Najpoważniejszym był konflikt muzułmanów z wyznawcami hinduizmu. Zapoczątkowany jeszcze w średniowieczu, potem załagodzony, gdy cały sub-kontynent indyjski znalazł się pod panowaniem brytyjskim. W okresie dekoloni-zacji odżył na nowo – nie bez brytyjskiej inspiracji – prowadząc do walk, po-gromów, zamachów terrorystycznych. Hindusi i muzułmanie odmiennie rozu-mieją większość pojęć dotyczących państwa i ojczyzny. Indyjski Kongres Naro-dowy początkowo grupował zarówno hinduistów, jak i muzułmanów, szybko jednak doszło do rozłamu, wyodrębniła się Liga Muzułmańska, początkowo lojalna wobec Brytyjczyków, jednak i ona w 1940 r. opowiedziała się za deko-lonizacją, żądając jednak utworzenia niezależnego państwa islamskiego. Pro-blem polegał na tym, że wobec wymieszania wyznawców obu religii postulaty terytorialne Kongresu i Ligi w dużej części pokrywały się. W 1946 r. Liga pod-jęła tzw. bezpośrednią walkę o Pakistan, toczoną częściowo przeciw Brytyjczy-kom, ale głównie z hinduistami. W wyniku wzajemnych pogromów zginęło około pół miliona osób. Dla załagodzenia sytuacji Wielka Brytania dokonała podziału subkontynentu między wieloreligijne, lecz w większości hinduistyczne Indie oraz muzułmański Pakistan. Formalnie oba państwa powstały z 14 na 15 sierpnia 1947 r. Później wschodnia część Pakistanu oddzieliła się jako Bangla-desz. Granicę wytyczono w sposób sztuczny, nie została zresztą w pełni wyzna-czona, jej przebieg rodził liczne konflikty, zwłaszcza co do losu górskiej pro-wincji Kaszmir. Między obu państwami doszło do kilku poważnych wojen.
Od chwili narodzin państwa trwa w Indiach konflikt między hinduistami a muzułmanami. Ci ostatni są jednak zróżnicowani językowo i kulturowo, nie potrafią się zjednoczyć. Nie istnieją wśród nich ruchy ekstremistyczne, jeśli dochodzi na terenie Indii do akcji terrorystów muzułmańskich, są to wyłącznie działania przybyszy z zewnątrz, najczęściej z Pakistanu. Nie zdarzyło się też, by muzułmanie z Indii brali udział w akcjach terrorystycznych za granicą. Długa wspólnota życia z hinduistami i uczestniczenia w demokratycznych strukturach polityki ogólnokrajowej i lokalnej nauczyła tutejszych muzułmanów tolerancji i szacunku dla osób inaczej myślących. Być może ważne jest też, że w obliczu zróżnicowania językowego muzułmańscy intelektualiści mogą porozumiewać się między sobą głównie po angielsku, co czyni ich otwartymi na nowoczesną kulturę. Największym problemem jest sytuacja w Kaszmirze, gdzie nawet doszło w 1989 r. do wybuchu powstania, krwawo stłumionego. Powstańcy nie byli jednak zgodni, czy ich celem jest przyłączenie do Pakistanu, czy niepodległość. Kraj ten jest w przeważającej części muzułmański, nakładają się tu spory religij-ne i etniczreligij-ne. Nie istnieje wprawdzie naród kaszmirski w europejskim znacze-niu, ale tutejsze plemiona mają silne poczucie tożsamości lokalnej, wykorzysty-wane przez ekstremistów. Dowodem stabilizacji były wybory stanowe przepro-wadzone w Kaszmirze w listopadzie i grudniu 2008 r. Mimo wezwań ekstremi-stów do bojkotu, frekwencja wyniosła 60%, wybory wygrała proindyjska partia muzułmańska Narodowa Konfederacja Dżammu i Kaszmiru. Od sierpnia 2010 r. ponownie nasilają się walki z separatystami.
Hinduiści byli często sprawcami kolejnych konfliktów. Indyjska Partia Ludowa (Bharatija Janata), którą w latach 70. założono jako partię nacjonali-styczną i radykalną w kwestiach religijnych, inspirowała krwawe walki hindu-istów z muzułmanami. W 1992 r. jej zwolennicy zburzyli meczet w miasteczku Ajodhja w północnych Indiach, według nich zbudowany na ruinach świątyni boga Ramy. Akcją dowodził przywódca partii Lal Krishna Advani z ciężarówki przerobionej na rydwan. Taki, z jakiego walczył w hinduskiej mitologii sam Rama. W walkach zginęło ok. 2 tys. osób. Działania ekstremistów dały im coraz lepsze wyniki w kolejnych elekcjach, w 1998 r. Bharatija Janata zdobyła władzę w państwie. Partia ta stopniowo jednak łagodziła stanowisko, po objęciu władzy stała się partią pragmatyczną, dbała przede wszystkim o rozwój gospodarczy, podjęto nawet starania o zawarcie kompromisu z muzułmanami. Nie uzyskano poparcia indyjskich muzułmanów, lecz rozczarowano hinduistów, w konse-kwencji w 2004 r. do władzy wrócił laicki Indyjski Kongres Narodowy.
Mimo, że po podziale udział muzułmanów wśród mieszkańców Indii wy-nosił niewiele ponad 10%, jednak ze względu na ogromną liczbę ludności kraju jest ich więcej niż w Pakistanie, tylko w Indonezji żyją w większej liczbie. Ich udział rośnie wskutek konwersji, w 2009 r. stanowili 12% mieszkańców. Częste konwersje z hinduizmu dotyczą głównie przedstawicieli niższych kast, są szansą na wyrwanie się z kastowego poniżenia. Państwo dąży do szanowania plurali-zmu religijnego, dowodem jest fakt, że od 2002 do 2007 r. prezydentem był
muzułmanin A.P.J. Abdul Kalam, a od 2004 r. premierem był sikh Manmohan Singh. Wskutek gwałtownych żądań muzułmanów przyjęto w 1985 r. zasadę, że w sprawach rodzinnych podlegają oni prawu szariatu, a nie prawu świeckiemu.
Wkrótce po atakach z 11 września 2001 r. doszło do zamachów terrory-stycznych w Indiach, dokonanych przez muzułmańskich terrorystów z Kaszmi-ru. W październiku 2001 r. zaatakowano parlament stanowy Kaszmiru, 13 grud-nia parlament ogólnopaństwowy w New Delhi. Było to odwetem za udział Indii w amerykańskiej inwazji na Afganistan. Ponieważ terroryści przybyli z Pakista-nu, a władze Indii podejrzewały, że za zgodą jego władz, o mało nie doszło do wojny między obu państwami.
Od 26 do 29 listopada 2008 r. nastąpiła seria ataków w Mumbaju (dawny Bombaj), dokonanych przez organizację Laszkar-e-Toiba z pakistańskiej części Kaszmiru. Władze Indii podejrzewały, że dokonano go z inspiracji tajnych służb Pakistanu, lecz nie udało się tego udowodnić. Zginęło co najmniej 195 osób, a ponad trzysta było rannych. Terroryści dotarli do miasta morzem od strony Pakistanu. Zaatakowali dworzec kolejowy, strzelając do pasażerów, krążyli po mieście strzelając z samochodów do przechodniów. Najważniejszy był atak na hotele Taj Mahal i Oberoi Trident, o które walki trwały trzy dni oraz na centrum kultury żydowskiej. Terrorystów w większości zabito, jeden został złapany. Po ataku stosunki z Pakistanem uległy zaostrzeniu, lecz w czerwcu 2010 r. podjęto rozmowy na temat wspólnego zwalczania terroryzmu, zarówno bilateralne, jak i na szerszym forum.
Były też zupełnie inne konflikty. Indie wmieszały się w walkę pomiędzy Tamilami (wyznającymi hinduizm) a Syngalezami (buddystami) w Sri Lance (Cejlonie). Tamilowie byli dyskryminowani, w 1983 r. wszczęli powstanie prze-ciw rządzącym Syngalezom. W 1987 r. armia indyjska udzieliła pomocy w wal-ce z Tamilami. 21 maja 1991 r. premier Indii Rajiv Gandhi został zamordowany przez tamilską terrorystkę Thenmozhi Rajaratman. Bomba zabiła też sprawczy-nię zamachu i 14 innych osób. Zamach zorganizowało ugrupowanie Tamilskich Tygrysów, by zemścić się za indyjską interwencję wojskową.
Doszło też do wojny domowej z sikhami (jest to sekta religijna łącząca elementy hinduizmu oraz islamu), którzy próbowali zbudować własne państwo – Khalistan (Państwo Czystych), a w walce stosowali m.in. metody terrorystyczne. Khalistan jako odrębne państwo istniał w latach 1799-1849, po czym został włą-czony do brytyjskich Indii, a po uzyskaniu przez nie niepodległości w 1947 r. większa część jego dawnego obszaru znalazła się w Indiach. W 1978 r. sikhijscy ekstremiści założyli organizację Babbar Khalsa, która podjęła walkę o niepodle-głość. Od 1980 r. sikhowie dokonywali licznych mordów na hinduistach i poli-cjantach indyjskich. W 1984 r. grupa terrorystów sikhijskich zabarykadowała się w najświętszym miejscu tej sekty – w Złotej Świątyni w Amritsarze, wraz z licz-nymi przebywającymi tam pielgrzymami, których potraktowano jako nieformal-nych zakładników. 5-6 czerwca armia przeprowadziła szturm, zabijając wszyst-kich terrorystów, kilkuset pielgrzymów i poważnie uszkadzając samą świątynię.
1 października 1984 r. w odwet za zbezczeszczenie świętego miejsca dwóch sikhów z osobistej ochrony premier Indiry Gandhi zastrzeliło ją. Dzień przed śmiercią mówiła na wiecu: „Dziś jestem tutaj. Jutro może mnie nie być. […] Nikt nie wie, jak wiele było prób zastrzelenia mnie […] ja nie dbam o to, czy będę żyć czy umrę. Przeżyłam długie życie w służbie moich ludzi […] kiedy umrę, mogę powiedzieć, że każda kropla mojej krwi odżywi i wzmocni Indie”46. W odpowiedzi na zamach wybuchły zamieszki przeciw sikhom, około pięć ty-sięcy osób straciło życie, policja nie przeszkadzała mordercom.
Przeprowadzono też kilka nieudanych zamachów na indyjskiego dowódcę kierującego szturmem na świątynię w Amritsarze, generała Kuldeepa Singha Brara.