Prezentowany poniżej schemat podziału nie ma pretensji, aby uchodzić za typologię baz danych z zakresu medycyny i nauk pokrewnych, ma raczej charakter reprezentatywny.
Pokazuje on na przykładach różnorodność tematyczną istniejących baz.
Uwaga
Obok nazwy każdej z baz jest umieszczona informacja o rodzaju dostępu do każdej z nich: [FB, fee based] oznacza dostęp płatny, a [OA, Open Access] wolny dostęp.
126 Moduł 2: Źródła informacji i wyszukiwanie
Bibliograficzne bazy danych (o wszechstronnym i szerokim zakresie) przykłady
Medline – PubMed [OA] Baza Medline indeksuje zawartość czasopism naukowych z za-kresu biomedycyny i zdrowia wydawanych na całym świecie. Jest wydawana przez U.S. National Library of Medicine (NLM) i do-stępna na całym świecie na platformie NLM, jako podstawowy komponent serwisu PubMed. Medline jest również dostępna na platformach komercyjnych wydawców, takich jak EBSCO, ProQu-est lub OVID (wtedy odpłatnie).
EMBASE [FB] Indeksuje olbrzymią liczbę czasopism z zakresu medycyny i nauk pokrewnych, także czasopisma poświęcone farmacji i farmakolo-gii, które nie są indeksowane przez MEDLINE. EMBASE jest szczególnie pomocna w wyszukiwaniu informacji o lekach.
CINAHL – Cumulative In-dex of Nursing and Allied Health Literature [FB]
Indeksuje czasopisma z zakresu pielęgniarstwa, fizjoterapii, me-dycyny pracy, technologii laboratoryjnej, edukacji zdrowotnej i in-nych nauk pokrewin-nych. Zakres tematyczny bazy dain-nych obejmuje opiekę nad pacjentem, promocję zdrowia, problematykę dotyczącą pracowników opieki zdrowotnej, edukacji zdrowotnej, rehabilitacji i itp.
British Nursing Index [FB] Baza danych z zakresu pielęgniarstwa i położnictwa, indeksująca 220 czasopism brytyjskich i innych anglojęzycznych.
SveMed+ [FB] Szwedzka baza danych z zakresu medycyny i opieki zdrowotnej indeksująca skandynawskie czasopisma. Baza zawiera tezaurus terminów MeSH w języku szwedzkim i angielskim.
Polska Bibliografia Lekar-ska (Polish Medical bi-bliography) [FB]
Polska baza danych z zakresu medycyny i opieki zdrowotnej in-deksująca czasopisma, prace doktorskie, materiały konferencyjne i zjazdowe oraz rozdziały książek. Stosuje polską wersję tezau-rusa MeSH.
Bazy danych przydatne dla praktyki medycznej opartej na dowodach (ang. EBM) przykłady
The Cochrane Library Składa się z sześciu baz danych, które zawierają różnego ty-pu wysokiej jakości wiarygodne, oparte na dowodach naukowych, informacje pomocne w podejmowaniu decyzji w opiece zdrowotnej.
Siódma baza danych zawiera informacje o grupach badawczych The Cochrane Library. Niektóre z tych baz (DARE< NHS EED oraz HTAD) są odstępne bezpłatnie na stronach WWW York Cen-tre for Reviews and Dissemination (Wlk. Brytania).
• Cochrane Database of Systematic Re-views (FB)
Zawiera regularnie uaktualniane pełnotekstowe systematyczne przeglądy badań (ang. systematic reviews) dotyczące efektów in-terwencji medycznych w opiece zdrowotnej. Baza zawiera także informacje o przeglądach, które są dopiero sporządzane (proto-cols).
2.2. Bazy danych i wyszukiwanie 127
• Database of Abs-tracts of Reviews of Effects (Other Re-views) (OA)
Zawiera ustrukturyzowane streszczenia systematycznych prze-glądów badań dotyczących efektywności postępowania w ochro-nie zdrowia. http://www.crd.york.ac.uk/crdweb/
• Cochrane Cen-tral Register of Controlled Trials
Jest bibliograficzną bazą zawierającą raporty z medycznych badań kontrolowanych.
• Cochrane Metho-dology Register (Methods Studies)
Jest bibliografią zawierającą publikacje, których tematem są me-tody stosowane w prowadzaniu badań, a także sporządzaniu sys-tematycznych przeglądów.
• Health Technology Assessment Data-base (OA)
Zawiera ustrukturyzowane streszczenia analiz nazywanych oce-nami technologii medycznych (health technology assessments).
Analizy te dotyczą medycznych, społecznych i ekonomicznych skutków technologii i procedur stosowanych w ochronie zdrowia.
http://www.crd.york.ac.uk/crdweb/
• NHS Economic Evaluation Data-base (OA)
Zawiera ponad 5000 ustrukturyzowanych streszczeń opracowań zawierających analizy ekonomiczne postępowania w ochronie zdrowia.
http://www.crd.york.ac.uk/crdweb/
• About The Cochra-ne Collaboration (Cochrane Groups)
Zawiera informacje o Cochrane Groups, Fields i Networks (tj. ich pochodzenie, cele i działalność, zakres i tematy podjętych badań, strukturę organizacyjną etc.).
Evidence-based Resour-ces from the Joanna Briggs Institute(ProQuest) [FB]
Zawiera systematyczne przeglądy, streszczenia podsumowujące informacje oparte na dowodach naukowych (ang. Evidence sum-maries) i informatory dot. najlepszej praktyki (ang.best practice) dla pielęgniarek i dla osób pracujących w innych pokrewnych zawodach.
UptoDate [FB] Udostępnia około 4500 prac przeglądowych dotyczących opieki zdrowotnej wobec dorosłych i dzieci. Każdy z opracowanych te-matów posiada sekcję „Rekomendacje”, która zawiera specjalne kliniczne wskazówki dotyczące diagnozy i leczenia. Baza oferuje linki do rekordów PubMed, informacji o lekach i źródeł informacji przeznaczonych dla pacjenta.
Medical Evidence Matters [FB]
Baza zawiera dane wyodrębnione z publikacji naukowych doty-czące wyników metod leczenia. Dane te mogą być zestawiane.
Od zestawień danych prowadzą linki do publikacji z których da-ne pochodzą.
Dynamed [FB] Podobnie jak Medical Evidence Matters jest podręcznym źró-dłem informacji dla lekarzy, przeznaczonym do szybkiej konsul-tacji w miejscu pracy, zestawiającym wyniki badań naukowych.
128 Moduł 2: Źródła informacji i wyszukiwanie
Clinical Trials Registries Database [FA]
Zawiera listy z informacją o ukończonych i trwających badaniach klinicznych, które nie są opublikowane w czasopismach medycz-nych. http://ssrc.tums.ac.ir/SystematicReview/Searching.asp).
Interdyscyplinarne bazy danych przykłady
Web of Science [FB] Platforma dostępu do 6 baz publikacji i tysięcy czasopism nauko-wych z różnych dziedzin wiedzy.
Zawiera Science Citations Index, który podaje liczbę cytowań każdego artykułu opublikowanego w czasopiśmie indeksowanym w tej bazie danych. Jest to pomocne narzędzie stosowane w biblio-metrii do mierzenia dokonań naukowych indywidualnych autorów oraz jakości czasopism i dystrybucji publikacji.
Scopus [FB] Indeksuje 15000 czasopism wydawanych przez 4000 wydawców, w tym 5300 czasopism z zakresu medycyny i opieki zdrowotnej.
Scopus zawiera również opisy patentów.
Statystyczne bazy danych przykłady
OECD Health Data [FB] Jest źródłem danych statystycznych dotyczących systemów opieki zdrowotnej krajów członkowskich OECD. Baza jest podstawowym narzędziem służącym do przeprowadzania analiz porównawczych i formułowania wniosków, wynikających z porównań różnych na-rodowych systemów opieki zdrowotnej.
European Health for All (HFO-DB) [OA]
Zawiera podstawowe dane statystyczne dotyczące opieki zdro-wotnej w krajach europejskich publikowane przez WHO, http://data.euro.who.int/hfadb/
Eurostat – Health [OA] Składa się z dwóch baz danych: Public health databa-se i Health and safety at work databadataba-se, http://epp.euro-stat.ec.europa.eu/portal/page/portal/health/introduction
Surveillance
Epidemiology and End Results (SEER) [OA]
Udostępnia statystyczne dane dotyczące raka zbierane i pu-blikowane przez National Cancer Institute w Stanach Zjednoczo-nych.
WHO Statistical Informa-tion System (WHOSIS) [OA]
Interaktywna baza danych, która udostępnia podstawowe dane statystyczne (zawierające ponad 70 indykatorów) wszystkich członkowskich krajów stowarzyszonych w WHO, www.who.int/whosis/en/.
Bazy danych o lekach przykłady
Micromedex [FB] Umożliwia dostęp do źródeł informacji o lekach obejmujących DRUGDEX, POISINDEX, Martindale, Extra Pharmacopoeia, In-dex Nominum i Physicinian’s Desk Reference. Baza zawiera infor-macje o interakcji leków, kalkulator dozowania i listy diagnostyki różnicowej.
2.2. Bazy danych i wyszukiwanie 129 Martindale [FB] Udostępnia informacje o lekach stosowanych na całym świecie.
Zawiera krótkie monografie o lekach, ich sporządzaniu, piśmien-nictwo dotyczące poszczególnych leków, informacje o producen-tach i streszczenia dotyczące chorób, substancji pomocniczych, toksyn i trucizn.
Chemical Abstracts – Sci-Finders [FB]
Zawiera ponad 20 milionów rekordów bibliograficznych światowej literatury z dziedziny chemii i jej zastosowań od roku 1967 do chwili obecnej.
TOXLINE [FB] Jest zbiorem baz danych udostępnianych przez TOXNET: Toxico-logy Data Network (NLM). Ta bibliograficzna baza danych za-wiera informacje o publikacjach dotyczących biochemicznych, far-makologicznych, fizjologicznych i toksykologicznych działań le-ków oraz innych substancji chemicznych, od roku 1965 do chwili obecnej. TOXLINE zawiera 3 miliony rekordów, prawie wszystkie z abstraktami i/albo terminami tezaurusa i CAS Registry Num-bers.
http://toxnet.nlm.nih.gov/cgi-bin/sis/htmlgen?TOXLINE Bazy danych produktów farmaceutycznych przykłady
Drugs@FDA [OA] Zawiera informacje o lekach na recepty i tych wydawanych bez recept oraz preparatach obecnie dopuszczonych do sprze-daży w Stanach Zjednoczonych. Umożliwia wyszukiwanie in-formacji o lekach przez ich nazwy handlowe i generyczne.
Baza danych jest publikowana i udostępniana przez FDA.
http://www.accessdata.fda.gov/scripts/cder/drugsatfda/.
Drug Product Database [OA]
Baza danych produktów farmaceutycznych udostępniana na stro-nie internetowej Ministerstwa Zdrowia Kanady HealthCanada.
Zawiera leki wydawane na recepty i dostępne w wolnej sprze-daży, produkty dezynfekcyjne i sanitarne. www.hc-sc.gc.ca/dhp-mps/prodpharma/databasdon/index-eng.php
Bazy danych zarejestrowanych patentów leków przykłady
Drug Patent Register [FA] Udostępniony przez HealthCanada pod adresem www.patentregister.ca/. Patent Register jest alfabetyczną listą produktów lekowych i ich opisów patentowych, z datą ważności i innymi istotnymi informacjami zgodnymi z rządowymi zasadami Patented Medicines Regulations Kanady.
Specjalistyczne bazy danych przykłady
CEPH Genotype Databa-se [OA]
Baza danych zawierająca genotypy genetycznych markerów, które mogą być użyte jako punkt odniesienia przy mapowaniu innych genów znajdujących się w CEPH. http://www.cephb.fr/en/cephdb/
PEDro – Physiotherapy Evidence Database [OA]
Zawiera ponad 16000 randomizowanych badań, systematycznych przeglądów i wytycznych praktyki klinicznej w dziedzinie fizjote-rapii. http://www.pedro.org.au
130 Moduł 2: Źródła informacji i wyszukiwanie
Manual Alternative and Natural Therapy Index System (MANTIS) [FB]
Baza umożliwia dostęp do ponad 1000 tytułów „peer-reviewed” czasopism z zakresu medycyny alternatywnej.
http://www.healthindex.com/Start.aspx
Bazy danych zawierające atlasy medyczne przykłady
Visible Human [OA] Baza ta zawiera kompletne, trójwymiarowe obrazy anatomicz-ne ciała ludzkiego obu płci. Jest udostępniana przez Natio-nal Library of Medicine (wymaga rejestracji). www.nlm.nih.gov-/research/visible/visible human.html
Atlas of Dermatology [OA] Atlas dermatologiczny udostępniany przez Loyola Univer-sity Medical Center. www.meddean.luc.edu/Lumen/MedEd-/medicine/dermatology/melton/atlas.htm
Pathology Atlas of Gross and Microscopic Images [OA]
Udostępniany przez Columbia University. cpmcnet.columbia.edu-/dept/curricpathology/pathology/pathology/pathoatlas/index.html Interactive Radiology
Atlas [OA]
Udostępniany przez SUNY Downstate Medical Center.
http://ect.downstate.edu/courseware/rad-atlas/
Listę wybranych, dostępnych w Internecie, baz danych, zawierających atlasy, można znaleźć w książce Hersha (Hersh, 2009, 146).
Bazy danych zawierające tzw. „szarą literaturę” przykłady
BIREME Databases [OA] Udostępnia medyczną literaturę czasopiśmienniczą w języku por-tugalskim i hiszpańskim, która nie jest indeksowana przez in-ne źródła. Jest wydawana przez Regional Library of Medici-ne (BIREME akronim w języku portugalskim), wyspecjali-zowane centrum współpracy technologicznej dotyczącej nauko-wej informacji medycznej w ramach Pan American Health Or-ganization World Health OrOr-ganization (PAHO/WHO). regio-nal.bvsalud.org/php/index.php?lang=en.
Dissertation Abstracts Online [FB]
Przewodnik umożliwiający odszukanie prawie każdej amerykań-skiej pracy doktoramerykań-skiej z dziedziny medycyny i opieki zdrowotnej od 1861 roku. Dodatkowo zawiera bibliograficzne dane do dyser-tacji z 50 brytyjskich uniwersytetów. Jest wydawana przez Dialog LCC.
Health
Servi-ces/Technology As-sessment Text (HSTAT) [OA]
Elektroniczne źródło pełnotekstowych dokumentów, udo-stępniające informacje dotyczące zdrowia i umożliwiają-ce podejmowanie decyzji osobom zarządzającym syste-mem opieki zdrowotnej. Baza jest publikowana przez NLM.
www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=hstatcollect Bazy książek przykłady
Baza Książki Polskiej Jedna z baz Biblioteki Narodowej umożliwiająca wyszukanie ksią-żek rejestrowanych przez BN.
2.2. Bazy danych i wyszukiwanie 131 Books in Print [FB] Baza danych zawierająca listę wszystkich książek, będących
w sprzedaży stworzona przez R.R. Bowker. www.booksinprint.com Barnes & Noble [OA] Główna księgarnia w Stanach Zjednoczonych. www.bn.com/
Electronic books – free ac-cess [OA]
Karolinska Institut Library udostępnia linki do se-tek elektronicznych książek naukowych i medycznych.
http://ki.se/ki/jsp/polopoly.jsp?d=18616&a=47721&l=en
Wszechstronnym źródłem informacji na temat istniejących komercyjnych baz danych ze wszystkich dziedzin jest Gale Directory of Databases: Gale Research Inc. Innym źródłem informacji o bazach danych są katalogi poszczególnych wydawców lub strony bibliotek zawierające listę baz danych subskrybowanych i w wolnym dostępie.
Piśmiennictwo
Barillot, M.J., Sarrut, B. and Doreau, C.G. (1997) Evaluation of drug interaction document citations in nine on-line bibliographic databases, The Annals of Pharmacotherapy [Serial Online], 31 (1), 45–49.
Bobb, R.E. and Smith, L.C. (1991) Reference and information services: an introduction, Libraries Unlimited, INC.
Hersh, W. (2009) Information retrieval: a health and biomedical perspective, 3rd edn, Springer Science +Business Media, LLC.
Haynes, B.R. et al. (1994) Developing optimal strategies for clinically sound studies in MEDLINE, JAMIA [serial online], (1), 447–458.
Higgins, J., Green, S., et al. (2006) Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions, England, Cochrane Collaboration,
www.cochrane.org.resources/handbook/Handbook4.2.6Sep2006.pdf.
Lefebvre, C., Eisinga, A., McDonald, S. et al. (2008) Enhancing access to reports of randomized trials published world-wide the contribution of EMBASE records to the Cochrane Cen-tral Register of Controlled Trials (CENTRAL) in The Cochrane Library, Emerging Themes in Epidemiology [serial online], (5), 13.
McKibbon, A., Eady, A. and Marks, S. (1999) PDQ Evidence-based Principles and Practice, Hamilton, BC Decker.
Pai, M. et al. (2004) Systematic reviews and meta-analyses: An illustrated, step-by-step guide.
The National Medical Journal of India [serial online], 17 (2), 90.
Sackett, D.L., Rosenberg, W.M., Gray, J.A. et al. (1996) Evidence based medicine: What it is and what it isn’t, BMJ [serial online], (312), 71.
Wilkins, T., Gilles, R.A. and Davis, K. (2005) EMBASE versus MEDLINE for family medicine searches: can MEDLINE searches find the forest or a tree? Canadian Family Physician [online serial], June, 849.
Przykładowe ćwiczenia
Ćwiczenie 1.
Stwórz najbardziej wszechstronną listę baz danych, które chciałabyś zaprezen-tować i omówić w trakcie szkolenia o bazach danych dla studentów Wydziału Farmacji na swoim Uniwersytecie.
Ćwiczenie 2.
Zostałaś poproszona o przygotowanie szkolenia dla grupy kierowników i menadże-rów opieki zdrowotnej (dyrektomenadże-rów szpitali, kierowników NFZ i badaczy zajmują-cych się opieką zdrowotną) o dostępnych zasobach informacji z zakresu medycyny
132 Moduł 2: Źródła informacji i wyszukiwanie
i opieki zdrowotnej, w tym bazach danych. Stwórz najbardziej wszechstronną listę baz danych dla specyficznej grupy zawodowej.
Uwagi i wskazówki dla prowadzących szkolenia
Podczas przygotowania szkolenia lub wykładu na temat biomedycznych baz danych dla studentów uwzględnij następujące kluczowe elementy:
1. Zawartość bazy danych (tj. typ bazy danych, zakres tematyczny, typ publikacji etc.).
2. Zakres bazy danych (tj. rozpiętość czasowa);
3. Struktura bazy danych:
• Jak jest zbudowany poszczególny rekord?
• Jakiego typu informacje zawierają poszczególne pola rekordu?
• Które pola rekordu można wyszukiwać?
4. Indeksowanie: struktura tezaurusa i kontrolowanego słownictwa
• głębokość i szerokość indeksowana:
– specyficzność (ang. Specifity) odnosi się do precyzyjności i szczegóło-wości procesu indeksowania,
– dogłębność (ang. exhaustivity) odnosi się do kompletności indeksowania lub jego szerokości.
5. Budowanie strategii wyszukiwania:
• sformułuj pytanie: zidentyfikuj główne tematy (ang. concepts) i wybierz od-powiadające im terminy stosowane w danej bazie danych,
• połącz wybrane terminy (tj. użyj operatorów logicznych, znaków maskowania, cudzysłowów etc.),
• ponów wyszukiwanie zmieniając strategię wyszukiwania (np. użyj kontrolo-wanego słownictwa i języka naturalnego, synonimów etc.),
• po przeanalizowaniu wyników wyszukiwania możesz powrócić do wcześniej-szych etapów wyszukiwania modyfikując strategię wyszukiwawczą.
6. Zarządzanie wynikami wyszukiwania;
7. Praktyczne ćwiczenia.
Polecana literatura i materiały edukacyjne
Associations of College & Research Libraries. Standards & Guidelines: Guidelines for Instruction Programs in Academic Libraries,
http://www.ala.org/ala/mgrps/divs/acrl/standards/guidelinesinstruction.cfm
Dobry przewodnik z przejrzystym planem kolejnych kroków, które należy podjąć podczas plano-wania szkoleń w bibliotece akademickiej.
The Board of Regents of the University System of Georgia, A Primer on Databases and Catalogs (Unit 4), www.usg.edu/galileo/skills/unit04/
2.2. Bazy danych i wyszukiwanie 133 Ta strona internetowa udostępnia informacje o strukturze, zawartości, narzędziach i funkcjach
wy-szukiwawczych baz danych, które pomagają zrozumieć podstawy wyszukiwania w bazie danych.
„A Primer’” składa się z 16 rozdziałów, tj. Types of Databases, Natural Language Search, and Proximity Operators, Browsing a Thesaurus or Index i wielu innych.
Hersh, W. (2009) Information retrieval: a health and biomedical perspective, 3rd edn, Springer Science +Business Media, LLC.
Poprawione wydanie książki Williama Hersha oferuje ciekawy przegląd teorii i praktyki doty-czącej elektronicznych zasobów informacji w dziedzinie biomedycyny i zdrowia. Rozdział 4.
„Content” poświęcony jest dyskusji o istniejących bazach danych, ich strukturze i narzędziach wyszukiwawczych. Bardziej szczegółowo jest omówiona baza danych Medline.
Hunt, D.L., Jaeschke, R. and McKibbon, K.A. (2000) User’s guide to the medical literature. XXI.
Using electronic health information resources in evidence-based practice, JAMA [serial online], 283 (14), 1875–1879.
Ten artykuł zaczyna się od opisu sytuacji, w której internista ocenia stan zdrowia 55-letniej pa-cjentki cierpiącej na cukrzycę typu 2 i nadciśnienie. Aby znaleźć odpowiedź na pytanie kliniczne wynikające z przedstawionej sytuacji, autorzy prezentują najbardziej efektywne kroki budowa-nia strategii wyszukiwawczej w poszukiwaniu rozwiązabudowa-nia problemu zdrowotnego pacjentki:
sformułowanie klinicznego pytania, wybór najlepszych i najbardziej użytecznych źródeł infor-macji, przeszukanie źródeł medycznych opartych na dowodach oraz wyszukanie odpowiedzi.
Jankowski, T.A. (2008) Essential guide to becoming an expert searcher: Proven techniques, stra-tegies, and tips for finding health information, Neal-Schuman Publishers, Inc.
Przewodnik ten ma charakter przeglądowy. Przedstawia kluczowe elementy procesu przeszukiwa-nia baz danych.