich prezbiterów i biskupów przekraczających prawa ludzkie, przy czym kapłan lub inny sługa świątyni powinien być karany za przekroczenie prawa nie tylko tak, jak człowiek świecki, lecz w sposób o wiele bardziej surowy o tyle, o ile ciężej i nieprzystojniej grzeszy, ponieważ jako człowiek bardziej świadomy i zdolny do wyboru, powinien on lepiej znać przykazania dotyczące tego, co należy czynić i czego trzeba unikać.
Większy jest bowiem grzech tego, kto ma nauczać, niż tego, kto ma być pouczany (DP, II.8.7).
Poprzez podkreśleniem konieczności bardziej surowego karania kapłanów filozof wskazał, że powinni oni (jako duchowi nauczyciele) zachowywać się cnotliwiej i przykładniej od reszty społeczności, w której żyją. Podporządkowanie się prawu świeckiemu zabezpiecza również przed nadużyciami, jakich dopuszcza się współczesne Marsyliuszowi duchowieństwo. Papieże na podstawie swojej (bezzasadnej) władzy wyłączają kapłanów spod jurysdykcji świeckiej i podporządkowują swoim decyzjom, co na dłuższą metę doprowadzić może do całkowitego zaniku władzy świeckiej i do rozpadu państwowości. Aby tego uniknąć,
jurysdykcję nad kapłanami, prezbiterami czy biskupami ma wyłącznie władca świecki, czyli prawodawca. Do jego obowiązków należy ustalenie określonej liczby
duchownych w podległych mu prowincjach, aby zachować równowagę między wszystkimi częściami składowymi państwa – by żaden stan nie był zbyt rozrośnięty i nadmiernie liczebny względem innych. Sam kapłan pełni jedynie funkcję nauczyciela prawa bożego, a z tego tytułu nie należą mu się żadne przywileje.
Osoba duchowna nie ma także prawa zmuszać innych do zachowywania przykazań bożych, ponieważ prawo Ewangelii jest dane ludziom wyłącznie do tego, aby mogli dzięki niemu osiągać życie przyszłe i z tej racji nie nadaje się do zastosowania w życiu doczesnym.
Kto grzeszy przeciw prawu bożemu, musi być ukarany zgodnie z tym prawem, lecz nastąpi to dopiero w życiu przyszłym, do którego odnoszą się boskie przykazania i nauczanie Jezusa. Żaden duchowny, nawet papież, nie posiada władzy karania heretyków w życiu ziemskim; tak samo nie mają prawa do decydowania o przywłaszczeniu majątku osoby skazanej. Uznanie, że księża mogą zagarniać majątek heretyków z tytułu bycia ich sędziami, jest według filozofa błędne i szkodliwe. Możliwość wydania wyroku nakazującego konfiskatę dóbr i majątku skazanego – i to wyłącznie na rzecz konkretnej, wskazanej przez siebie osoby – ma tylko władca (sędzia świecki). Dla Marsyliusza jest rzeczą niedopuszczalną, by decydujący o herezji biskup czy inny kapłan podejmował zarazem decyzję o konfiskacie majątku oskarżonego i przejmował go. Nie można również wychodzić z założenia, że skoro to księża oceniają, czy ktoś jest heretykiem, to należy właśnie im przekazać prawnie zarekwirowany majątek skazanego. Takie konfiskaty, orzekane jako kara w wyroku sądowym, mają być przeznaczone do celów określanych w prawie świeckim. Duchowni jako następcy Jezusa i Jego apostołów nie powinni posiadać bogactw i majątku, ponieważ:
stan ubóstwa i pogarda świata przystoi każdemu człowiekowi doskonałemu, a zwłaszcza uczniowi Chrystusa i Jego następcy w posłudze pasterskiej. Jest on niemal konieczny dla tego, kto ma przekonywać innych do wyrzeczenia się świata, jeśli jego nauka i przepowiadanie mają przynieść owoce. Bowiem ktoś, kto ma pouczać innych o potrzebie wyrzeczenia, a sam posiada bogactwo i zabiega o władzę, ten postępowaniem swoim jawnie zaprzecza własnej nauce (DP, II.11.3).