KARTA PRZEDMIOTU
Kod przedmiotu 12.6-3LEK-B2.4-B
Nazwa przedmiotu w języku
polskim Biochemia
Biochemistry angielskim
1. USYTUOWANIE PRZEDMIOTU W SYSTEMIE STUDIÓW
1.1. Kierunek studiów Lekarski
1.2. Forma studiów Stacjonarne/niestacjonarne
1.3. Poziom studiów Jednolite magisterskie
1.4. Profil studiów Praktyczny
1.5. Specjalność brak
1.6. Jednostka prowadząca przedmiot Wydział Matematyczno-Przyrodniczy 1.7. Osoba przygotowująca kartę przedmiotu dr hab. n. biol. Jan Pałyga, prof. UJK
dr hab. n. biol. Andrzej Kowalski;
dr n. biol. Ewa Tomal
1.8. Osoba odpowiedzialna za przedmiot dr hab. n. biol. Jan Pałyga, prof. UJK 1.9. Osoba prowadząca przedmiot: dr hab. n. biol. Jan Pałyga, prof. UJK
dr hab. n. biol. Andrzej Kowalski;
dr n. biol. Ewa Tomal
1.10. Kontakt jan.palyga@ujk.edu.pl
2. OGÓLNA CHARAKTERYSTYKA PRZEDMIOTU
2.1. Przynależność do modułu Naukowe podstawy medycyny
2.2. Status przedmiotu Obowiązkowy
2.3. Język wykładowy Język polski/angielski 2.4. Semestry, na których realizowany jest
przedmiot
3
2.5. Wymagania wstępne Chemia ogólna i organiczna
3. FORMY, SPOSOBY I METODY PROWADZENIA ZAJĘĆ 3.1. Formy zajęć W – 30 godz., L – 45 godz.
3.2. Sposób realizacji zajęć Zajęcia tradycyjne w pomieszczeniach dydaktycznych UJK 3.3. Sposób zaliczenia zajęć W – Egzamin, L – Zaliczenie z oceną,
3.4. Metody dydaktyczne Wykład problemowy, Ćwiczenia laboratoryjne 3.5. Wykaz
literatury
podstawowa Literatura podstawowa:
1. Murray RK., Granner DK., Rodwell VW. Biochemia Harpera, wyd. 6. Wydawnictwo Lekarskie PZWL, Warszawa 2008.
2. Tymoczko JL, Berg JM, Stryer L. Biochemia – Krótki kurs, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2013.
3. Kłyszejko-Stefanowicz L. Ćwiczenia z biochemii, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2011.
Literatura uzupełniająca:
4. Bańkowski E., Biochemia - Podręcznik dla studentów uczelni medycznych, Urban & Partner, 2009.
5. Koolman J., Röhm K.H., Biochemia - Ilustrowany przewodnik, Wydawnictwo PZWL, Warszawa 2005.
6. Hames D.B., Hooper N.M. Biochemia. Krótkie wykłady, Wyd. trzecie, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2010.
uzupełniająca
4. CELE, TREŚCI I EFEKTY KSZTAŁCENIA
4.1. Cele przedmiotu
C1- Zapoznanie z budową i właściwościami podstawowych klas związków biologicznych występujących w organizmach żywych.
C2- Zapoznanie z podstawami katalizy enzymatycznej oraz procesami przechwytywania i przetwarzania energii w przemianach metabolicznych.
C3- Przedstawienie podstawowych procesów katabolicznych i anabolicznych w komórkach oraz integracji i regulacji procesów metabolicznych.
C4- Kształtowanie umiejętności wykorzystania wiedzy biochemicznej, szczególnie na temat metabolizmu podstawowego oraz kwasów nukleinowych i białek, do poznawania procesów patologicznych oraz terapii zaburzeń biochemicznych w organizmie.
4.2. Treści programowe
Aminokwasy, peptydy i białka - struktura i rola w komórce. Związek między strukturą i funkcją na przykładzie białek globularnych (mioglobina i hemoglobina) oraz białek fibrylarnych (kolagen i elastyna).
Węglowodany: budowa, właściwości i ich funkcja biologiczna. Pochodne monosacharydów: fosforany i inne estry cukrów, kwasy onowe, uronowe, deoksycukry i aminocukry. Glikoproteiny - struktura składników oligosacharydowych białek. Glikozoaminoglikany i proteoglikany.
Kwasy nukleinowe: zasady azotowe, nukleozydy, nukleotydy i polinukleotydy. Struktura i rola biologiczna DNA i podstawowych klas kwasów rybonukleinowych.
Kwasy tłuszczowe i lipidy. Triacyloglicerole - wysokoenergetyczny materiał zapasowy. Tłuszcze błonowe:
fosfolipidy, glikolipidy i cholesterol. Eikozanoidy. Lipidy izoprenowe: steroidy, karotenoidy i inne związki poliprenylowe. Witaminy rozpuszczalne w tłuszczach. Budowa błon biologicznych. Białka błonowe i procesy zachodzące w błonach. Dyfuzja bierna i ułatwiona oraz transport aktywny przez błony.
Biokataliza i enzymy. Podstawy kinetyki reakcji enzymatycznych oraz mechanizmów działania enzymów.
Podział i klasyfikacja enzymów. Koenzymy i ich związek z witaminami oraz rola najważniejszych koenzymów i metali w katalizie enzymatycznej. Regulacja aktywności enzymów: inhibitory i aktywatory enzymów. Enzymy allosteryczne i regulacja ich aktywności. Rybozymy.
Podstawowe szlaki metaboliczne i dynamiczna regulacja przepływu substratów w szlakach
metabolicznych. Katabolizm beztlenowy węglowodanów. Rozkład polisacharydów (skrobia i glikogen) w przewodzie pokarmowym (hydroliza) i w tkankach (fosforoliza). Glikoliza i fosforylacja substratowa.
Regulacja glikolizy.
Utlenianie biologiczne i katabolizm tlenowy węglowodanów. Cykl kwasów trikarboksylowych. Cykl pentozofosforanowy glukozy. Biosynteza węglowodanów: glukoneogeneza i synteza glikogenu.
Przeciwstawna regulacja glukoneogenezy i glikolizy oraz syntezy i rozpadu glikogenu.
Przetwarzanie energii w wyspecjalizowanych błonach biologicznych. Łańcuch transportu elektronów, gradient protonowy, fosforylacja oksydacyjna i synteza ATP w mitochondriach. Mechanizm działania syntazy ATP - obrotowy motor molekularny zasilany energią gradientu protonowego.
Metabolizm lipidów. Rozpad triacylogliceroli w przewodzie pokarmowym i w tkankach. Metabolizm glicerolu. Rozkład i synteza kwasów tłuszczowych. Biosynteza lipidów błon biologicznych. Biosynteza cholesterolu i innych steroidów.
Metabolizm białek i aminokwasów. Transaminacja i deaminacja aminokwasów. Cykl mocznikowy. Losy atomów węgla rozkładanych aminokwasów. Biosynteza aminokwasów z intermediatów powstających w szlakach katabolicznych (glikoliza, szlak pentozofosforanowy i cykl kwasu cytrynowego). Przemiana aminokwasów do amin biogennych i innych związków. Biosynteza i rozpad porfiryn.
Metabolizm kwasów nukleinowych i nukleotydów. Biosynteza pierścienia pirymidynowego i purynowego.
Biosynteza i rozpad nukleotydów pirymidynowych i purynowych. Biosynteza deoksyrybonukleotydów.
Szlak rezerwowy nukleotydów.
Integracja metabolizmu. Współzależności w regulacji podstawowych szlaków metabolicznych (glikoliza, cykl Krebsa, cykl pentozofosforanowy, cykl mocznikowy, przemiana tłuszczów).Hormony i ich rola w regulacji i integracji metabolicznej. Macierz pozakomórkowa.
Profile metaboliczne tkanek w stanie prawidłowym organizmu. Metabolizm podczas głodzenia i cukrzycy oraz metaboliczna odpowiedź na stres. Podstawowe składniki żywności oraz wymagania żywieniowe u człowieka. Metabolizm ksenobiotyków. Wady metabolizmu.
Kopiowanie informacji genetycznej. Replikacja i rearanżacja DNA oraz naprawa uszkodzeń DNA. Genom i podstawowe elementy genomu człowieka. Organizacja włókna DNA w komórce eukariotycznej:
nukleosom, chromatyna, chromosom metafazowy.
Odczytywanie informacji genetycznej. Transkrypcja DNA i potranskrypcyjna modyfikacja RNA. Składanie mRNA z pre-mRNA u eukariontów. Transkryptom i podstawowe metody analizy transkryptomu.
Dekodowanie informacji genetycznej. Kod genetyczny i translacja RNA. Biosynteza białek i ich potranslacyjne modyfikacje. Kierowanie białek. Proteom oraz funkcjonalna różnorodność białek w komórce.
Podstawy regulacji genetycznej w komórkach prokariotycznych i eukariotycznych.
Sprawdzanie wiadomości (wykład) – Trzy okresowe jednorazowe pisemne kolokwia sprawdzające opanowanie przydzielonych partii materiału oraz pisemny egzamin końcowy po uzyskaniu zaliczenia z ćwiczeń laboratoryjnych.
Ćwiczenia laboratoryjne
Zasady bezpiecznej pracy w laboratorium biochemicznym. Podstawowe obliczenia biochemiczne.
Spektrofotometryczne wyznaczanie jednego składnika na podstawie krzywej wzorcowej.
Właściwości aminokwasów i białek. Ilościowe oznaczanie białka. Elektroforeza białka w płytowym żelu poliakryloamidowym.
Właściwości cukrów prostych i złożonych. Badanie właściwości redukujących produktów hydrolizy sacharozy oraz skrobi. Ilościowe oznaczanie glukozy.
Ogólna charakterystyka tłuszczów i steroidów. Zmydlanie tłuszczów i otrzymywanie mydeł, mydła nierozpuszczalne. Ilościowe oznaczanie cholesterolu.
Charakterystyka chemiczna kwasów nukleinowych - wykrywanie produktów hydrolizy DNA. Izolowanie DNA metodą odsalania białek. Elektroforeza produktów trawienia DNA enzymem restrykcyjnym w żelu agarozowym.
Oznaczanie ilościowe kwasów nukleinowych metodami spektrofotometrycznymi. Ilościowe oznaczanie DNA metodą difenyloaminową.
Enzymy - wpływ pH, temperatury, aktywatorów i inhibitorów na ich aktywność. Oznaczanie aktywności enzymów. Enzymy w diagnostyce klinicznej.
Odżywianie i przewód pokarmowy. Biochemia krwi i moczu. Wady metaboliczne.
Sprawdzanie wiadomości - na bieżąco na każdych zajęciach oraz obligatoryjne okresowe kolokwia.
Kolokwium zaliczeniowe.
4.3. Przedmiotowe efekty kształcenia (mała, średnia, duża liczba efektów)
Efekty kształcenia dla przedmiotu
kod Student, który zaliczył przedmiot
Stopień nasycenia efektu przedmiotowego1
[+] [++] [+++]
Odniesienie do efektów kształcenia
dla kierunku
dla obszaru/
standardu
w zakresie WIEDZY:
W01
zna fizykochemiczne i molekularne podstawy
działania narządów zmysłów; ++ B.W7.
W02
zna funkcje nukleotydów w komórce, struktury I- i II-rzędową DNA i RNA oraz strukturę
chromatyny; +++ B.W13.
W03
opisuje podstawowe szlaki kataboliczne i anaboliczne, sposoby ich regulacji oraz wpływ
czynników genetycznych i środowiskowych; +++ B.W15.
W04
zna profile metaboliczne podstawowych narządów
i układów; +++ B.W16.
W05
zna pojęcia: potencjał oksydacyjny organizmu i
stres oksydacyjny; ++ B.W17.
w zakresie UMIEJĘTNOŚCI:
U01
przewiduje kierunek procesów biochemicznych w
zależności od stanu energetycznego komórek; +++ B.U6.
4.4. Kryteria oceny osiągniętych efektów kształcenia dla każdej formy zajęć
1. Zaliczenie wszystkich zajęć laboratoryjnych i uzyskanie pozytywnych ocen z kolokwiów i sprawdzianów praktycznych z biochemii,
2. Stopień opanowania wiedzy i umiejętności praktycznych oraz sposób rozumowania w zakresie biochemii zostaną ocenione na podstawie sprawności w rozwiązywaniu problemów
(ćwiczenia – kolokwia i sprawdziany praktyczne, wykład –pisemne kolokwia i pisemny egzamin końcowy).
na ocenę 3 na ocenę 3,5 na ocenę 4 na ocenę 4,5 na ocenę 5 W – uzyskanie 52-
58% łącznej liczby pkt. możliwych do uzyskania*
Ćw – uzyskanie 52- 58% łącznej liczby pkt. możliwych do uzyskania
uzyskanie 59- 68% łącznej liczby pkt.
możliwych do uzyskania uzyskanie 59- 68% łącznej liczby pkt.
możliwych do uzyskania
uzyskanie 69-77%
łącznej liczby pkt.
możliwych do uzyskania
uzyskanie 69-77%
łącznej liczby pkt.
możliwych do uzyskania
uzyskanie 78-87%
łącznej liczby pkt.
możliwych do uzyskania
uzyskanie 78-87%
łącznej liczby pkt.
możliwych do uzyskania
uzyskanie 88% i więcej łącznej liczby pkt.
możliwych do uzyskania uzyskanie 88% i więcej łącznej liczby pkt.
możliwych do uzyskania 4.5. Metody oceny dla każdej formy zajęć
Egzam in ustny
Egzamin pisemny
Projekt Kolokwiu m
Zadania domowe
Referat Sprawozdan
ia
Dyskusje Inne
W W W
Ćw Ćw Ćw Ćw
5. BILANS PUNKTÓW ECTS – NAKŁAD PRACY STUDENTA
Kategoria Obciążenie studenta
Studia stacjonarne
Studia niestacjonarne LICZBA GODZIN REALIZOWANYCH PRZY BEZPOŚREDNIM
UDZIALE NAUCZYCIELA /GODZINY KONTAKTOWE/
75
Udział w wykładach 30
Udział w ćwiczeniach, konwersatoriach, laboratoriach... itd. 45 Udział w konsultacjach
Udział w egzaminie/kolokwium zaliczeniowym itp.
Inne
SAMODZIELNA PRACA STUDENTA /GODZINY NIEKONTAKTOWE/ 75
Przygotowanie do wykładu 15
Przygotowanie do ćwiczeń, konwersatorium, laboratorium itp. 45
Przygotowanie do egzaminu/kolokwium 20
Zebranie materiałów do projektu, kwerenda internetowa Opracowanie prezentacji multimedialnej
Przygotowanie hasła do wikipedii
Inne Samodzielne przygotowanie przydzielonych zagadnień z podręczników biochemii
ŁĄCZNA LICZBA GODZIN 150
PUNKTY ECTS za przedmiot 6
