Tajne kształcenie na poziomie uniwersytetów i szkół wyższych rozpoczęło się w październiku 1940 roku w Generalnej Guberni i było wówczas prowadzone wyłącznie w Warszawie. W Krakowie i Lublinie w następstwie fali aresztowań, która zagarnęła nauczycieli akademickich, brakowało odpowiednio przygotowa-nej kadry pedagogiczprzygotowa-nej. W stolicy w pierwszym roku wojny nauczyciele aka-demiccy nie mogli nawet myśleć o rozpoczęciu kształcenia, ponieważ budynki wyższych uczelni w pierwszych chwilach wojny zostały zawłaszczone przez wojsko. Zmiana w kwestii kształcenia wyższego była inicjatywą oddolną. Otóż w czerwcu 1940 roku wielu uczniów z tajnych kompletów zdało maturę. Ich nauczyciele szukali kontaktu z profesorami uniwersytetów, aby zorientować się w kwestii możliwości dalszej edukacji swych wychowanków.
Rozpoczęcie nauczania na kilku kierunkach Wydziału Humanistycznego UW było zasługą profesora Juliana Krzyżanowskiego, znanego historyka lite-ratury. Objął od razu kierownictwo nad studiami polonistycznymi i w końcowej fazie okupacji miał 200 studentów. Z kolei na kierunku historycznym, zorgani-zowanym przez profesora Tadeusza Manteuffl a, na początku pracowało trzech wykładowców i uczyło się 6 studentów, a w roku akademickim 1943/1944 było to już 12 wykładowców i około 100 studentów. W tymże roku wyodrębnił się z tego fakultetu nowy kierunek: historia sztuki (30 studentów).
Filologia klasyczna, mogąca się poszczycić świetnymi tradycjami na Uni-wersytecie Warszawskim, została w roku akademickim 1942/1943 zreorganizo-wana. Rok później studiowało na tym kierunku już 30 osób. Wtedy też rozpoczę-ły działalność fi lozofi a i fi lologia francuska. W zakresie fi lozofi i podjęło studia 30 osób, w zakresie fi lologii francuskiej – 12. W końcu 1942 roku profesor Krzy-żanowski zorganizował również kształcenie slawistyczne (16 studentów).
Wszystkie te kierunki – albo „sekcje” – działały samodzielnie, niezależnie od siebie do maja 1944 roku i ogółem kształciło się tam 460 studentów. Wtedy właśnie powstał Wydział Humanistyczny, na którego czele stanęła tajna Rada Dziekańska.
Jesienią 1940 roku rozpoczął działalność Wydział Nauk Przyrodniczych – uruchomiono trzy samodzielne kierunki: chemię, biologię i fi zykę. Na zajęcia prowadzone w ramach dwóch ostatnich fakultetów mogli uczęszczać również studenci Politechniki Warszawskiej. Studia matematyczne i geografi czne rozpo-częły się w 1942 roku.
Oprócz Uniwersytetu Warszawskiego rozpoczął działalność również drugi, nowo utworzony uniwersytet. Otóż do Generalnego Gubernatorstwa przesiedlono część ludności z terytoriów włączonych do III Rzeszy. Była to przede wszystkim in-teligencja humanistyczna, chociażby większość wykładowców i studentów poznań-skiego Uniwersytetu Adama Mickiewicza. W listopadzie 1940 roku zorganizowali
oni Tajny Uniwersytet Ziem Zachodnich. Powstały wówczas Wydział Prawa tej uczelni w 1943 roku został wcielony do UW. W roku akademickim 1943/1944 połączone w ten sposób wydziały prawa miały ogółem 600 studentów. O wysokim poziomie organizacyjnym struktur tej jednostki świadczy fakt, że Rada Wydziału do końca swej działalności utrzymała posiedzenia dziekanatu. Na Wydziale Prawa, który wydał 54 dyplomy magisterskie i jeden doktorski, działało również Studenc-kie Koło Naukowe Studentów Prawa na Uniwersytecie Warszawskim.
Techniczne szczegóły kształcenia poznał Jerzy Lerski, którego – jako oso-bistego emisariusza Władysława Sikorskiego – zrzucono nad Polską ze spa-dochronem w 1942 roku. Wypełniając swą misję, włączył się w pracę konspi-racyjną tajnych organizacji wojskowych. Spożytkował też swój czas wolny:
„Skorzystałem z rady rektora Pieńkowskiego i nawiązałem sekretny kontakt z biurem tajnych kompletów Wydziału Prawa. Męczyło mnie nieustannie, że musiałem wyjść z rodzinnego Lwowa przed skończeniem 4 roku prawa na Uni-wersytecie Jana Kazimierza. (…) Rad byłem ogromnie, że będę mógł uzyskać tytuł magistra, słuchając świetnych profesorów Uniwersytetu im. Józef Piłsud-skiego. Nie powiem, bym był entuzjastą cywilistyki, lecz uczeni tego kalibru, co profesorowie Kozubski, Miszewski i Namitkiewicz, dawali okazję do uczty intelektualnej w gronie chłonnych adeptów prawniczego zawodu. Zbieraliśmy się w kompletach w prywatnych mieszkaniach tychże wykładowców, lub zamoż-niejszych studentów, przeważnie w wygodnych mieszkaniach wielkich czynszo-wych kamienic nieopodal Marszałkowskiej.
Ze względu na niemieckie represje, wykłady wygłaszane były do stosunko-wo niewielkiego, bo rzadko 10 osób przekraczającego, grona słuchaczy, którzy udawali się na nie jak na normalne spotkania konspiracyjne w pojedynkę z mi-nutową punktualnością”.
W trakcie wykładów studenci byli przygotowani na każdą ewentualność. Na ogół starali się sprawiać wrażenie, że grają w karty. Należało przy tym zadbać o uprzednie rozdanie kart i zapoznanie się z nimi przez „grających”, ponieważ podczas nieoczekiwanego przeszukania lokalu biegły w brydżu ofi cer Gestapo mógł zapytać, jaki jest stan rozgrywanej partii. Prawidłowa odpowiedź mogła wtedy ratować życie. (Lerski musiał przerwać swoje studia, ponieważ został we-zwany do Londynu).
Uruchomienie Wydziału Nauk Medycznych na obu stołecznych uniwersy-tetach było w znacznej mierze ułatwione, gdyż przyszłym absolwentom z 1940 roku zezwolono na dokończenie studiów. Co prawda, zezwolenie to po paru miesiącach (6 maja 1940 roku) cofnięto, jednakże do tego czasu zdążono już nieodwołalnie zorganizować kształcenie w warszawskich szpitalach i klinikach.
Wiosną 1941 roku docent Jan Zaorski, wsparty przez Radę Wydziału Lekarskiego, postarał się u władz okupacyjnych o zezwolenie na utworzenie instytucji oświa-towej pod nazwą „Prywatna Szkoła Zawodowa dla Kształcenia Pomocniczego
Personelu Sanitarnego”. Szkoła ta wkomponowała do swego programu naucza-nia materiał z zakresu I i II roku studiów na Wydziale Lekarskim. W końcowej fazie okupacji na Wydziale Lekarskim i Wydziale Farmaceutycznym UW stu-diowało 2,3 tysiąca osób. Sumaryczna liczba studentów UW wynosiła w tym okresie 3,7 tysiąca. Wydano 64 dyplomy magisterskie i 7 doktorskich.
Na Tajnym Uniwersytecie Ziem Zachodnich poza Wydziałem Prawa i Wy-działem Lekarskim funkcjonowały również: Wydział Teologiczny, Ekonomicz-ny, HumanistyczEkonomicz-ny, Farmaceutyczny oraz Wydział Rolniczo-Leśny. Powołano też do życia Tajny Instytut Morski. Oznacza to, że wierzący w zwycięstwo Polacy liczyli na to, że po wojnie będą dysponować na znacznym obszarze dostępem do morza. Zatem ów instytut mógł być uważany za twór o znaczeniu politycznym, a jego pracownicy i studenci w przypadku zdemaskowania musieli się liczyć z najcięższymi represjami.
Wydział Lekarski Uniwersytetu Ziem Zachodnich zatrudniał 95 wykładow-ców, pod których kierunkiem kształciło się 160 studentów, a Wydział Farmaceu-tyczny liczył 215 słuchaczy. Na uruchomionym w roku akademickim 1942/1943 Wydziale Teologicznym pracowało 5 profesorów i uczyło się 20 studentów.
Rozpoczęcie kształcenia na Politechnice Warszawskiej było ułatwione o tyle, że w marcu 1940 roku rektor Karol Drewnowski uzyskał zezwolenie na to, by kończący kształcenie studenci mogli złożyć ostatnie egzaminy, niezbędne do zdobycia dyplomu inżynierskiego. Wprawdzie dwa miesiące później zezwolenie cofnięto, ale do tego czasu zdołano już zbudować struktury i sieć instytucjonalną kształcenia na szczeblu politechniki. Dzięki temu zimą 1940 roku Politechnika Warszawska mogła – symbolicznie – otworzyć swe bramy. Ciągłość i relatywnie niezakłócony tok studiów udało się zapewnić również dzięki temu, że w progra-mie nauczania pewnych legalnie działających szkół zawodowych uprogra-mieszczono materiał z zakresu I i II roku studiów politechnicznych. Tym sposobem kształ-cenie prowadzono w surowych warunkach konspiracyjnych. Większość kandy-datów na inżynierów studiowała z wykorzystaniem ram szkolenia zawodowego.
Latem 1940 roku za zgodą władz okupacyjnych Zygmunt Jagodziński, asy-stent na Politechnice Warszawskiej, mógł zorganizować Kursy Rysunku Tech-nicznego. Zawierały one – w trybie konspiracyjnym – materiał dydaktyczny czterech wydziałów politechniki: technicznego, architektury, inżynierii ogól-nej i elektryczności. Z takiej możliwości edukacji – przy udziale 35 profesorów i asystentów – skorzystało w 1944 roku 900 studentów. W 1942 roku pojawiła się szansa na legalną organizację Państwowej Wyższej Szkoły Technicznej, w dodatku na poziomie politechniki. Program nauczania tej szkoły pokrywał się z progra-mem I roku studiów na politechnice. Z tej możliwości skorzystało 1,5 tysiąca osób. W 1940 roku w siedzibie Wydziału Architektury Politechniki Warszaw-skiej rozpoczęła legalną działalność Szkoła Architektury Lądowej i Wodnej.
A konspiracyjna Politechnika Warszawska, gdzie studiowało ogółem 3 tysiące
osób, wydała 186 dyplomów inżynierskich, 18 doktorskich i 14 tytułów doktora habilitowanego.
W marcu 1940 roku na krótko zezwolono na to, by studenci ostatniego roku w Szkole Głównej Gospodarstwa Wiejskiego dokończyli naukę i zdobyli dyplo-my. Do 1942 roku jedynie studenci wyższych lat mogli studiować w warunkach konspiracyjnych. Na tej uczelni pracowało 50 wykładowców i kształciło się 400 stu-dentów, z których 130 otrzymało dyplomy inżynierskie, a 3 – doktorskie. Pracę w Szkole Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w dużej mierze ułatwiało to, że w jej murach powstał Niemiecki Instytut Naukowy Gospodarstwa Wiejskiego. Za zgodą odpowiedniego organu Państwa Podziemnego, pracowali w nim również Polacy.
Poza wyżej wymienionymi placówkami edukacyjnymi konspiracyjne kształ-cenie prowadzono w Warszawie także w Szkole Głównej Handlowej i w Wolnej Wszechnicy Polskiej, która „w odróżnieniu od innych stołecznych uczelni groma-dzących niemal wyłącznie młodzież inteligencką, kształciła (…) przeważnie mło-dzież podchodzenia chłopskiego”. Studiowało w niej ogółem 400 osób. Również Państwowy Instytut Sztuki Teatralnej prowadził od lata 1940 roku tajne kształcenie aktorskie dla około 40 adeptów. Było wśród nich wielu artystów, którzy później zdobyli sławę. Wedle pierwotnych planów dyplomy zamierzano wydać po wojnie.
W wyniku starań doktora Józefa Pulikowskiego we wrześniu 1940 roku otworzono – jako szkołę zawodową – Państwową Szkołę Muzyczną (z mate-riałami dydaktycznymi i programem studiów przedwojennego konserwatorium).
Konspiracyjne Konserwatorium Muzyczne funkcjonowało w jej siedzibie. Od roku akademickiego 1941/1942 na jej czele stał Niemiec o nazwisku Hösl, który miał problemy z alkoholem i sprawy szkoły niewiele go obchodziły – wyjąwszy egzaminy, w których starał się na trzeźwo uczestniczyć. Studenci Konserwato-rium Muzycznego, których w roku 1943/1944 było już 400, musieli zdawać eg-zaminy także przed osobną komisją polską.
W dziejach tajnych szkół osobny rozdział należy się szkolnictwu wyższemu na terenie getta. Dla upokarzanych więźniów, walczących ze zbrojnym terrorem i groźbą śmierci głodowej, możliwość ucieczki w naukę od strasznej rzeczywi-stości niosła ze sobą nadzieję przeżycia. Organizację konspiracyjnego naucza-nia uniwersyteckiego w murach getta ułatwiło to, że z powodu epidemii tyfusu Niemcy zezwolili profesorowi Juliuszowi Zweibaumowi na otwarcie Kursu Przy-sposobienia Sanitarnego do Walki z Epidemiami. W praktyce dawało to możli-wość utworzenia trzyletnich studiów medycznych. W getcie, gdzie na początku 1942 roku umieszczono ponad 500 tysięcy osób, w specjalnie wyznaczonych małych pomieszczeniach najwybitniejsi przedwojenni profesorowie prowadzili zajęcia sześć razy w tygodniu przez trzy godziny dziennie. Uczestniczyło w nich około 500 słuchaczy. Zajęcia rozpoczęły się w maju 1941 roku, a zakończyły w lipcu roku następnego. 22 lipca zaczęto bowiem wywozić mieszkańców getta do obozów śmierci Treblinka I i Treblinka II.
Poza Warszawą tajne kształcenie na poziomie akademickim prowadzono przede wszystkim na Uniwersytecie Jagiellońskim i Akademii Górniczej w Kra-kowie, a w mniejszym wymiarze – na Uniwersytecie Stefana Batorego w Wilnie oraz Uniwersytecie Jana Kazimierza we Lwowie.
Za nowość w polskim systemie oświaty (nie tylko konspiracyjnym) ucho-dziły fi lie wyższych uczelni. Powstały one w takich miastach jak Częstochowa, Kielce, Jędrzejów, Ostrowiec Świętokrzyski i Radomsko, w których przed wojną uczelni nie było. W Częstochowie Uniwersytet Ziem Zachodnich już w 1943 roku miał fi lię, kształcącą na czterech kierunkach studiów. Rok później prze-niosło się tam dziewięć wydziałów z uczelni spustoszonej Warszawy. Powstałe w czasie wojny ośrodki wyższej edukacji w wymienionych miastach działały także po 1945 roku.
Studiami podziemnymi kierował Departament Oświaty i Kultury (w końcu 1941 roku zreorganizowany i przemianowany na Wydział Szkolnictwa Wyższe-go i Nauki). Owo kierownictwo sprowadzało się głównie do wsparcia material-nego, udzielanego nauczycielom akademickim i studentom ze środków otrzy-manych od rządu londyńskiego (pochodziły one z uratowanych zasobów Banku Narodowego). W końcowym okresie okupacji z pieniędzy tych opłacanych było około 1,5 tysiąca nauczycieli akademickich.